生信日报 · 2026 年 11 月 5 日 · 星期四
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两项研究揭示胶质母细胞瘤细胞状态转换的调控规则
EMBL、德国癌症研究中心（DKFZ）与 Wellcome Sanger Institute 的两项姊妹研究显示，胶质母细胞瘤细胞在状态之间的转换遵循可预测、可重复的路径，并由特定的基因调控网络支配，相关结果发表在 Nature。研究团队分析了 12 名患者肿瘤的 DNA、表观遗传标记和 RNA，构建出迄今规模最大的胶质母细胞瘤分子图谱，并结合空间转录组数据发现不同细胞状态占据不同的空间位置，患者来源类器官中也重现了类似的转换轨迹。
EMBL News一手原文 研究发现
Science Translational Medicine一手另有 1 家信源报道利用15万份临床基因组样本发现癌症特异性T细胞受体
研究团队通过对约15万份患者肿瘤样本的大规模bulk RNA测序数据做计算分析，鉴定出与已知癌症抗原相关的公共TCR链，这些抗原包括人乳头瘤病毒、突变KRAS和CT83。作者提出用统计方法寻找可被重复出现的公共TCR识别的共享癌症抗原，并设计了配对富集TCR-α与TCR-β链序列的方法。在9个肽-HLA靶点上，他们验证了44个TCR的抗原识别能力，其中包括具有强细胞毒作用的TCR。作者据此认为，公共抗肿瘤TCR较为常见，可能成为癌症治疗开发的新来源。
Sanger 研究所绘制胶质母细胞瘤单细胞空间图谱，揭示癌细胞可预测的结构规律
Wellcome Sanger Institute、EMBL、DKFZ 等机构的研究团队对 12 名胶质母细胞瘤患者的肿瘤样本进行单细胞与空间多组学分析，结合成像和全基因组测序，绘制了超过 100 万个细胞，发现癌细胞在不同患者中遵循一致且可预测的结构模式。研究发表于 Nature，结果显示早期类似脑干细胞的细胞位于肿瘤边缘并驱动侵袭，随后转变为损伤响应状态形成内层，肿瘤核心缺氧后所有细胞类型转向严重缺氧状态；团队用脑类器官验证了这一路线，并发现每个进展阶段需要特定的免疫微环境。
MYC 位点 CRISPR 饱和突变揭示可成药的超保守 RNA 元件
研究对 10 kb 的人类 MYC 位点做 CRISPR tiling 突变，在碱基对分辨率上绘制了整个基因的适合度图谱，发现 67% 的功能必需碱基对位于非编码区。作者由此鉴定出一个超保守 RNA 调控元件，它控制 MYC 的定位，在患者来源的肿瘤类器官中靶向该元件可抑制癌细胞生长。
Science Advances一手单细胞多组学图谱解析先心病变异，揭示 ETS1 调控血管平滑肌细胞命运
研究团队构建了人类心脏分化的单细胞多组学图谱，在单个细胞中同时检测 H3K27ac、H3K27me3、H3K4me3 和转录组，将顺式调控元件划分为六种染色质状态，并据此优先筛选出 610 个先天性心脏病相关非编码变异，这些变异富集于谱系和状态特异的调控元件中，包括抑制性和二价区域。对部分变异做 CRISPR 敲入后，附近基因表达发生改变，心脏分化受损。
Nature Genetics一手乳腺癌纵向单细胞图谱揭示芳香化酶抑制剂敏感与耐药的免疫及表观机制
一项针对雌激素受体（ER）阳性乳腺癌的纵向单细胞研究提示，强雌激素信号、带 ER 结合位点的增强子活性以及活跃的 T 细胞应答可能与芳香化酶抑制剂敏感性相关，而耐药涉及雄激素受体信号。研究对 25 例患者新辅助治疗期间的肿瘤活检做了单细胞 RNA 测序、免疫受体测序和增强子活性图谱分析。ER 信号高、ER 结合位点增强子活性升高的恶性细胞对治疗敏感；耐药与雄激素受体信号、去分化和上皮–间质转化相关，疗效差者在治疗压力下优先使用雄激素受体顺式调控组。基线肿瘤微环境与肿瘤降期相关：疗效差者呈“热”但无效的免疫格局，富集初始淋巴样和未分化髓系细胞；疗效好者免疫微环境活跃，T 细胞克隆扩增持续。
