单细胞与空间转录组揭示 DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞互作驱动肝内胆管癌免疫抑制微环境
整合单细胞 RNA 测序与空间转录组构建人肝内胆管癌（ICC）细胞与转录图谱，发现 CD8+ 增殖 T 细胞存在终末型与祖细胞样两种耗竭程序。DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞在多个独立 ICC 队列中呈强正相关，并在肿瘤微环境中空间邻近，其互作预测涉及 TGFB1–TGFBR1 信号轴，可能促进肿瘤进展与免疫治疗耐药。
#论文/研究
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838
Bluesky：Dr Radu Zabet (@raduzabet.bsky.social)AI 评分2222 英国人群全血 DNA 甲基化个体间变异研究：Genome Biology 论文配套播客上线
一项发表于 Genome Biology 的研究系统调查了英国人群中全血 DNA 甲基化的个体间变异，并据此编目可变与稳定的表观遗传位点。该工作基于 Understanding Society 队列数据，作者 Radu Zabet 与 Leo Schalkwyk 在一档新播客季首期中讨论了这项成果。
Bluesky：Alejandro Manzano Marín (@amanzanom.bsky.social)AI 评分2020 植食性半翅目昆虫宿主与营养共生菌的协同演化多样化
植食性半翅目昆虫与其营养共生菌之间存在协同演化多样化关系，相关研究发表于 doi.org/10.1016/j.co...。原文未提供研究对象规模、方法工具及数据公开状态等具体信息。
Bluesky：Manvendra Singh (@manusingh.bsky.social)AI 评分4242 单核调控图谱将转座子与成年海马神经发生联系起来
一项预印本发布“A single-nucleus regulatory atlas links transposons to adult hippocampal neurogenesis”，由 RETROGEN 实验室的 Umut、Fede 和 Souad 主导完成。该研究构建单核调控图谱，将转座子与成年海马神经发生建立联系，全文可在 bioRxiv 获取。
Cell Genomics精选AI 评分7878 九种哺乳动物脑单细胞多组学比较揭示细胞类型特异的调控保守性
Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较，发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上，还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示，古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。
推荐理由：跨九种哺乳动物比较脑内基因调控，把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。
PatternsAI 评分2020 神经元异质性对执行认知任务的循环网络影响多样
Santhosh 与 Narayanan 用大量在同一认知任务上训练的循环神经网络发现，神经元间差异对学习、任务表现、活动模式和抗干扰能力的影响高度多样，且取决于网络超参数、变异的数量与类型以及性能度量方式。结果提示应将神经网络作为完整交互系统在大量样本中研究，而非孤立关注个体差异。
Molecular Systems BiologyAI 评分5858 研究团队用精氨酸富集改造 CgCas12n，构建高效基因组与碱基编辑平台 eCgCas12n
研究团队通过精氨酸富集策略改造 Corynebacterium glutamicum Cas12n（CgCas12n），获得编辑效率提升约 60 倍的变体，并缩短 sgRNA 支架而不损失活性，组合成增强型 eCgCas12n 系统用于哺乳动物细胞基因组编辑。
Bluesky：Chris Tape (@christophertape.bsky.social)AI 评分4242 膳食脂肪与神经酰胺经 YAP 驱动结直肠癌 revival 干细胞命运
一项研究显示，膳食脂肪与神经酰胺可驱动结直肠癌（CRC）中由 YAP 介导的 revival 干细胞命运。该研究发表于 Science，具体数据与结论细节未在原文中展开。
Bluesky：Igor Adameyko (@adameykolab.bsky.social)AI 评分2020 研究揭示人类面部个体差异的潜在形成机制
