糖基化重塑驱动自身免疫中致病性 γδ T17 细胞应答
发表在 Science Immunology 的研究指出，γδ T 细胞表面分支 N-糖链缺失会作为外周信号放大自身免疫中的 3 型/IL-17A 应答，从而驱动致病性 γδ T17 细胞反应。该帖由 γδ T cell Forum 转发并附论文链接。
#论文/研究
Bluesky：γδ T cell Forum (@forum-gd.bsky.social)AI 评分5858 Phys.orgAI 评分4040 手摇离心芯片一分钟内同时测血型与红细胞压积
台湾大学 Chien-Fu Chen 团队开发出一种手摇离心驱动的塑料芯片，仅需约 3 微升指尖血、约一分钟即可同时判定 A/B/Rh 血型并读取红细胞压积。在 21 例医院患者样本上，结果与标准医院分析仪高度一致，且读数不受摇柄转速影响。该研究发表于 Biosensors and Bioelectronics，目标是让急救人员在无电力和无专业培训条件下完成这两项血液检测。
Bluesky：François Leulier (@francoisleulier.bsky.social)AI 评分2828 Cell Reports：宿主触发的原噬菌体诱导经细菌裂解驱动 Lactiplantibacillus plantarum 共生
Zhu 等在 Cell Reports 报道，果蝇共生菌 LpNC8 的 pp2 原噬菌体经宿主触发诱导后促进细菌裂解，并回收含脂磷壁酸的胞外囊泡，在营养受限条件下支持幼虫生长。研究揭示噬菌体—细菌—昆虫的多层共生机制。
Bluesky：Ivan Zanoni (@lozanzi.bsky.social)AI 评分5858 淋巴管内皮细胞限制生发中心大小以优化保护性抗体应答
Mudianto、Berman、Nowosad、Lund 等人在 Immunity 发表研究，显示生发中心大小受淋巴管内皮细胞（LECs）限制，以最大化 T 细胞与 B 细胞相互作用和抗体产生。I 型干扰素会破坏这些 LECs。原文指出，感染期间淋巴管网络发生重塑并调控抗原与免疫细胞动态，但这些变化是否影响体液免疫此前未知。
Patrick HsuAI 评分2020 意识是不同刺激间的时间选择
Patrick Hsu 提出，意识是对不同刺激做出的一种时间性选择，而非在空间上编码。
Phys.orgAI 评分5858 螳螂虾中带区 17 种视蛋白被逐一测定，4 种双稳态色素可作光控开关
比利时列日大学与柏林洪堡大学团队首次逐一测定了螳螂虾中带区的 17 种视觉视蛋白，其中 12 种为类似人绿色色素的绿敏视蛋白，3 种为红外视蛋白（含 2 种红蓝双稳态视蛋白），2 种为蓝橙双稳态视蛋白，结合眼内滤光结构后敏感度可延伸至 687 纳米。
Bluesky：Ákos T Kovács (@evolvedbiofilm.bsky.social)AI 评分4040 群落组成驱动合成鼻腔菌群中的代谢竞争与金黄色葡萄球菌定植抵抗
合成鼻腔菌群实验显示，群落组成决定代谢竞争格局，进而影响金黄色葡萄球菌的定植抵抗。该研究由 Marcelo Navarro Diaz 等人完成，发表于 ISME Journal，聚焦低多样性人鼻腔微生物组的组装原则与定植抵抗机制。
Bluesky：Ákos T Kovács (@evolvedbiofilm.bsky.social)AI 评分2020 高生物膜形成能力的枯草芽孢杆菌菌株延缓秀丽隐杆线虫胆碱能神经元衰老相关形态缺陷
一株高生物膜形成能力的枯草芽孢杆菌菌株可延缓秀丽隐杆线虫胆碱能神经元的衰老相关形态缺陷，该结果发表于 GeroScience。研究聚焦肠道内生物膜形成能力较强的益生菌，考察其对胆碱能神经元衰老形态变化的影响。
公众号：清华生命学院精选AI 评分7878 戚益军课题组在Science发表论文，揭示mRNA不依赖编码蛋白调控靶基因转录
清华大学生命科学学院戚益军课题组在Science发表论文，发现拟南芥中BT2 mRNA和GSL8 mRNA能以不依赖自身编码蛋白的方式抑制靶基因转录。
推荐理由：研究在拟南芥中证明mRNA可经RNA-DNA三链体等途径直接抑制靶基因转录，为理解RNA功能层级提供新视角。
Bluesky：Asaf Levy (@asaflevylab.bsky.social)AI 评分3838 Netanel Tzarum 开发高毒性细菌蛋白表达纯化模块化平台，成果发表于 Microbial Biotechnology
Netanel Tzarum 开发出一种基于瞬时毒素中和的模块化重组生产平台，可对高毒性细菌蛋白进行可扩展的表达与纯化，结合天然毒素-抗毒素系统实现中和。该方法适用于毒素-抗毒素及效应物-免疫系统研究，成果已发表于 Microbial Biotechnology。
