CompoRes 工具揭示抗生素对宿主的直接作用
一项发表于 Nature Microbiology 的研究发现，抗生素并非只杀灭致病菌，还可能对宿主产生直接影响，为此开发了工具 CompoRes 用于识别这类宿主直接效应。
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Bluesky：Vivek Mutalik (@vivekmutalik.bsky.social)AI 评分2727 Bluesky：Cameron Thrash (@jcamthrash.bsky.social)AI 评分4242 优化流式细胞分选-测序流程可减少分选微生物群落中的储存、分选与提取偏差
一套优化的流式细胞分选-测序流程可减少分选微生物群落中的储存、分选与提取偏差。该流程针对分选微生物群落的三个偏差来源进行优化，相关结果发表于 journals.asm.org。
Bluesky：Cameron Thrash (@jcamthrash.bsky.social)AI 评分4242 NTDB：原核生物自然转化机器与调控基因的 curated 数据库
NTDB 是一个原核生物自然转化机器与调控基因的 curated 数据库，相关论文发表于 Nucleic Acids Research。自然转化由专门的机器与调控基因控制，驱动原核生物的进化与适应。
Nucleic Acids ResearchAI 评分5858 NTDB 数据库发布，收录原核生物天然转化机器与调控基因
上海交通大学团队发布天然转化数据库 NTDB（https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/NTDB/），整合文献挖掘得到的 118 个天然可转化物种、1072 个转化相关基因和 10 个 DNA 摄取基序的实验验证数据。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 Metacontextify 发布：为海洋宏基因组样本自动补全环境注释
Metacontextify 通过 Copernicus Marine Service 数据，为海洋宏基因组样本自动检索温度、盐度、pH、营养盐等环境属性，可连接 ENA 和 MGnify 标识或采样坐标与日期。
Bluesky：Pat Schloss (@patschloss.bsky.social)AI 评分5858 Schloss Lab 发布 R 包 mums2，用于非靶向代谢组数据分析
Schloss Lab 与 balunaslab 合作发布 R 包 mums2，面向 MS/MS 非靶向代谢组数据，作者称其定位类似微生物组分析工具 mothur。该工具支持依赖数据库和不依赖数据库两类分析路径，论文发表在 Microbiology Resource Announcements。
Bluesky：raw9371 (@raw937.bsky.social)AI 评分4040 SENTINEL-X：整合 CheckV、CheckM2、BUSCO、EukCC 与 viralVerify 的 Rust 质控工具
SENTINEL-X 将 CheckV、CheckM2、BUSCO、EukCC 和 viralVerify 五个生信工具整合为单一 Rust 二进制，无需 Python 运行时，可对病毒、细菌和真核序列做质控。该工具已在 crates.io 发布。
Bluesky：Matt Olm (@mattolm.bsky.social)AI 评分6767 Microbiome Repo 发布公开人类肠道宏基因组目录，收录超 50 万样本
Microbiome Repo 发布，收录了所有公开的人类肠道宏基因组，样本量超过 50 万，元数据直接从序列档案、论文和补充材料中提取。该目录同时提供公开 shotgun 宏基因组研究注册表，以及覆盖各年龄段、逐样本带元数据且标注证据来源的肠道宏基因组目录，作者邀请已发表相关研究的研究者检索自己的研究是否被收录并反馈。
Bioinformatics AdvancesAI 评分3131 基于转录组谱与共表达整合筛选金黄色葡萄球菌生物膜相关sRNA–mRNA互作
研究整合菌株Bmb9393新测转录组与5株金黄色葡萄球菌公共数据，在生物膜与浮游条件下注释并刻画小调控RNA的表达与基因组环境，鉴定出10个生物膜中一致上调、4个一致下调的小调控转录本。
Bluesky：Svetlana Ugarcina Perovic (@svetlanaup.bsky.social)AI 评分2222 Juan Inda 将在 MVIF 52 讨论 ARG 注释工具选择如何影响宏基因组 resistome 图谱
Juan Inda 将在 MVIF 52 讨论 ARG 注释工具的选择如何影响宏基因组数据得到的 resistome 图谱。EMBARK 项目由此出发，发现不同 ARG 注释流程不仅给出不同的 ARG 数量，还会得到不同的 resistome 图谱。
Cell GenomicsAI 评分5858 RandomReadsMG：面向terabase级宏基因组模拟的快速工具
Bushnell、Schulz 和 Villada 推出 RandomReadsMG，一款可生成宏基因组测序数据集的快速模拟器，能控制群落丰度、不均匀基因组覆盖度以及平台特异的读段特征。该软件可扩展到 50,000 个基因组的群落规模，并支持可复现的基准评测与病原检测研究设计。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 研究团队开发结核分枝杆菌基因表达报告系统，在单细胞层面解析宿主环境中的表达动态
Aylan 等开发了一套针对结核分枝杆菌（Mtb）的报告系统，可在感染过程中可视化细菌的基因表达。结果显示，Mtb 在免疫细胞内呈现多种基因表达模式，且这些模式受细菌所处胞内环境的影响。该研究以方法开发为核心，论文发表于 Cell Reports Methods。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分5252 MTB-KB 发布结核分枝杆菌研究文献整理知识库
MTB-KB 是一个文献整理型知识库，系统整合结核研究八个主要方向的高影响力发现，当前版本收录来自 1246 篇文献的 75,170 条关联，覆盖 18,439 个经权威数据库和 WHO 认可分类标准化的实体。
Bluesky：Society for Mucosal Immunology (@societymucosalimm.bsky.social)AI 评分4242 新方法结合细菌特异性荧光探针与光谱流式，绝对定量并追踪早产儿体内被免疫球蛋白结合的微生物
一种结合细菌特异性荧光探针与光谱流式的新技术，可对免疫球蛋白结合的微生物进行绝对定量与追踪，并已应用于早产儿。该方法由 @thehandiestlab 等人在 Cell Host & Microbe 发表。
GigaScienceAI 评分5858 ICTV 病毒分类法通过公共本体 API 开放程序化访问
研究团队将 ICTV 的 MSL1 至 MSL41 全部 Master Species List 版本转换为统一的本体，包含超过 195,000 个当前与历史实体，并通过 Ontology Lookup Service 部署为公共 API。