Seumetry 发布开源 R 工具包，衔接 Seurat 分析高维流式与质谱流式数据
Seumetry 是一个开源 R 工具包，把流式与质谱流式数据的专用分析方法与 Seurat 的单细胞 RNA 测序分析能力结合起来。它提供高级质控、可视化和细胞群体丰度与蛋白表达的差异分析，作者用自建的人肠道不同层免疫细胞数据集验证其能识别不同免疫细胞群体，并在公开数据集上与人工门控结果一致。
#工具发布
BioinformaticsAI 评分5858 Bluesky：raw9371 (@raw937.bsky.social)AI 评分4040 SENTINEL-X：整合 CheckV、CheckM2、BUSCO、EukCC 与 viralVerify 的 Rust 质控工具
SENTINEL-X 将 CheckV、CheckM2、BUSCO、EukCC 和 viralVerify 五个生信工具整合为单一 Rust 二进制，无需 Python 运行时，可对病毒、细菌和真核序列做质控。该工具已在 crates.io 发布。
Marinka ZitnikAI 评分6262 ToolUniverse 新增 GPU 环境自动配置，支持 agent 调用蛋白设计与结构预测模型
ToolUniverse 新增 GPU 环境自动配置功能，使 agent 能在复杂生物数据集上调用机器学习模型，并把输出用于发现流程。
Bluesky：James Lloyd 🧬 (@jamespblloyd.bsky.social)AI 评分2222 James Lloyd 介绍 Nanopore 全质粒测序计算流程 PICARD-seq
James Lloyd 在 SynBio4ALL Africa 的研讨会上介绍了其新开发的 Nanopore 全质粒测序计算流程 PICARD-seq，相关报告录像已发布。该报告主题为如何让资源有限的实验室也能开展全质粒测序。
BioinformaticsAI 评分5252 hpci 将 CI 平台与 HPC 集群集成以提升计算生物学研究的可复现性
hpci 是一个平台无关的开源工具，把 GitHub Actions、GitLab CI 等 CI 平台与 Slurm、PBS 等常见 HPC 作业调度器集成，用于自动测试分析流程和模型。
BioinformaticsAI 评分5555 PhyloZoo：Python 系统发育网络分析统一框架发布
PhyloZoo 是一个开源 Python 框架，用于系统发育网络分析，提供覆盖该领域主要网络表示的数据结构与算法、专用可视化工具，以及对主要系统发育文件格式的 I/O 支持。
PatternsAI 评分6060 SABER 用基础视频模型把少量专家标注扩展为大规模 CryoET 三维分割
Schwartz 等提出 SABER 工作流，将二维切片上的稀疏专家标注转化为完整的三维语义分割。该方法把简单分类器与基础分割模型配对，在达到密集监督质量的同时将专家标注时间压缩到不足一小时，并可跨光镜与电镜模态扩展定量分析。
Pranam ChatterjeeAI 评分5050 PepRePs：肽重定向磷酸酶实现可编程去磷酸化
Pranam Chatterjee 介绍 PepRePs，一种基于其团队此前为 E3 泛素连接酶和 DUB 生成的 pLM 肽引导（uAbs、duAbs）发展而来的肽重定向磷酸酶，可实现任意靶标的可编程去磷酸化，相关预印本已发布于 bioRxiv。
insitro精选AI 评分6060 insitro 与礼来共建的小分子体内 PK 预测模型上线 Lilly TuneLab
insitro 宣布，Lilly TuneLab 网络内的生物技术公司现在可以部署 insitro 与礼来共同构建的机器学习模型，用于预测小分子的体外性质以及关键的体内性质。
推荐理由：礼来 TuneLab 网络内生物技术公司可直接调用 insitro 与礼来共建的小分子体内性质预测模型，了解 AI 药物发现合作模式的一个样本。
Cell Reports MethodsAI 评分5555 OPTIC 工具箱实现多细胞钙成像跨会话 ROI 自动追踪
Fukatsu 等开发了 OPTIC，一个无需编程的工具箱，将图像配准与最优传输匹配结合，用于在多次成像会话间追踪同一批神经元、星形胶质细胞、boutons 和小胶质细胞。作者称其追踪准确率高于现有工具，目标是解决纵向钙成像中跨会话细胞对应这一主要瓶颈。
Arc Institute精选AI 评分7878 Arc Institute 发布虚拟细胞模型 PIE，用人工整理生物知识预测未见条件下的扰动响应
Arc Institute 发布虚拟细胞模型 PIE（Perturbation is Everything），把 Cellosaurus、NCBI、Gene Ontology、DepMap、PubChem 等人工整理知识转成 token 输入，直接预测扰动后群体水平的差异表达基因、方向与幅度。