Bluesky：Michalis Averof (@michalis-averof.bsky.social)AI 评分5555 研究揭示昆虫与甲壳类断肢再生起始时全基因组染色质重置
Michalis Averof 与 Guillermo Orsi 团队在 bioRxiv 发布预印本，显示昆虫（蟋蟀）与甲壳类（Parhyale）在腿再生起始时染色质在基因组范围内被重置。
Phys.orgAI 评分3838 双光子FLIM-PLIM光学成像在阿尔茨海默病小鼠脑中同步检测代谢与氧利用改变
弗吉尼亚大学Ammasi Periasamy团队将双光子荧光寿命成像（FLIM）与磷光寿命成像（PLIM）结合，在活体小鼠大脑皮层同步测量细胞代谢与血管氧分压，成果发表于Neurophotonics。阿尔茨海默病模型小鼠皮层蛋白结合态NAD(P)H比例高于野生型，血管网络氧分压则更低，提示其氧消耗增加。作者指出结果仅来自小鼠模型，尚不能推及人类患者。
Bluesky：Robert Arkowitz (@robertarkowitz.bsky.social)AI 评分4242 Nature Communications：3D 空间限制物理调控芽殖酵母细胞周期进程
一项发表于 Nature Communications 的研究显示，三维空间限制可在物理层面调控芽殖酵母（budding yeast）的细胞周期进程，拓展了细胞周期调控除遗传、代谢与生化途径之外的力学维度。该研究关注复杂天然环境的力学特性如何影响这一基本过程。
公众号：单细胞天地精选AI 评分8484 Nature 研究鉴定癌前效应性 Treg 细胞轴，PI3Kδ 抑制可在小鼠中拦截肺癌发生
一项发表于 Nature 的研究整合单细胞 RNA 测序、TCR 测序与 Xenium 空间转录组，在高级别癌前气道病变中鉴定出 BATF+ 效应性 Treg 细胞，并构建了淋巴结—循环—气道的跨组织调控轴。
推荐理由：研究把肺癌免疫干预窗口前移到癌前阶段，并用跨组织克隆共享与空间结构给出可追踪的细胞轴。
ScienceDailyAI 评分6060 斯坦福大学开发 iISM 显微镜，无需荧光标记即可观察活细胞内部结构
斯坦福大学团队开发出干涉图像扫描显微镜（iISM），将干涉散射显微与阵列探测器结合，在无需荧光标记的条件下实现约 120 纳米分辨率，可实时观察活细胞内多种结构同时运动与相互作用。
Genome MedicineAI 评分5858 研究用临床神经影像刻画 22q11.2 缺失综合征的脑结构
一项发表于 Genome Medicine 的回顾性横断面研究，用 92 例 22q11DS 患者（0.5–21 岁）和 252 例匹配临床对照的常规临床 MRI，结合 1,995 例参考扫描的规范建模，刻画该综合征的脑结构偏离。
Genome MedicineAI 评分5858 SHH 型髓母细胞瘤单细胞与空间纵向图谱揭示复发相关程序及候选治疗靶点
研究对 22 例 SHH 型髓母细胞瘤样本（16 例原发、6 例复发，含 4 对原发-复发配对）开展 snRNA-seq（n = 16）、snATAC-seq（n = 13）和空间转录组（n = 6）分析，并结合 25 例样本的外显子变异数据，另用 48 例样本（24 对原发-复发配对）的 bulk RNA-seq 做验证。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 ParaDISM 发布：面向高度同源基因区域的短读段精确比对流程
ParaDISM 是一个用于精化标准比对结果的流程，通过参考序列的多序列比对识别可区分位点，仅在有无歧义的序列特异性证据时才把读段或读段对分配到某条序列，证据不足的读段报告为未分配。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 Genes2Reg 通过异构图注意力网络融合多源生物知识构建基因耦合先验
Genes2Reg 提出用异构图注意力网络（HGAT）把蛋白互作、通路共属、调控靶向等异质生物网络融合为单一对称的基因-基因耦合矩阵，形成可正则化任意基因索引模型的任务无关先验。
Genome MedicineAI 评分6262 中国人群冠状动脉疾病跨族裔多基因风险评分的开发与验证
研究用 PRS-CSx 整合欧洲与东亚的冠状动脉疾病 GWAS 汇总数据，构建跨族裔多基因风险评分，并在中国慢性病前瞻性队列（CKB）的 72,782 人中外部验证。
BMC BioinformaticsAI 评分3838 结合深度表示学习的混合束搜索框架用于多序列最长公共子序列问题