一项新研究聚焦人类面部个体性的潜在形成机制，指出胚胎发育阶段为终生面部特征奠定基础。相关成果已在 Nature 发表。
Bluesky：Elizabeth Wood, PhD (@lizbwood.bsky.social)AI 评分2828 Jura Bio 推出连续变分合成，可在千万亿级规模合成生成模型设计的 DNA 序列
Jura Bio 宣布推出连续变分合成（continuous variational synthesis），称其提升了按生成模型设计 DNA 序列进行合成的能力，规模可达 petascale。相关说明见 jurabio.com/s/cvs.pdf。
Feng ZhangAI 评分3232 张锋称赞微生物基因组语言模型研究
Feng Zhang 称赞一项利用基因组语言模型发现微生物基因组中新系统的研究，并向 David Li、Garyk Brixi、Brian Hie 及团队致贺。
公众号：达摩院DAMO精选AI 评分7878 阿里达摩院发布食管癌 AI 模型 DAMO EAGLE，用平扫 CT 识别早期与癌前病变
阿里达摩院发布食管癌 AI 模型 DAMO EAGLE，尝试在不插管的情况下，从胸部平扫 CT 中识别早期食管癌和癌前病变。研究团队把内镜报告和增强 CT 上的病灶位置配对到平扫 CT 上训练模型；在机会性筛查场景下，模型对食管癌的敏感性为 90%，对癌前病变为 52.5%，真实场景特异性为 99.2%，在低剂量 CT 上性能未见下降。
推荐理由：在机会性筛查场景下，该模型对食管癌的敏感性达到90%，并给出了癌前病变与特异性的具体数字，可供关注影像 AI 早筛的读者对照。
Bluesky：Teif lab (@teiflab.bsky.social)AI 评分5858 Zeng 等预印本提出转录因子读取染色质中的第二套调控密码
Zeng 等 2026 年在 bioRxiv 发布预印本，提出转录因子除读取 DNA 一级序列外，还解读写在核小体结构中的第二套调控密码。作者在摘要中称，其发现表明转录因子同时解读两层互补的基因组信息，即 DNA 序列与核小体结构编码。原文未给出具体数据规模与代码开放情况。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Cell SystemsAI 评分5858 iPSC 来源神经元中 CRISPR 相关酶被错误定位到细胞质，导致 KRAB(KOX1) 特异性降解
Cajka 等人在 Cell Systems 报告，iPSC 来源神经元中依赖 SV40 NLS 的 CRISPR 构建体无法定位到神经元细胞核，导致 dCas9-KRAB(KOX1) 在细胞质中被降解。改用其他 NLS 可恢复蛋白定位与表达，说明错误定位是 CRISPR 在终末分化细胞中效率偏低的一个关键因素。
Bluesky：Society for Mucosal Immunology (@societymucosalimm.bsky.social)AI 评分4242 新方法结合细菌特异性荧光探针与光谱流式，绝对定量并追踪早产儿体内被免疫球蛋白结合的微生物
一种结合细菌特异性荧光探针与光谱流式的新技术，可对免疫球蛋白结合的微生物进行绝对定量与追踪，并已应用于早产儿。该方法由 @thehandiestlab 等人在 Cell Host & Microbe 发表。
中国科学院遗传与发育生物学研究所AI 评分5555 曹晓风团队编辑小麦 TaABA2 uORF，提升耐逆性与抗穗发芽能力
中国科学院遗传与发育生物学研究所曹晓风团队用单碱基编辑技术定点突变小麦 TaABA2-5A 基因的 uORF，解除其对下游主基因的翻译抑制，在不改变转录水平的情况下提高翻译效率和内源 ABA 含量，使小麦获得耐盐、耐旱能力与穗发芽抗性。
Bluesky：Thomas Gorochowski (@chofski.bsky.social)AI 评分4242 用重组酶构建跨物种遗传回路：纳米孔测序揭示其真实工作机制
研究展示纳米孔测序可用于解析重组酶构建的跨物种遗传回路的内部工作机制。相关成果已发表，DOI 为 doi.org/10.1038/s414...。
Europe PMCAI 评分3838 美沙酮相关离子电流效应的计算模拟预测 QT 间期延长
基于 Tusscher-Noble-Noble-Panfilov（2004）模型和 Cardiac Safety Simulator 2.2 构建动作电位与心电图模型，用美沙酮多离子电流的体外数据模拟其致 QT 间期延长效应。
Europe PMCAI 评分2020 aiAtlas 1.2 模拟罕见病 ERCC2（XPD）变异基因功能恢复与救援阈值：验证性案例研究