推荐理由：PIE 把人工整理的生物知识库转成输入，在未见扰动和细胞系上仍能预测差异表达，可看知识源如何影响泛化。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7878 李响团队开发空间三维基因组学技术 SpaceA 并绘制小鼠胚胎染色质构象图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所李响研究组在 Developmental Cell 在线发表论文，将微流控空间条形码技术与 SPRITE-like 无连接酶接触检测策略结合，开发出空间三维基因组学技术 SpaceA，可在组织切片原位高置信度解析远距离染色质互作。
推荐理由：SpaceA 把空间条形码与无连接酶接触检测结合，让染色质远距离互作能在组织切片原位测量，为空间三维基因组学提供了新手段。
Cell GenomicsAI 评分5858 RandomReadsMG：面向terabase级宏基因组模拟的快速工具
Bushnell、Schulz 和 Villada 推出 RandomReadsMG，一款可生成宏基因组测序数据集的快速模拟器，能控制群落丰度、不均匀基因组覆盖度以及平台特异的读段特征。该软件可扩展到 50,000 个基因组的群落规模，并支持可复现的基准评测与病原检测研究设计。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 研究团队开发结核分枝杆菌基因表达报告系统，在单细胞层面解析宿主环境中的表达动态
Aylan 等开发了一套针对结核分枝杆菌（Mtb）的报告系统，可在感染过程中可视化细菌的基因表达。结果显示，Mtb 在免疫细胞内呈现多种基因表达模式，且这些模式受细菌所处胞内环境的影响。该研究以方法开发为核心，论文发表于 Cell Reports Methods。
Brian HieAI 评分2525 Minerva 语言模型部署至 Proto MCP
Brian Hie 表示已将 Minerva 语言模型及其交互头部署到 Proto MCP 上，并给出一个用 ChatGPT 重新查看非编码 RNA 已有注释的示例。
GigaScienceAI 评分4747 Epitope Generation Gateway（EGG）：基于生物学情境的癌症疫苗表位优先级流程
Epitope Generation Gateway（EGG）是一个容器化流程，整合 Mutect2、STAR-Fusion、ArcasHLA 与 pVACtools，在预测表位序列后叠加共表达网络、蛋白互作网络、中心性指标、DepMap CRISPR 依赖数据和 IntOGen 驱动基因状态进行优先级排序。
Nature Machine IntelligenceAI 评分4040 DeepEvidence：从知识检索转向证据探索与整合
生物医学发现的关键瓶颈已从数据获取转为证据整合与解读能力。DeepEvidence 是一款新型深度研究智能体，不再局限于事实检索，而是构建科学证据的显式表示。
Google DeepMind Blog精选AI 评分7676 Google DeepMind 推出 SynthID Bio，为 AI 生成蛋白嵌入可验证水印
Google DeepMind 发布 SynthID Bio，将水印技术用于合成生物学，在蛋白序列和 AlphaFold 3 预测的 3D 结构中嵌入可检测签名，同时保持生物功能。
推荐理由：DeepMind 把水印从数字内容延伸到蛋白序列与结构，并给出湿实验验证，对关注生物安全与 AI 设计溯源的研究者提供了可参考的技术路径。
InstaDeepAI 评分4242 InstaDeep 开源 BenchMHC 框架
InstaDeep 宣布其开源 Python 框架 BenchMHC 已在 GitHub 上线，该框架用于复现、重训练和评估肽-MHC 呈递模型。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 stFormer：整合空间配体信号的空间转录组基础模型
Cao 等提出空间转录组基础模型 stFormer，将细胞内上下文与空间配体信号整合进同一模型。相比单细胞基础模型，stFormer 在细胞层面和基因层面的分析上均有提升，并支持通过计算扰动研究空间配体信号的响应。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7272 段力辉团队开发 OpenFISH 技术，实现空间组织原位转录与代谢联合分析
中国科学院遗传与发育生物学研究所段力辉团队开发 OpenFISH，可在同一张组织切片上连续完成空间转录组与 MALDI-MSI 空间代谢组检测。该方法通过模块化探针设计和单轮基因编码将空间转录组成本降低约 95%，并借助导电玻片预处理与 MALDI-MSI 后组织成胶、透明化实现两模态兼容。
