NTDB 数据库发布，收录原核生物天然转化机器与调控基因
上海交通大学团队发布天然转化数据库 NTDB（https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/NTDB/），整合文献挖掘得到的 118 个天然可转化物种、1072 个转化相关基因和 10 个 DNA 摄取基序的实验验证数据。
#微生物组
Nucleic Acids ResearchAI 评分5858 Cell精选AI 评分7575 微生物组-胆汁酸轴介导女性对慢性肝病的保护作用
Cell 在线优先发表研究，提出一条微生物组-胆汁酸轴介导女性对慢性肝病的保护。由雌激素促进的肠道细菌联合体产生的女性富集胆汁酸 isoUDCA，通过 SREBP2-STARD4-CYP7B1 信号促进肝脏胆固醇处理和胆汁酸代谢，从而减轻慢性肝损伤。
推荐理由：研究把女性慢性肝病保护与肠道菌群来源的胆汁酸 isoUDCA 联系起来，并给出 SREBP2-STARD4-CYP7B1 信号通路这一机制线索。
BMC BioinformaticsAI 评分2525 乳腺癌相关肠道微生物组的分类、预测功能与网络特征分析
基于 PRJNA658160 的 804 份粪便 16S rRNA V4 测序数据（386 例乳腺癌、418 例健康对照），乳腺癌样本的分类学 alpha 多样性显著降低，13 个属存在差异丰度，Bacteroides、Erysipelatoclostridium、Parabacteroides 和 Fusobacterium 在乳腺癌中富集。
Nature CommunicationsAI 评分5858 dITP 通过改变 Kongming 复合物组装平衡激活 NAD⁺ 水解
研究发现，dITP 并非通过简单的构象变化激活 Kongming（Kom）系统的 KomBC 复合物，而是通过改变其组装平衡来实现。没有 dITP 时，KomBC 在紧密堆积的寡聚体和松散堆积的纤维之间处于平衡，两者均无活性；dITP 结合到 KomB 后，稳定纤维中紧密堆积的 KomC 核心并让催化残基对齐，从而激活 NAD⁺ 水解。
BMC BioinformaticsAI 评分5858 Metacontextify 发布：为海洋宏基因组样本自动补全环境注释
Metacontextify 通过 Copernicus Marine Service 数据，为海洋宏基因组样本自动检索温度、盐度、pH、营养盐等环境属性，可连接 ENA 和 MGnify 标识或采样坐标与日期。
eLifeAI 评分3838 RiboTRAP-seq 揭示秀丽隐杆线虫前肠与后肠在免疫和代谢调控中的空间特异性功能
研究用 RiboTRAP-seq 分别构建秀丽隐杆线虫前部 INT1 细胞与其余 INT2-9 肠细胞的翻译组，发现 INT1 是翻译上独特的肠亚区，富集免疫与应激反应基因。INT1 特异性基因的功能实验显示其在病原回避和个体存活中起作用，且 INT1 通过感知肠腔丙酮酸调控肠道胰岛素拮抗剂 INS-7 的分泌。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分2929 Ga3+ 替换 Fe3+ 的“特洛伊木马”抗菌策略：细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 中替换过程的建模
研究用分子动力学模拟、炼金术自由能计算与 QM/MM 方法，在原子层面刻画了细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 活性位点中 Ga3+ 替换 Fe3+ 的过程。模拟显示 heme B 辅因子的轴向配位环境在金属替换后基本保持，远端配体在组氨酸与配位水分子之间动态切换。自由能计算表明该替换在热力学上有利，为铁模拟抗菌剂的理性设计提供了机制依据。
Genome BiologyAI 评分5858 共生 Lachnospiraceae bacterium 3–1-57 鞭毛蛋白经 ILC3/IL-22 轴改善结肠炎相关黏蛋白岩藻糖基化缺陷
研究发现活动期溃疡性结肠炎患者肠道中 Lachnospiraceae bacterium 3–1-57 丰度降低，且与疾病严重程度呈负相关；在小鼠结肠炎模型中，活菌或其鞭毛蛋白 L. 3–1-57 Fla 可减轻肠道炎症和黏液屏障功能障碍，而 E. coli 鞭毛蛋白反而加重病情。
PLOS GeneticsAI 评分3333 古菌 T4F 机器的多样化与功能扩展
