Nature Structural & Molecular Biology：可变剪接微调模块化蛋白界面以调控蛋白定位
可变剪接通过微调模块化蛋白界面来调控蛋白定位，相关成果发表于 Nature Structural & Molecular Biology。该研究将可变剪接与蛋白定位控制联系起来，具体机制与数据细节原文未展开。
#论文/研究
Bluesky：Evelina Tutucci (@anilevetu.bsky.social)AI 评分4242 Kresten Lindorff-LarsenAI 评分2020 p21 内在无序蛋白经典论文发表30年
Kresten Lindorff-Larsen 提到 Richard Kriwacki、Peter Wright 等人关于 p21 在游离态与 Cdk2 结合态下结构研究的 IDP 论文发表于30年前的今天，该研究显示构象无序介导结合多样性。
Medical XpressAI 评分5858 EpiPred 模型可识别 STXBP1 相关癫痫致病错义变异
美国西北大学医学院等机构开发出基因特异性机器学习模型 EpiPred，用于预测 STXBP1 错义变异是否致病，相关研究发表于 Journal of Clinical Investigation。
ScienceAI 评分2828 植物如何解码免疫原性聚糖
植物通过针对特定糖类的不同识别系统，确保触发适当的免疫应答或维持性反应。
Sam FinlaysonAI 评分6262 JAMA 论文分析 OpenEvidence 上 2.71 亿条临床医生查询
JAMA 发表的一项研究分析了 950K+ 名临床医生在 OpenEvidence 上 2.5 年间的 2.71 亿条查询，月活跃用户从 355 增至 700K+，9/10 的用户会持续回访。
Arne Elofsson @arneelof.bsky.socialAI 评分2222 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276526006192
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276526006192
Bluesky：Victor Javier (@vjsanchez.bsky.social)AI 评分5858 NeoBridge 在 Cell Genomics 发表，用机器学习为新抗原优先级排序
NeoBridge 是一个结合生物物理信息的机器学习集成工具，用于按触发免疫应答的可能性为新抗原排序，作者称其可用于胰腺癌（PDAC）这类优质靶点稀缺的场景。论文还报告克隆架构携带预后信息，其中亚克隆新抗原负荷而非克隆负荷与预后相关，代码已开放。该工作由 Lana Mediavilla 等人在 Cell Genomics 发表。
PLOS Computational BiologyAI 评分5555 CtDToolkit 发布：为神经活动动力学模型提供合成数据集与质量指标
作者团队发布 Computation-through-Dynamics Toolkit（CtDToolkit），为神经动力学模型提供三类资源：反映生物神经回路计算特性的合成数据集、量化模型性能的可解释指标，以及支持有或无已知外部输入时训练与评估模型的标准化流程。
PLOS Computational BiologyAI 评分3838 利用空间结构在社区尺度设计空间靶向疟疾干预
研究构建马达加斯加东南部某区的双年龄组空间显式疟疾模型，拟合实地病例报告与患病率数据，模拟IRS、LLIN补充覆盖和ACD三种干预在五种空间靶向情景下的效果。非靶向干预总体最有效但资源效率最低，基于空间中心性的靶向策略覆盖人口更多、运输资源更少。任何干预组合均未能消除该区疟疾，但高检测率下ACD可避免100%的重症疟疾病例。
PLOS GeneticsAI 评分4040 组织-血浆配对全基因组DNA甲基化分析鉴定胃癌诊断cfDNA新标志物