推荐理由：该工作把成像空间转录组与 MALDI-MSI 代谢组放在同一张切片上，并给出约 95% 的转录组成本降幅，做空间多组学的人可关注其兼容方案。
Microsoft Research Blog精选AI 评分7575 微软研究院推出 Quine：面向生物学复杂性的 AI 研究系统
微软研究院推出 Quine，一个由多模态生物学世界模型和连接模型、科学工具、文献与研究者的交互式 harness 组成的 AI 研究系统。
推荐理由：微软研究院公开了面向生物学的多模态世界模型与实验编排系统，并给出胰腺癌细胞状态转换的湿实验验证案例。
NCBI InsightsAI 评分6060 NLM 推出 Linked Discoveries 试点，可从 PubMed 引文探索相关文献网络
美国国家医学图书馆（NLM）发布实验性试点资源 Linked Discoveries，可从一条 PubMed 引文出发，映射最多 200 篇最相近的相关文章。该工具分析 PubMed 引文的标题、摘要和关键词，把超过 2900 万条引文与 NCBI 各数据库的相关资源连接起来，支持按疾病、基因、化学物质过滤，并可用“any”（OR）与“all”（AND）逻辑组合。
Bluesky：Elizabeth Wood, PhD (@lizbwood.bsky.social)AI 评分2828 Jura Bio 推出连续变分合成，可在千万亿级规模合成生成模型设计的 DNA 序列
Jura Bio 宣布推出连续变分合成（continuous variational synthesis），称其提升了按生成模型设计 DNA 序列进行合成的能力，规模可达 petascale。相关说明见 jurabio.com/s/cvs.pdf。
Bluesky：Martin Pacesa (@martinpacesa.bsky.social)AI 评分4848 BindCraft2 发布：代码先行开放，免费供学术与产业使用
BindCraft2 已发布，完整代码在论文发表前先行公开，学术与产业用户均可免费使用。发布方称提前释出是为了让用户立即开始设计，并将该工具用于当前的 Adaptyv 竞赛；代码托管于 GitHub 的 PacesaLab 仓库。
公众号：达摩院DAMO精选AI 评分8282 达摩院 DAMO RADAR 登上《科学》：一个模型识别 146 种腹部病症
达摩院发布通用医疗影像模型 DAMO RADAR，可覆盖含恶性肿瘤在内的腹部病症，研究团队评估了其中 146 种、涉及 18 个器官。该模型采用视觉-语言学习与器官级细粒度对齐策略，在近 4 万次真实世界检查中 AUC 达 0.913；与 26 名影像科医生的人机对比中，其平均准确率超过其中 23 名，AI 提示下医生识别疾病的敏感性提高 10%、用时减少 30% 以上。
推荐理由：该模型用器官级细粒度对齐把腹部 CT 与报告文本对齐，并给出与 26 名影像科医生的人机对比结果，可供做医学影像基础模型的人参考。
Pardis SabetiAI 评分6767 Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供近实时贝叶斯系统发育分析
Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供可扩展、近实时的贝叶斯系统发育分析，把更快的推断引擎与可交互界面结合起来。该工作由 Patrick Varilly 主导，与 Ben Fry 和 fathominfo 团队共同开发，论文见 https://www.nature.com/articles/s41586-026-11012-6，工具可在 https://delphy.bio/ 试用。
Heng LiAI 评分2222 Heng Li 发布单页交互式重叠组装教学演示
Heng Li 发布了一个用于教学目的的单页交互式重叠组装器演示，并称其为 vibe coded。
Bluesky：Milot Mirdita (@milot.bsky.social)AI 评分7272 ColabFold 1.6.3 发布：提速 2.5 倍并支持 pip 安装
ColabFold 1.6.3 发布，速度提升 2.5 倍，支持通过 pip install colabfold[alphafold] 安装，并新增 ipSAE 和 pDockQ2 评分。
Nicole SoranzoAI 评分5858 COSIGT 泛基因组基因分型工具发布，面向低覆盖度短读长 WGS
Nicole Soranzo 团队开发出泛基因组基因分型工具 COSIGT，可对低覆盖度数据做基因分型，适用于群体队列到古 DNA 的场景。作者称该工具可扩展，在低、中覆盖度短读长 WGS 上表现良好，工作由 @davidebolo93、@AndresGuarahino 与 @erikgarrison、@psudmant 等合作完成。