aiAtlas version 1.2 模拟 136 个虚拟诱导多能干细胞来源细胞系，覆盖野生型、单突变、多突变、人肿瘤来源及基因融合等 ERCC2 状态，识别出约 20%–30%、约 50% 和超过 80% 三个非线性功能恢复阈值。
Bluesky：Dr Javier Sánchez Utgés (@javierutges.bsky.social)AI 评分2222 预印本：用对比学习嵌入做基于结构的虚拟筛选——DrugCLIP 案例研究
一项新预印本考察对比学习嵌入在基于结构的虚拟筛选中的表现，以 DrugCLIP 为案例。该预印本已发布在 bioRxiv，DOI 为 10.64898/202。
Cell GenomicsAI 评分4242 通过跨物种比较浓缩骨髓细胞类型特异性转录特征
作者提出一个框架，通过同时要求细胞类型特异性保守和跨多物种 scRNA-seq 数据集表达保守，来提取浓缩的标志基因特征。来自四种小鼠物种的骨髓微环境与造血祖细胞特征，能在两个外群灵长类物种中稳健解析细胞身份，捕获高度保守且具生物学意义的信息。
Cell SystemsAI 评分5858 研究重建4.6亿年间一个必需分子互作的界面演化
一项系统发育与实验重建研究追踪了一个必需分子互作在4.6亿年间的演化，发现历史替换不断随机地增强或削弱界面上的不同位点，逐步改变了亲和力的模式与生化基础，也改变了可能突变带来的效应。研究由Yeonwoo Park与V. Narry Kim完成，发表于Cell Systems。
中国科学院遗传与发育生物学研究所AI 评分5858 税光厚团队在 Med 发表猴痘及猴痘-HIV共感染血浆多组学研究
广州国家实验室/中国科学院遗传与发育生物学研究所税光厚团队与首都医科大学附属北京佑安医院冯英梅团队合作，在 Med 发表论文，整合血浆脂质组、代谢组、炎症因子和外泌体蛋白组，刻画猴痘及猴痘-HIV共感染的脂质-免疫失调与外泌体重塑。
Eran SegalAI 评分5555 npj Aging 论文：30 秒语音可捕捉生物学衰老特征
Eran Segal 团队在 npj Aging 发表论文，用 30 秒语音录音构建 Voice Age 模型，基于 Human Phenotype Project 的 7000 名参与者训练，预测实际年龄。
Europe PMCAI 评分3636 预测性虚拟细胞中的显式机制算子：证据、失效模式与单细胞扰动预测的最小证伪框架
这篇 Perspective 提出用最小证伪框架检验生物机制算子能否提升单细胞扰动预测：在统一锁定评测下，与晚期融合、容量匹配静态模型、容量匹配学习动力学算子及拓扑重连对照比较。
公众号：达摩院DAMO精选AI 评分8282 达摩院 DAMO RADAR 登上《科学》：一个模型识别 146 种腹部病症
达摩院发布通用医疗影像模型 DAMO RADAR，可覆盖含恶性肿瘤在内的腹部病症，研究团队评估了其中 146 种、涉及 18 个器官。该模型采用视觉-语言学习与器官级细粒度对齐策略，在近 4 万次真实世界检查中 AUC 达 0.913；与 26 名影像科医生的人机对比中，其平均准确率超过其中 23 名，AI 提示下医生识别疾病的敏感性提高 10%、用时减少 30% 以上。
推荐理由：该模型用器官级细粒度对齐把腹部 CT 与报告文本对齐，并给出与 26 名影像科医生的人机对比结果，可供做医学影像基础模型的人参考。
Mohammed AlQuraishi精选AI 评分7878 OpenFold3p2 联合 Apheris 用五家药企内部数据训练蛋白-配体共折叠模型
Mohammed AlQuraishi 与 Apheris 合作，用五家药企内部的蛋白-配体复合物数据库训练 OpenFold3p2。作者称由于 PDB 中类药化合物相对稀少，这批数据使相关结构数据量增加 3-4 倍，并带来精度的大幅提升。引用内容提到，五家药企在数据不出内网的前提下共同训练了这一个共折叠模型，其表现明显优于最好的公开模型，Nature News 对此做了报道。
推荐理由：OpenFold3p2 在五家药企内部蛋白-配体结构数据上联合训练，为私有数据能否提升共折叠模型精度提供了一个可参照的案例。
Pardis SabetiAI 评分6767 Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供近实时贝叶斯系统发育分析
Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供可扩展、近实时的贝叶斯系统发育分析，把更快的推断引擎与可交互界面结合起来。该工作由 Patrick Varilly 主导，与 Ben Fry 和 fathominfo 团队共同开发，论文见 https://www.nature.com/articles/s41586-026-11012-6，工具可在 https://delphy.bio/ 试用。