Science Translational Medicine一手瑞戈非尼联合纳武利尤单抗与化疗在晚期胃癌中重塑肿瘤免疫微环境
一项 1b/2 期临床试验（NCT05394740）在 30 例错配修复功能完整的晚期胃癌患者中评估一线瑞戈非尼、纳武利尤单抗联合化疗，主要终点达到，22/30 例（73%，80% CI 60.3–83.8）出现客观肿瘤缓解。研究对基线、治疗中和疾病进展时的活检样本做单细胞 RNA 与 T 细胞受体测序，发现联合治疗增加了肿瘤抗原反应性 CD8+ T 细胞和 M1 样促炎巨噬细胞，减少了活化的 CCR8+ 调节性 T 细胞、LRRC15+ 癌症相关成纤维细胞（CAF）、RGS5+ 周细胞和 APLN+ 尖端细胞等免疫抑制与促肿瘤细胞群。
Nature Communications一手多祖先 GWAS 与 TWAS 分析为炎症性肠病识别新风险位点与基因
研究团队对 63,415 例欧洲与东亚炎症性肠病（IBD）病例开展多祖先 GWAS 荟萃分析，识别出 60 个此前未报道的易感位点。研究进一步整合多祖先 TWAS、细胞类型特异性 TWAS、可变剪接与可变多聚腺苷酸化分析，使用 707 例欧洲和 364 例东亚个体正常结肠组织的 RNA-seq 数据，得到 441 个候选风险基因，其中 324 个此前未被 GWAS 或 TWAS 提示，291 个获共定位或基于汇总数据的孟德尔随机化分析支持。这些基因集中于免疫调控等 IBD 核心通路，过半基因的转录失调得到单细胞与空间组学分析支持。
公众号：中国科学报《自然》研究揭示产气荚膜梭菌Delta毒素驱动新生儿坏死性小肠结肠炎多器官损伤
广州实验室、广州医科大学熊小哲团队联合哈佛医学院Min Dong团队、南方医科大学珠江医院吴凯团队，在《自然》在线发表研究，提出产气荚膜梭菌分泌的Delta毒素是驱动部分重症新生儿坏死性小肠结肠炎的关键致病因子。团队从患儿粪便样本中发现产气荚膜梭菌富集，分泌Delta毒素的C型菌株与重症病例显著相关；在新生乳鼠模型中，感染该菌或单独给予纯化Delta毒素均可复现核心病理特征。
Science Advances一手胎生鱼 Poeciliopsis prolifica 中发现独立起源的基因组印记
研究在胎生花鳉科鱼 Poeciliopsis prolifica 中证实存在基因组印记，这是非哺乳类脊椎动物中首次报道基因组印记。作者用两个近交系的正反交转录组，在胎盘组织中鉴定出 84 个有稳健印记证据的蛋白编码基因，包括哺乳动物印记基因 grb10 的硬骨鱼直系同源基因，以及相邻的 dpp4 和 gcga；这两个基因对葡萄糖代谢作用相反，且印记方向相反，可能有助于化解亲本冲突。两个重点印记基因的启动子区等位基因 DNA 甲基化显著升高，提示其表观遗传机制与哺乳动物相似；研究还发现与哺乳动物营养转运相关的基因网络被趋同招募。作者认为，这些结果支持印记在化解亲本冲突中的潜在作用。
医药产业
FierceBiotech另有 2 家信源报道勃林格殷格翰与中国生物制药达成最高 74 亿美元合作，覆盖六个临床前肿瘤项目
勃林格殷格翰与中国生物制药达成一项总额最高 74 亿美元的合作，涉及六个临床前肿瘤项目，覆盖 ADC 和 T 细胞衔接器两类方向。
GENKamau Therapeutics 公布镰状细胞病基因编辑初步临床数据，拟与 FDA 讨论注册试验
Kamau Therapeutics 公布其 nula-cel 治疗镰状细胞病（SCD）的初步临床数据：3 名接受 V2.0 工艺治疗的患者在 β-globin 基因上实现 HDR 介导的精确修正，并恢复成人血红蛋白（HbA）表达，均在出院前摆脱输血，中性粒细胞植入中位时间 21 天。随访超过 6 个月的两名患者总血红蛋白超过 10 g/dL，HbS 分别为 17.6%（12 个月）和 19.1%（8 个月），HbA 分别为 77% 和 67%；骨髓 HDR 等位基因频率稳定在约 20%，单细胞分析显示超过 90% 循环红细胞含保护水平的 HbA。