对29对胃癌及癌旁组织和61例胃癌患者、29例健康对照的血浆cfDNA进行WGBS，鉴定出32个在组织与血浆中一致变化的稳定DMR，并筛选出8个核心诊断标志物。
Bluesky：Dr. Ahna Skop (@ahnaskop.bsky.social)AI 评分4242 Waldo：对同一细胞进行活细胞成像与单细胞测序的基因条码方法
一种名为 Waldo 的基因条码方法可对显微镜下观察到的同一批细胞先做活细胞成像、再做单细胞测序。相关预印本已发布在 bioRxiv，作者称其目标是让研究者能测序显微实验中关注的那一个细胞。
eLifeAI 评分2222 花瓣身份基因 PhDEF 在表皮层具有主要结合与调控作用
结合单细胞 RNA-Seq 与 ChIP，对矮牵牛 phdef 细胞层特异性突变体的分析显示，花瓣身份基因 PhDEF 在表皮与叶肉中调控不同靶基因，且在表皮中结合更显著、调控作用更强。研究发现 PhDEF 靶基因的结合谱高度多样，包含层特异性与非特异性结合位点的复杂组合，表明细胞层身份会影响同源异型基因的调控过程。
ScienceDailyAI 评分5858 研究解析 TKP 免疫受体识别稻瘟病菌效应子的结构基础并实现双特异性改造
英国 John Innes Centre 与日本神户大学团队在 Science Advances 发表研究，用生物物理方法和晶体学解析了禾本科作物 tandem kinase proteins（TKPs）中 Heavy Metal Associated（HMA）结构域与稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）效应子的结合方式。
科学网AI 评分2222 中科院昆明植物研究所在云南发现新科物种霸王滇菌，半米高、2公斤重
中国科学院昆明植物研究所科学家在云南森林发现巨型野生菌霸王滇菌，并据此建立全新科——滇菌科，目前仅此一个成员。霸王滇菌属子囊菌门炭角菌目，是迄今已知体型最大的子囊菌之一，高约半米、重2公斤，其祖先约在6500万年前与常见炭角菌分家。研究推测它走“内生—腐生转换”路线，先潜伏健康树体，待树木死亡后优先分解木材，这或许是其长成巨无霸的原因之一；能否食用尚待食药用、发酵与栽培研究。
Frances ArnoldAI 评分4242 Arnold 团队实现芳烃原料伯胺化酶催化
Frances Arnold 展示了团队通过定向进化开发的新酶活性，可利用羟胺对芳香族原料进行伯胺化；其学生 Kathleen Sic 的引用推文补充该工作已发表于 ACS Central Science。
科学网AI 评分3636 中国科学院南京地质古生物研究所团队在新疆发现迄今最古老琥珀，将记录推前6500万年
中国科学院南京地质古生物研究所团队在新疆准噶尔盆地中泥盆统呼吉尔斯特组约3.85亿年前的煤层中发现迄今最古老琥珀，将琥珀首发记录从约3.2亿年前推前6500万年。
公众号：生物探索AI 评分4242 一周前沿回顾·生殖研究：牛胚胎IFNT敲除、小鼠128万细胞谱系与IVF空孕囊47天阈值等多项研究
多项生殖发育研究重新校准了经典模型与临床判断：CRISPR-Cas9删除牛胚胎IFNT全部功能性拷贝后，妊娠仍维持至足月并出生健康雌性犊牛；DNATypewriter记录一枚小鼠胚胎近两周发育，重建128万个转录组细胞的谱系树。
Nature Computational ScienceAI 评分6262 HDOCK-Multimer 框架提升大型蛋白复合物结构预测精度
研究提出自动化框架 HDOCK-Multimer（HDM），将从头对接与组合组装结合用于大型蛋白复合物结构预测。在三个基准评测中，HDM 在大型蛋白组装建模上的准确度和稳健性优于现有组装方法和基于深度学习的方法。
Cell精选AI 评分7272 Cell 研究揭示头足类 RNA 编辑对蛋白质组的功能多样化作用
Cell 在线发表的研究用蛋白质组学检测头足类 RNA 编辑产生的重编码位点，发现单个氨基酸编辑会改变蛋白质稳定性、亚细胞定位、翻译后修饰和细胞器功能。研究指出，鞘形亚纲头足类的 RNA 编辑水平远超其他动物，但其对蛋白质组的功能后果此前大多未知。
