生信日报 · 2026 年 10 月 25 日 · 星期日
BIOINFOSOUL
Cell 发表 SPARCS 平台：近 7000 万细胞图像表型的全基因组 CRISPR 筛选
德国慕尼黑大学 Veit Hornung 团队与马克斯·普朗克生物化学研究所 Matthias Mann 团队等在 Cell 报道了 SPARCS，将高内涵显微成像、深度学习分类、自动化激光显微切割与 sgRNA 测序整合为一条流程，使复杂细胞图像表型可用于全基因组 CRISPR 筛选。平台在可激光切割的 PPS 膜上培养细胞，用开源工具 py-lmd 生成切割路径，回收效率约 1000 个细胞核/小时、实际收集效率约 80%。
公众号：生信人原文 方法与工具
Nature Communications一手轻量便携超声机器人实现自主肝脏超声扫查
研究团队提出一套轻量机器人肝脏超声系统，末端执行器重 588 g，采用解耦设计，由受过超声医师经验训练的 AI 智能体控制，可直接贴附于腹部，在呼吸运动和患者侧扰动下保持稳定压力与受控运动。该智能体整合空间、触觉与视觉反馈，学习超声医师的扫查轨迹，以跨越不连续声窗并获取标准切面。在 102 名健康参与者和 17 名患者中的评估显示，系统获得临床可解读图像，解剖测量结果与临床参考接近。团队还在青藏高原高海拔、低资源环境中将其用于肝包虫病筛查，并在车载扫描等动态场景中评估表现，作者认为这支持便携、患者佩戴式机器人用于专科之外场景的标准化超声。
中国科学院遗传与发育生物学研究所一手王延鹏研究组合作在 Nature Plants 发表着丝粒编辑小麦染色体核型重写技术
中国科学院遗传与发育生物学研究所王延鹏研究组与合作者在 Nature Plants 发表研究，开发出基于着丝粒靶向编辑的染色体变异技术 CECV，利用 CRISPR-Cas9 靶向小麦着丝粒富集的 CRW 逆转录转座子，实现染色体全局重塑与复杂核型重构。全基因组测序显示，超过 60% 的 T0 代植株出现染色体尺度拷贝数变异，共检测到 121 个拷贝数增加或缺失事件，断点大多位于着丝粒靶点附近，单株最多涉及 11 条变异染色体。
BMC Bioinformatics一手RFhap：无需比对的长读长分型方法提升二倍体从头组装精度
研究团队提出基于三人组数据的长读长分型方法 RFhap，在从头组装前把长读段判定为母源、父源或未知单倍型。该方法整合多 k-mer 亲本特异标记、无需比对的 k-mer 查找引擎和随机森林分类器，以替代 Hifiasm-Trio 中固定 k-mer 长度与启发式规则的做法。
研究发现
公众号：单细胞天地另有 2 家信源报道Cell 研究：西方饮食经菌群诱导 Treg 脆性，驱动免疫治疗相关不良反应
一项发表于 Cell 的研究构建 LISA 小鼠模型，用西方高脂低纤维饮食联合抗 PD-1 等免疫检查点抑制剂，复现结肠、肝脏、皮肤、肺的多器官免疫相关不良反应（irAE），而单纯抗 PD-1 在标准饲料小鼠中难以诱发明显毒性。单细胞 RNA 测序、单细胞 TCR 测序与 ATAC-seq 显示，受累器官中细胞毒性组织驻留记忆 CD8+T 细胞扩增，肝脏 Treg 出现 Foxp3 下调、表达 Cxcr3、Tbx21、Ifng、Gzmb 的脆性状态，且脆性局限于靶器官而非脾脏。
Nature Communications一手法属波利尼西亚队列多组学研究揭示炎症与代谢相关罕见变异
研究团队对 1,043 名法属波利尼西亚痛风队列参与者开展全基因组测序，并结合血液代谢物与基因活性分析，发现当地常见而全球罕见的变异会影响分子性状与疾病风险。数百个变异改变代谢物水平、基因表达或剪接，却在全球参考数据集中缺失或罕见。具体发现包括：ANGPTL8 的基因破坏性变异降低血脂与炎症标志物，LRMDA 变异与 2 型糖尿病相关，alpha-globin 位点信号提示地中海贫血特质。整合分子与表型数据后，研究还在 SLC2A9 位点识别出 WDR1 为另一个痛风因果基因。作者认为，在代表性不足的人群中开展基因组研究有助于揭示广泛相关的疾病机制。