一种融合深度表示学习的混合束搜索框架被提出用于求解多序列最长公共子序列（MLCS）问题，由轻量 Transformer 编码器结合对比学习、非支配过滤与双准则评估、多维评分模型三个模块构成。
Phys.orgAI 评分2323 科学家揭示日本蜗牛壳左旋或右旋的肌球蛋白基因机制
诺丁汉大学与东北大学团队在日本野生Euhadra蜗牛中发现，肌球蛋白基因的自然差异决定壳的左右旋向，相关成果发表于Current Biology。该基因的微小变化通过影响胚胎早期细胞的顺时针或逆时针扭转，设定成体壳与器官的手性方向，且左旋与右旋个体均能正常发育。研究还借助日本山区左右旋个体可交配的种群，揭示左旋型存在自然选择证据。
Bluesky：Will Ratcliff (@wcratcliff.bsky.social)AI 评分2222 酵母在黏稠环境中如何分裂？新论文探究细胞周期在面团、黏液与组织中的表现
一项新论文研究酵母被包裹在黏稠基质中时如何完成细胞分裂，指出以往对细胞周期的认识多来自液体或平板培养，而自然界中酵母实际生活在面团、黏液、土壤和组织里。作者称很喜欢这项工作。
allen instituteAI 评分5858 Gladstone 研究所与 Allen Institute 研究发现阿尔茨海默病中记忆脑节律减弱，增强 Nav1.1 可恢复节律并改善记忆
Gladstone 研究所与 Allen Institute 的一项新研究显示，记忆背后的脑节律在阿尔茨海默病中减弱，细胞以波的形式放电、像传递接力棒一样，而在阿尔茨海默病中这种传递出现中断。增强 Nav1.1 可恢复这一节律并改善记忆。该结果来自 @AllenInstitute 发布的推文，未给出研究规模、模型体系或发表状态。
Medical XpressAI 评分6060 近千例前列腺肿瘤全基因组分析揭示侵袭性相关基因组亚型
研究团队用计算方法分析近 1000 例前列腺肿瘤的全基因组测序数据，构建了可能驱动前列腺癌的遗传改变目录，发现 97% 的肿瘤至少携带一个已知或潜在驱动改变。研究识别出四种与不同临床结局相关的基因组亚型，其中两种与显著更高的转移风险相关，并在近四分之一肿瘤中找到现有癌症药物的潜在靶点。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分5252 面向真菌过氧化物酶发现与酶–底物预测的计算–实验整合流程
研究提出一套计算–实验整合流程，用于在数据稀缺条件下优先筛选、表征并建模真菌非特异性过氧化物酶（UPO）。从 3000 多条候选序列中筛出 59 个推定 UPO，在大肠杆菌中分两批表达并用比色底物检测，得到 27 个表达与活性一致的 UPO；随后用 15 个新 UPO 和 4 个参考酶对 27 种底物做活性筛选，构建酶–底物活性数据集。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分4747 激酶抑制剂结合后可改变质子化或互变异构状态
利用多构象连续静电（MCCE）方法，计算了9个激酶结构域与18种FDA批准抑制剂在37个共晶结构中的质子化与互变异构分布，全流程重复三次并给出运行间不确定度。结果显示蛋白净电荷与质子分布基本稳定，而抑制剂电荷在结合后频繁增减；结合使低能态（ΔG < 2.8 kcal/mol）相对概率发生移动，但不提高高能态概率。
Science AdvancesAI 评分5858 TAK-243 的 CRISPR 筛选揭示 HAPSTR1/HUWE1 轴调控染色质蛋白稳态与细胞周期
研究在泛素 E1 抑制剂 TAK-243 存在下开展全基因组 CRISPR 敲除筛选，鉴定出 239 个基因，敲除这些基因会使细胞对泛素化阻断更敏感。后续分析显示，核蛋白 HAPSTR1 将 E3 连接酶 HUWE1 招募到染色质，维持染色质相关蛋白组的稳定，而 HAPSTR1 自身在细胞周期进程中被 HUWE1 降解。
Science AdvancesAI 评分6060 肌肉干细胞分泌 Fibrillin-1 基质维持静息状态，缺失可致马凡综合征相关肌病
Science Advances 发表研究，发现基质糖蛋白 Fibrillin-1（FBN1）是 Notch 调控的肌肉干细胞自主效应因子，对维持干细胞静息状态必不可少。
Science AdvancesAI 评分5555 SIK2 通过驱动巨噬细胞促炎并损害胞葬作用阻碍梗死后心脏修复
