AlphaFold 3 发布 v3.0.4，支持纯 CPU 与 Apple Silicon 运行
AlphaFold 3 v3.0.4 让模型可在纯 CPU 机器和 Apple Silicon 上运行，其中 Apple Silicon 可利用 GPU 加速推理。
#GitHub
AlphaFold 3：GitHub ReleasesAI 评分6262
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分4242 Scanpy 1.13.0a1 发布
Scanpy 发布 1.13.0a1 版本。该版本为 GitHub Releases 上的预发布版本，具体更新内容原文未列出。
ColabFold：GitHub ReleasesAI 评分5656 ColabFold 1.6.2 发布，新增 Pallas/Triton Evoformer 内核
ColabFold 1.6.2 发布，新增 --use-pallas 参数，用融合的 Pallas/Triton 内核运行 Evoformer，预测速度约提升 2.5 倍且内存占用略降，需要计算能力 8.0（Ampere）及以上的 NVIDIA GPU。
AlphaFold 3：GitHub Releases精选AI 评分7878 AlphaFold 3 发布 v3.0.3，代码许可证改为 Apache 2.0
AlphaFold 3 发布 v3.0.3，代码许可证从 CC BY-NC-SA 4.0 改为 Apache 2.0，并兼容 Python 3.14。该版本还带来性能改进：Confidences JSON 序列化最高提速 30 倍，5000 残基输入的序列化时间从 43 s 降至 1.3 s，mmCIF 解析提速 4%。
推荐理由：许可证从非商用协议改为 Apache 2.0，并给出大输入序列化提速的具体数字，可据此判断能否商用与升级。
Erik GarrisonAI 评分3434 Erik Garrison 提出用 Lean4 证明算法再移植 Rust
Erik Garrison 提出一种新做法：先用 Lean4 编写并证明算法，再移植到 Rust，并以 pangenome 项目中用于 dbg/syncmer 图到变异图转换的 overlap graph bluntifier 为例。
Seurat：GitHub ReleasesAI 评分2222 Seurat v5.5.0 发布：新增 BPCells 回归支持与多项可视化参数
Seurat 发布 v5.5.0，为 BPCells 的 IterableMatrix 在 ScaleData 中新增 vars.to.regress 与 latent.data 支持。
AlphaFold 3：GitHub ReleasesAI 评分3030 AlphaFold v3.0.2 发布：支持 NVIDIA Blackwell GPU 并提升 MSA 搜索性能
AlphaFold v3.0.2 发布，开箱支持 NVIDIA Blackwell GPU，并借助 Tokamax 实现 flash attention 与 SwiGLU。
Jared SimpsonAI 评分4242 nanopolish v0.14.0 发布
Jared Simpson 宣布 nanopolish v0.14.0 发布，新增对 modification BAM 文件的支持，并可在 M1 Mac 上编译。
Jared SimpsonAI 评分4242 Nanopolish 支持 SAM/BAM 碱基修饰标签
Jared Simpson 表示 Nanopolish 现已支持 BonfieldJames 提出的 SAM/BAM 碱基修饰标签，可直接在基因组浏览器中查看 5-mC 等修饰，但所含信息与默认 TSV 略有不同。
Jared SimpsonAI 评分2222 Jared Simpson 发布按 read 名查询 BAM 的小工具 bri
Jared Simpson 写了一个小工具 bri，可按 read 名查询 BAM 文件，他认为可能对部分长读长工作有用，并欢迎反馈和 bug 报告。
Jared SimpsonAI 评分5858 nanopolish 发布支持 R10 数据的预发布版本，可检测 CpG 甲基化
Jared Simpson 推送了 nanopolish 的预发布版本，该版本支持 R10 数据，并包含 CpG 甲基化检测功能，代码位于 GitHub 的 r10 分支。作者同时感谢上周提供 R10 数据的用户。