GigaScienceAI 评分5555 ViralClust：用 Nextflow 流程对病毒序列聚类以挑选代表性基因组
ViralClust 是一个模块化 Nextflow 流程，用于从大型病毒基因组数据集中按偏差感知方式挑选代表性序列，整合了 CD-HIT-EST、SUMACLUST、VSEARCH、MMSeqs2 和 HDBSCAN 共 5 种聚类算法，可在统一工作流中直接比较聚类结果。
Molecular Systems BiologyAI 评分6060 TME-CARTographer 解析活体胰腺癌中治疗性 T 细胞的时空免疫抑制
研究团队开发了计算流程 TME-CARTographer（TME-CART），整合高维数据、图论、行为分析和深度学习，用于解析活体胰腺导管腺癌（PDA）肿瘤中 4D 的 T 细胞与肿瘤微环境相互作用。
Žiga Avsec精选AI 评分7878 DeepMind 发布 AlphaGenome Atlas，预测人类基因组全部 90 亿个 SNV 的调控影响
DeepMind 团队发布 AlphaGenome Atlas，用 AlphaGenome 预测了人类基因组中全部 90 亿个可能的 SNV 的调控影响，并开发了可浏览该预测图谱的门户网站。作者称与多位科学家合作完成了分析与应用，同时提供了博客和预印本链接。
推荐理由：用 AlphaGenome 对全基因组 90 亿个 SNV 做调控影响预测并开放浏览门户，为变异解读提供了一张可检索的预测图谱。
GigaScienceAI 评分5858 ICTV 病毒分类法通过公共本体 API 开放程序化访问
研究团队将 ICTV 的 MSL1 至 MSL41 全部 Master Species List 版本转换为统一的本体，包含超过 195,000 个当前与历史实体，并通过 Ontology Lookup Service 部署为公共 API。
Rahul Satija精选AI 评分7878 Seurat 5.6 公测版发布，提升核心流程速度与内存表现
Seurat 5.6 公测版发布，针对核心工作流的速度、内存和可扩展性做了大幅改进，尤其面向大规模数据集。作者团队称过去几个月用编码智能体重写了 Seurat 核心流程，把部分步骤从 R 迁移到 C++ 并优化代码，部分场景提速 10 倍以上且输出一致。安装说明见 https://github.com/satijalab/seurat/discussions/10449。
推荐理由：Seurat 5.6 公测版针对大数据集重写核心流程，做单细胞分析的读者可据此判断是否试用。
Debora Marks精选AI 评分5858 GenBio AI 预览 AIDO Cell 细胞模拟器模型
GenBio AI 预览 AIDO Cell，一个覆盖 DNA、RNA、蛋白质与全细胞行为的模型，目标是让变异的后果可以被向前追踪而不只是被打分。
推荐理由：从进化序列预测结构到追踪变异在细胞中的后果，这条帖给出了新模型要解决的那层缺口。
Peter LeeAI 评分3737 微软研究：通用AI模型在病理任务上胜过专用模型
微软研究院（MSFTResearch）表示其团队反复发现更通用的 AI 模型在专业任务上表现优于专用模型，并以与 Paige（现属 TempusAI）合作、发表于 Nature Medicine 的数字病理模型 PRISM2 为例。
Bluesky：Mo Khalil (@mokhalil.bsky.social)AI 评分2222 Khalil 实验室 T1 T-DNA 载体系列上线 Addgene
Khalil 实验室首批 T1 T-DNA 载体已在 Addgene 开放获取，包含无筛选标记的 pT1 及带 BASTA、kan、hygro 筛选标记的 pT1-B、pT1-K、pT1-H 四个版本。相关预印本已在 bioRxiv 发布，为植物科学、生物技术与合成生物学提供新工具。
Bluesky：Rhys White (@rhystwhite.bsky.social)AI 评分3333 NEXCISION：从系统发育基因组 NEXUS 矩阵中精确切除坐标定义区域
NEXCISION 可从转置 NEXUS 矩阵中精确、经验证地切除坐标定义区域，避免人工编辑出错改变矩阵。该工具由 RhysWhite 发布在 GitHub（github.com/RhysWhite/nexcision），作者以预印本形式给出引用信息，并公开征集反馈。
Alex RivesAI 评分5858 Biohub 与 UC Berkeley 发布激光相位板，提升电子显微镜原子分辨率成像对比度
Biohub 与 UC Berkeley 联合发布激光相位板，称其为原子分辨率成像的突破，所用连续波激光强度为太阳表面的一亿倍。该技术源于 Holger Mueller 和 Robert Glaeser 提出的用驻波激光实现电子显微镜相位对比的方案，历经 15 年以上才落地，Biohub 参与支持并完成工程化搭建。