研究发现，巨噬细胞中的 SIK2 通过促进 TRAF2 磷酸化与 K63 多泛素化，经 P38 和 NF-κB 通路加重炎症并损害胞葬作用，从而阻碍心肌梗死后的心脏修复。巨噬细胞特异性敲除 SIK2 可缩小梗死面积、改善愈合，而特异性过表达则加重心脏改变，P38 抑制可减轻这一效应。在小鼠中药物失活 SIK2 能显著增强梗死后心脏修复，提示其作为治疗靶点的潜力。
Science AdvancesAI 评分4747 CellDiffusion：通过精准推断细胞间关联增强 scRNA-seq 数据整合
CellDiffusion 是一个无监督图模型，通过扩散过程传播细胞特征、学习细胞间注意力网络，在整合 scRNA-seq 数据时自适应识别跨批次对应细胞群并进行细胞特异性校正。该模型在包括人子宫内膜在内的多个数据集上验证，生成的细胞嵌入在跨批次对齐细胞的同时保留固有细胞类型与发育轨迹，并提升了标签转移、聚类和轨迹推断等分析。
GENAI 评分5858 常见内分泌干扰物暴露或改变正常乳腺发育
Tufts大学医学院与Boston University团队在PNAS发表研究，用13名健康年轻女性捐赠组织培养的三维乳腺类器官，发现BPA、BPS、BPF在低浓度混合暴露时会扰乱类器官发育，诱导细胞外基质重塑、上皮可塑性和部分上皮-间质转化相关转录程序，并伴随广泛的DNA甲基化重塑。
Phys.org精选AI 评分8888 AI 从头设计可识别并切割指定蛋白靶点的蛋白酶
David Baker 团队组合 RFdiffusion2 的 RFD2-MI、ProteinMPNN、EnhancedMPNN 和 AlphaFold 3 从头设计半胱氨酸蛋白酶与锌蛋白酶，两项结果分别发表于 Nature。
推荐理由：两篇 Nature 论文用 RFdiffusion2、ProteinMPNN 与 AlphaFold 3 组合从头设计蛋白酶，并给出实验验证的成功率与提速幅度。
Antonio RegaladoAI 评分5858 古 DNA 与现代 DNA 提示夏威夷人群源自复活节岛
古 DNA 与现代 DNA 证据提示夏威夷人群来自复活节岛，作者称这段跨赤道的独木舟航程约 7,000 公里。帖子附有斯坦福大学关于这项夏威夷遗传学研究的新闻链接。
Bluesky：Hutlab (@hutlab.bsky.social)AI 评分3333 用管家基因 cpn60 作为微生物群落谱分析与活性评估标志物的新论文
一篇新论文提出用管家基因 cpn60 作为标志物，用于微生物群落谱分析与活性评估。研究针对高通量测序难以区分复杂群落中活菌与非活菌的问题，论文发表于 Microbiome。
eLife精选AI 评分7878 无病毒谱系追踪与活体成像显示 NeuroD1 不能将微胶质细胞重编程为神经元
eLife 发表的研究用小鼠无病毒遗传谱系追踪系统在微胶质细胞中特异表达 NeuroD1，并在多个时间点追踪其命运，结果显示表达 NeuroD1 的细胞在生理和损伤条件下都保持微胶质细胞身份、不能转为神经元。
推荐理由：用无病毒谱系追踪、双光子活体成像和单细胞转录组三重证据，检验 NeuroD1 能否把微胶质细胞转成神经元。
Medical XpressAI 评分4242 悉尼科技大学团队开发 AI 工具，用 transformer 模型提升缺血性卒中遗传风险预测
悉尼科技大学（UTS）团队开发了一款基于 transformer 的 AI 模型，通过分析 DNA 中遗传变异的位置与相互作用来预测缺血性卒中风险，在 UK Biobank 和美国 All-of-us 数据库上比既往遗传风险工具更准确。
PLOS Computational BiologyAI 评分6262 CLIMB 与 CLIFF 框架通过单细胞到 bulk 转录组映射计算解卷积药物敏感性
作者提出 CLIMB 和 CLIFF 两步机器学习框架，将 bulk RNA-seq 解卷积为细胞类型组成与表达，再把 bulk 药物敏感性测量解析为细胞亚型和单细胞特异的图谱。
PLOS Computational BiologyAI 评分2626 弱扩散与景观面积如何必然促进异质集合群落中竞争物种的局域生物多样性
研究用空间 Lotka–Volterra 竞争模型的解析近似证明，局域物种存续取决于各斑块总密度与局域排斥率的平衡，局域多物种共存由可行性域（feasibility domain）决定。
PLOS GeneticsAI 评分3838 NLGN3 自闭症变异在果蝇突触与睡眠行为中表现出不同功能影响
研究在果蝇中构建了三个 NLGN3 自闭症相关变异（p.R175W、p.R451C、p.R597W）的转基因模型，发现它们对突触与睡眠的影响各不相同。p.R175W 和母源遗传的 p.R451C 主要改变突触形态而对囊泡动态影响很小，p.R597W 则主要改变睡眠与囊泡动态而突触形态影响轻微。