Bluesky：John Ebos (@ebos.bsky.social)AI 评分3030 肿瘤免疫微环境重塑可预测免疫检查点抑制剂应答
肿瘤免疫微环境重塑可预测免疫检查点抑制剂治疗应答，相关研究发表于 ScienceDirect。原文未披露研究对象、样本量、具体方法及数据公开情况。
GigaScienceAI 评分5252 分子锚定的空间转录组框架实现 CA1–Sub 精确分区并解析阿尔茨海默病区域转录变化
研究提出一个分子锚定的空间转录组框架，用 Stereo-seq 与 snRNA-seq 参考定义 CA1 与 Sub 的可复现分子分区。
Bluesky：Molly Przeworski (@mollyprz.bsky.social)AI 评分4242 Matin Saeidi 与 Will Milligan 建模人类突变因子等位基因动态，探讨三联体子代调查可发现何种突变因子
Matin Saeidi 与 Will Milligan 对人类突变因子等位基因动态进行建模，并探讨通过三联体子代调查应预期发现哪些类型的突变因子。相关工作引用《Dynamics of mutators of arbitrary dominance in humans》。
Bluesky：Roychoudhuri Lab (@roychoudhurilab.bsky.social)AI 评分4242 不同方法学共同指向 PRDX1：肿瘤来源抗氧化剂通过剥夺 T 细胞活性氧抑制免疫
两项采用完全不同方法学的研究共同指向 PRDX1。Julian Lum 团队的 CRISPR 筛选在人类卵巢癌腹水中鉴定出 PRDX1，其缺失可提高 T 细胞内 ROS 并增强 T 细胞功能。相关成果分别发表于 Science 与 bioRxiv。
Bluesky：Roychoudhuri Lab (@roychoudhurilab.bsky.social)AI 评分4444 Julian Lum 团队 CRISPR 筛选发现 PRDX1 缺失增强 T 细胞抗卵巢癌腹水抑制功能
Julian Lum 团队用 CRISPR 筛选鉴定出使 T 细胞对人卵巢癌腹水抑制活性敏感的因子 PRDX1，其缺失可升高细胞内 ROS 并增强 T 细胞功能。
Cell SystemsAI 评分5858 血浆蛋白被整合进与心血管代谢疾病相关的跨组织基因调控网络
Bankier 等利用 STARNET 研究数据开展跨多组织的平行多组学整合分析，显示血浆蛋白是跨组织基因调控网络（GRN）的组成部分。不同 GRN 的蛋白质组特征与心血管代谢结局及风险因素相关。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 Rendeiro 实验室发布人体组织衰老单细胞图谱预印本
Rendeiro 实验室在 bioRxiv 发布预印本，以单细胞分辨率绘制人体组织衰老图谱，覆盖 3.5 billion 个细胞、16 个器官、980 名供体，跨越成年生命周期。该工作由 @e-abila 主导，论文链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
Heidi LedfordAI 评分4242 食物中毒细菌驱使免疫细胞从肠道奔向大脑
Heidi Ledford 推荐了 gvconroy 在 Nature 发表的一篇报道，讲述食物中毒相关细菌促使免疫细胞从肠道迁移至大脑的故事。
Cell SystemsAI 评分6262 Darmawan 等提出蛋白语言模型多突变采样策略与计算评测框架
Darmawan 等为蛋白语言模型提出利用上位互作的多突变采样策略，并配套一个从相关性、质量和多样性三方面评分的计算评测框架。在多种蛋白适合度景观上的基准测试中，其设计优于标准的单突变方法，作者据此给出蛋白工程的实践建议。
Joe PickrellAI 评分4242 APOE 与其他基因变异对阿尔茨海默病风险的交互作用研究
Joe Pickrell 分享了一项发表在 Nature Genetics 的研究，该研究展示了 APOE 状态与其他遗传变异在阿尔茨海默病风险上的交互作用。
Molecular Systems BiologyAI 评分5252 新计算去卷积方法从批量蛋白质组数据解析芽殖酵母细胞周期蛋白动态
研究团队开发了一种计算去卷积方法，用于解析细胞周期依赖的蛋白浓度动态，并应用于新的芽殖酵母批量蛋白质组数据。该方法的核心是一个酵母群体模型，用实验获得的细胞周期进程和体积生长数据参数化，以量化采样群体中的失同步程度；作者对 3272 个蛋白做去卷积，用交叉验证确定正则化参数，识别出 539 个具有细胞周期依赖动态的蛋白。