公众号：BioArt另有 1 家信源报道白晓春/陆地/陆声团队在Cell Metabolism揭示骨受力经PIEZO1-PEDF延缓全身衰老
南方医科大学白晓春、昆明医科大学陆地和昆明理工大学陆声等团队在Cell Metabolism发表论文，发现骨细胞通过PIEZO1感知机械力并调节PEDF等因子释放，进而影响全身衰老，减少骨受力会加速小鼠衰老并缩短寿命。研究显示，小鼠和人的骨组织及骨细胞中PIEZO1表达随年龄下降；在小鼠10个月大时特异性敲除骨细胞Piezo1，脑、肝、骨、肌肉的转录组衰老时钟平均提前约6.8—7.0个月，雄性中位寿命减少13.2%、雌性减少10.7%。
公众号：BioArtMEDScience：23andMe逾330万人队列量化生殖系EGFR T790M的肺癌风险
Dana-Farber/哈佛癌症中心LoPiccolo等人在Science发表研究，与23andMe合作在330多万个体中做变异水平关联分析，报告罕见生殖系变异EGFR T790M与肺癌高风险相关。研究从23andMe的10,162,685名参与者中检出641名携带者，携带者频率为0.0000631，其中58.0%为女性、67.4%报告从不吸烟，肺癌诊断中位年龄59.5岁，非携带者为65岁。
公众号：BioArt肖百龙团队在Nature Neuroscience发表行为基因组学筛选体系并鉴定躯体感觉跨模态调控因子CRELD1
清华大学药学院肖百龙团队在Nature Neuroscience发表研究，建立了基于出生后AAV9递送sgRNA的CRISPR–Cas9基因编辑结合感觉行为学分析的行为基因组学筛选体系，并鉴定出触觉、温度觉、痛觉和痒觉的跨模态调控分子CRELD1。团队先用TRPV1、PIEZO2和Naᵥ1.7等已知基因验证平台可靠性，再对20个候选基因开展体内筛选。小鼠出生后敲除Creld1或成年DRG神经元中诱导删除Creld1，均导致对轻触、热、冷、伤害性机械及致痒刺激的行为反应减弱；过表达CRELD1则增强对轻触、热和冷刺激的反应。
医药产业
pharmaphorum另有 1 家信源报道ESMO26：BMS 与 SystImmune 的 EGFRxHER3 双抗 ADC 在乳腺癌 III 期优于化疗
百时美施贵宝（BMS）与 SystImmune 的 EGFRxHER3 双特异性抗体偶联药物 izalontamab brengitecan（iza-bren）在 ESMO 公布的 PANKU-Breast01 III 期研究中，用于既往至少一线化疗后的复发 HR 阳性 HER2 阴性晚期乳腺癌，相比化疗将疾病进展或死亡风险降低 59%。中位无进展生存期（PFS）为 8.2 个月，医生选择的化疗为 4.0 个月；确认客观缓解率（cORR）分别为 40.5% 和 20.2%。中期分析时总生存期（OS）数据尚不成熟，两组因副作用停药的比例都较低。
公众号：医药魔方中国生物制药 TQB2102 在 ESMO 公布 HER2 低表达乳腺癌 III 期数据
中国生物制药旗下正大天晴的 HER2 双表位 ADC TQB2102 在 ESMO 大会上以 LBA 口头报告形式公布了针对 HER2 低表达复发或转移性乳腺癌的 III 期 APEX-Breast01 研究结果。该研究随机入组 543 例患者，TQB2102 组 269 例、化疗组 274 例。HR+/HER2 低表达人群的中位 PFS 为 16.4 个月对 5.5 个月（HR 0.29，p<0.0001），整体人群 ORR 为 68.8% 对 31.0%，中位 DoR 均为 15.0 个月对 7.1 个月。
FiercePharma另有 1 家信源报道安进 Imdelltra 在小细胞肺癌显示大幅生存获益
FiercePharma 报道，安进（Amgen）的 Imdelltra 在小细胞肺癌中带来大幅生存获益，被形容为该领域的转折时刻，相关数据在 ESMO26 上公布。