NeoBridge 发布：结合生物物理特征与克隆结构为胰腺癌新抗原排序
Lana Mediavilla 等提出 NeoBridge，一个结合生物物理信息的机器学习集成方法，用于优先排序免疫原性新抗原。在胰腺癌中，亚克隆新抗原负荷而非克隆新抗原负荷与更差的生存相关，提示克隆结构应纳入疫苗靶点选择。
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Cell GenomicsAI 评分5555 CellAI 评分5858 细胞自组织调控铁死亡的传播方向与范围
Cell 在线发表的研究显示，局部细胞间相互作用会形成可编码铁死亡敏感与抵抗命运的细胞图案，并在细胞内建立极性脂质组织。这些生化与生物物理特性耦合后，使自组织的细胞群体能够定向并限制原本各向同性、无界扩散的铁死亡传播，从而提出一种在系统层面调控群体细胞命运的机制。
Cell精选AI 评分7878 慢性运动多组学图谱覆盖 22 种组织
研究团队构建了慢性运动的 22 种组织多组学图谱，刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应，以及骨骼肌中细胞类型特异的表观遗传重塑。图谱显示转录组、表观遗传、蛋白质组和代谢层面在全身范围内协同重塑。
推荐理由：该图谱覆盖 22 种组织，呈现运动适应在组织、性别和时间维度上的差异，为研究跨组织分子调控提供参照。
CellAI 评分4646 Azo-morphine-3（AM-3）实现阿片镇痛的可逆光控开关
Azo-morphine-3（AM-3）是一种光开关配体，可在低效价与高效价状态间切换，在体外及体内（中枢与外周）调控 mu-阿片受体活性。AM-3 可用于探究阿片效价的结构基础，并在多种疼痛模型中实现对镇痛的时空精准控制，副作用较全身用药减少。
Cell Reports MethodsAI 评分5858 Apus 实现大队列蛋白质组学数据的端到端自动化分析与质控
Cai 等人提出 Apus，一个把质谱原始数据采集、分析与质量控制整合在一起的端到端方案，可从原始质谱数据自动完成分析直至生物学解读。作者指出，大队列蛋白质组学目前受困于数据采集、分析和质控相互割裂的工作流，Apus 试图通过整合这些环节实现主动式质量管理。
CellAI 评分5858 靶向线粒体的四氧杂烷类化合物 WMK-1/2 通过脂质过氧化驱动铁死亡并抑制肿瘤
Pan 等人在 Cell 报道了含四氧杂烷结构的化合物 WMK-1/2，它们是第一代线粒体脂质过氧化诱导剂，可绕过 GPX4 和视黄醇介导的防御，触发一条独立的“mito-ferroptosis”亚通路。该工作在多种体内模型中显示出具有生物利用度的抑瘤活性。
Cell GenomicsAI 评分6060 多机构基准评测：细胞系混合样本检测低等位基因频率嵌合突变
Ha 等人用短读长与长读长全基因组测序，对低变异等位基因频率（VAF）嵌合突变的检测策略做多机构基准评测。研究由五家机构构建细胞系混合样本，以 PacBio HiFi 数据交叉验证 Illumina 平台的变异检测结果，据此构建分层参考集、界定现实检出下限，并为非癌组织中低 VAF（<2%）变异的全基因组分析给出最佳实践。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 Yeung 等发布 1000 多个可微分生物来源单神经元模型数据集
Yeung 等发布了一个包含 1000 多个可微分单神经元模型的数据集，这些模型拟合自小鼠和人类记录，可直接嵌入基于梯度的网络架构。作者指出，用生物真实的神经元构建人工网络此前受限于缺少既拟合数据又可训练的神经元模型。
Cell GenomicsAI 评分5858 RandomReadsMG：面向terabase级宏基因组模拟的快速工具
Bushnell、Schulz 和 Villada 推出 RandomReadsMG，一款可生成宏基因组测序数据集的快速模拟器，能控制群落丰度、不均匀基因组覆盖度以及平台特异的读段特征。该软件可扩展到 50,000 个基因组的群落规模，并支持可复现的基准评测与病原检测研究设计。
Cell Reports MethodsAI 评分5555 CFAR：用荧光各向异性实现无扩增的高通量内源基因表达检测
Wei 等人在 Cell Reports Methods 描述 CFAR，一种无需扩增、可及性较好的高通量方法，用于检测内源基因表达，弥补报告基因 assay 只能测启动子活性的局限。用 CFAR 做化学筛选，在结直肠癌细胞中筛出靶向致癌基因 MYC 表达的 FDA 已批准药物。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 研究团队开发结核分枝杆菌基因表达报告系统，在单细胞层面解析宿主环境中的表达动态
Aylan 等开发了一套针对结核分枝杆菌（Mtb）的报告系统，可在感染过程中可视化细菌的基因表达。结果显示，Mtb 在免疫细胞内呈现多种基因表达模式，且这些模式受细菌所处胞内环境的影响。该研究以方法开发为核心，论文发表于 Cell Reports Methods。
Cell SystemsAI 评分5252 FLIGHTED：从含噪高通量实验数据推断蛋白适应度地形
Sundar 等人在 Cell Systems 提出 FLIGHTED，一种通过从含噪高通量实验生成概率化适应度地形、来建模蛋白适应度测量不确定性的贝叶斯方法。该方法被应用于选择实验和一项高通量碱基编辑实验，并提升了蛋白适应度模型的性能。
Cell SystemsAI 评分6262 研究系统评估人类早期发育 blastoid 模型的转录组
Long 等人整合人类胚胎发育过程的单细胞转录组构建参考，并用互补指标评估四种 blastoid 协议。分析揭示了不同协议在细胞身份、发育时序和谱系结构上的差异，为比较和改进 blastoid 模型提供了系统依据。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 stFormer：整合空间配体信号的空间转录组基础模型
Cao 等提出空间转录组基础模型 stFormer，将细胞内上下文与空间配体信号整合进同一模型。相比单细胞基础模型，stFormer 在细胞层面和基因层面的分析上均有提升，并支持通过计算扰动研究空间配体信号的响应。
PatternsAI 评分5555 研究评测 Evo 2 与 megaDNA 生成基因组序列的真实性局限
Tzanakakis 等对 Evo 2 和 megaDNA 生成的长片段基因组序列开展基准评测，在多项互补的组成与组织特征上与自然基因组对比。合成序列仍可被检测出与自然序列不同，并随生成过程逐步偏离其条件种子，且修正单一伪影并不能保证整体基因组真实性。
Cell Genomics精选AI 评分7878 九种哺乳动物脑单细胞多组学比较揭示细胞类型特异的调控保守性
Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较，发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上，还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示，古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。
推荐理由：跨九种哺乳动物比较脑内基因调控，把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。
Cell SystemsAI 评分5858 iPSC 来源神经元中 CRISPR 相关酶被错误定位到细胞质，导致 KRAB(KOX1) 特异性降解
Cajka 等人在 Cell Systems 报告，iPSC 来源神经元中依赖 SV40 NLS 的 CRISPR 构建体无法定位到神经元细胞核，导致 dCas9-KRAB(KOX1) 在细胞质中被降解。改用其他 NLS 可恢复蛋白定位与表达，说明错误定位是 CRISPR 在终末分化细胞中效率偏低的一个关键因素。