Ed Boyden 展示 1 纳米分辨率膨胀显微镜
Ed Boyden 表示,在普通光学显微镜上就能看到蛋白质的形状,并称这是 1 纳米分辨率的膨胀显微镜。
Ed Boyden 表示,在普通光学显微镜上就能看到蛋白质的形状,并称这是 1 纳米分辨率的膨胀显微镜。
Nicolas Altemose 表示,包括 DiMeLo-seq 在内的 T2T 基因组表征方法登上 Nature Methods 封面。该期是 T2T 特刊,收录了端粒到端粒(T2T)联盟的多篇方法学论文,封面由 @giulio_formenti 和 Camilla Cima 创作。
Trevor Bedford 表示,美国境内 BA.4、BA.5 和 BA.2.12.1 的共循环已足以评估这些病毒的相对适合度。
Trevor Bedford 表示,正开始看到 Omicron 出现可能具有影响力的新亚系进化,重点关注 spike 蛋白 452 位残基的突变,并点名纽约的 B.2.12.1 以及南非的 BA.4 和 BA.5。
作者宣布描述 DiMeLo-seq 的论文已在 Nature Methods 发表。该方法利用长读长测序,在单条染色质纤维上定位特定蛋白-DNA 相互作用位点,作者称其在表观基因组学中有多种应用。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41592-022-01475-6。
Nicolas Altemose 等在 Science 发表 T2T 人类基因组研究的最终版论文,聚焦新加入序列中占比最大的部分,即各染色体着丝粒及其周边区域。论文链接为 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4178。
Trevor Bedford 指出,Omicron 可分为 PANGO 谱系 BA.1 和 BA.2(对应 Nextstrain 分支 21K 和 21L),全球测序样本中 21K 约 63 万、21L 约 1.8 万,但 21L 占比正在上升。
UCSF 的 Kyle 等人通过测试近 2400 个合成免疫受体蛋白,揭示了可用于改进 CAR-T 细胞癌症治疗的新基本规律。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv,题为用组合信号基序文库与机器学习探索嵌合抗原受体表型输出的规律。
Nicolas Altemose 推荐了一个详细讲解 DiMeLo-seq 的推文串,该推文串基于 Annie Maslan 在 nanoporeconf 会议上关于用 DiMeLo-seq 在全基因组范围绘制蛋白-DNA 相互作用的报告。
Jop Kind 团队提出一种新方法,把 DamID 扩展到在体内定位 DNA 与翻译后修饰蛋白之间的相互作用,并与 RNA-seq 联合使用,甚至可用于单细胞。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv,链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465688v1。
端粒到端粒(T2T)联盟的着丝粒周边卫星序列团队发布了对人类基因组中 6.2% 序列的详细分析,这部分序列此前约 20 年几乎完全缺失于参考序列。相关预印本已发布在 bioRxiv,链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.12.452052v1。
推荐理由:T2T 联盟对长期缺失的着丝粒周边卫星序列做了系统分析,可了解人类参考基因组补全的具体进展。
Ed Boyden 介绍,膨胀显微镜(Expansion microscopy)可帮助观察卵子形成过程中染色体分离所依赖的、行为类似液体的特殊结构,该工作来自 Max Planck 生物物理化学研究所 Schuh 实验室,发表于 Science。
Ed Boyden 对 Gregor Mendel 研究所 Nodine 实验室在 bioRxiv 发布的植物组织膨胀显微术(expansion microscopy)预印本表示关注。