研究用新构建的 MacSyFinder2 模型对古菌 T4F 系统进行鉴定与分类，发现其多样性远超预期，许多生物携带一套或多套组装机器。基于结构系统发育分析显示，T4F 相关 ATPase 可变的 N 端结构域与子系统聚类一致，提示核心机器通过结构创新在古菌分泌 ATPase 家族内发生分化。
Bioinformatics AdvancesAI 评分3131 基于转录组谱与共表达整合筛选金黄色葡萄球菌生物膜相关sRNA–mRNA互作
研究整合菌株Bmb9393新测转录组与5株金黄色葡萄球菌公共数据，在生物膜与浮游条件下注释并刻画小调控RNA的表达与基因组环境，鉴定出10个生物膜中一致上调、4个一致下调的小调控转录本。
PLOS GeneticsAI 评分3131 乳酸与磷酸依赖的胞质酸化与结核分枝杆菌酸性pH下生长停滞相关
结核分枝杆菌在酸性pH最小培养基中以乳酸为单一碳源时生长停滞，转座子筛选发现phoT或pstC2（磷酸ABC转运体组分）插入突变体可恢复生长，去除磷酸同样解除停滞，表明该停滞依赖磷酸。乳酸与磷酸共同使胞质pH降至6.7以下，而phoT突变体维持胞质pH>7.2并保持更高膜电位；转录谱显示乳酸相关PMF应激特征，低磷酸下乳酸生长需regX3。
Bioinformatics AdvancesAI 评分2020 Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 三个保守致病相关基因组区域的计算表征
对 Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 基因组的整合计算分析识别出三个含溶血素产生、代谢适应、毒素-抗毒素系统、定植与免疫逃逸相关基因的基因组区域，15 个 Fusobacterium 基因组的比较分析提示这些区域广泛保守且垂直遗传。
Cell GenomicsAI 评分5858 RandomReadsMG：面向terabase级宏基因组模拟的快速工具
Bushnell、Schulz 和 Villada 推出 RandomReadsMG，一款可生成宏基因组测序数据集的快速模拟器，能控制群落丰度、不均匀基因组覆盖度以及平台特异的读段特征。该软件可扩展到 50,000 个基因组的群落规模，并支持可复现的基准评测与病原检测研究设计。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 研究团队开发结核分枝杆菌基因表达报告系统，在单细胞层面解析宿主环境中的表达动态
Aylan 等开发了一套针对结核分枝杆菌（Mtb）的报告系统，可在感染过程中可视化细菌的基因表达。结果显示，Mtb 在免疫细胞内呈现多种基因表达模式，且这些模式受细菌所处胞内环境的影响。该研究以方法开发为核心，论文发表于 Cell Reports Methods。
Broad InstituteAI 评分6060 跨真核生物线粒体蛋白目录揭示细胞能量工厂的新功能
Broad Institute 报道，研究人员构建了六种真核生物（五种寄生虫和一种植物）的线粒体蛋白目录，结合已有的人类和酵母线粒体清单，重新审视这一细胞器的功能与演化。该工作揭示了 Giardia 极小的线粒体蛋白组和 Acanthamoeba 线粒体的意外能力，并支持线粒体在真核生物演化中起源相对较晚的观点。结果还指出多种病原体共有、但人类缺失的线粒体蛋白，提示被忽视热带病的新治疗靶点。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分5252 MTB-KB 发布结核分枝杆菌研究文献整理知识库
MTB-KB 是一个文献整理型知识库，系统整合结核研究八个主要方向的高影响力发现，当前版本收录来自 1246 篇文献的 75,170 条关联，覆盖 18,439 个经权威数据库和 WHO 认可分类标准化的实体。
中国科学院遗传与发育生物学研究所AI 评分5858 税光厚团队在 Med 发表猴痘及猴痘-HIV共感染血浆多组学研究
广州国家实验室/中国科学院遗传与发育生物学研究所税光厚团队与首都医科大学附属北京佑安医院冯英梅团队合作，在 Med 发表论文，整合血浆脂质组、代谢组、炎症因子和外泌体蛋白组，刻画猴痘及猴痘-HIV共感染的脂质-免疫失调与外泌体重塑。
GigaScienceAI 评分5858 ICTV 病毒分类法通过公共本体 API 开放程序化访问
研究团队将 ICTV 的 MSL1 至 MSL41 全部 Master Species List 版本转换为统一的本体，包含超过 195,000 个当前与历史实体，并通过 Ontology Lookup Service 部署为公共 API。