推荐理由：用蛋白质组学直接检测头足类 RNA 编辑位点的重编码产物，把编辑事件与蛋白稳定性、定位和修饰的变化联系起来。
CellAI 评分5858 细胞自组织调控铁死亡的传播方向与范围
Cell 在线发表的研究显示，局部细胞间相互作用会形成可编码铁死亡敏感与抵抗命运的细胞图案，并在细胞内建立极性脂质组织。这些生化与生物物理特性耦合后，使自组织的细胞群体能够定向并限制原本各向同性、无界扩散的铁死亡传播，从而提出一种在系统层面调控群体细胞命运的机制。
Cell精选AI 评分7878 慢性运动多组学图谱覆盖 22 种组织
研究团队构建了慢性运动的 22 种组织多组学图谱，刻画了随组织、性别和时间变化的分子适应，以及骨骼肌中细胞类型特异的表观遗传重塑。图谱显示转录组、表观遗传、蛋白质组和代谢层面在全身范围内协同重塑。
推荐理由：该图谱覆盖 22 种组织，呈现运动适应在组织、性别和时间维度上的差异，为研究跨组织分子调控提供参照。
Genome BiologyAI 评分3131 南极棘鳍冰鱼（Harpagifer antarcticus）新分相组装揭示南极鱼类辐射演化
南极棘鳍冰鱼 Harpagifer antarcticus 的新分相组装显示全基因组单倍型变异水平低，但存在多个 LINE-L2 支系的插入，提示持续转座可能参与物种形成。
Genome MedicineAI 评分6262 FAME：整合血浆 cfDNA 甲基化与片段组学信号的可解释癌症诊断模型
研究团队开发了可解释多模态模型 FAME，以血浆 cfDNA 甲基化单倍型块（MHB）为单位整合甲基化与片段组学特征用于癌症检测和组织来源预测，并扩展出加入全基因组特征的 FAME-GW。
CellAI 评分4646 Azo-morphine-3（AM-3）实现阿片镇痛的可逆光控开关
Azo-morphine-3（AM-3）是一种光开关配体，可在低效价与高效价状态间切换，在体外及体内（中枢与外周）调控 mu-阿片受体活性。AM-3 可用于探究阿片效价的结构基础，并在多种疼痛模型中实现对镇痛的时空精准控制，副作用较全身用药减少。
Nature Biotechnology精选AI 评分7272 HitSV 工具实现跨测序技术的碱基分辨率结构变异检测
研究团队发布结构变异检测工具 HitSV，通过感知基因组重复性与断点特征密度识别断点，并结合单倍型分辨的局部组装，实现跨测序技术的碱基分辨率结构变异重建与基因分型。在 HG002 基准上，HitSV 的基因型 F1 分数相比现有最优 SV caller 分别提升 15–72%（长读长）、10–36%（短读长）和 12%（混合测序）。应用于 1KGP 第四期队列时，HitSV 将 SV 检出集扩大 31.5%，明显改变等位基因频率分布。在一个中国长读长队列中，HitSV 发现串联重复与移动元件组成的复合阵列是一类常见、多等位的复杂 SV，提示这类复合重复结构是此前被低估的人类结构变异来源。
推荐理由：HitSV 在 HG002 基准上把基因型 F1 提升 10–72%，并在大队列中发现一类此前被低估的复杂结构变异。
Genome BiologyAI 评分5858 共生 Lachnospiraceae bacterium 3–1-57 鞭毛蛋白经 ILC3/IL-22 轴改善结肠炎相关黏蛋白岩藻糖基化缺陷
研究发现活动期溃疡性结肠炎患者肠道中 Lachnospiraceae bacterium 3–1-57 丰度降低，且与疾病严重程度呈负相关；在小鼠结肠炎模型中，活菌或其鞭毛蛋白 L. 3–1-57 Fla 可减轻肠道炎症和黏液屏障功能障碍，而 E. coli 鞭毛蛋白反而加重病情。
Genome BiologyAI 评分6060 TraSPIN：用语言模型引导的图学习推断转运蛋白底物特异性
研究提出 TraSPIN，一个几何深度学习框架，同时建模转运蛋白蛋白与小分子底物，用于推断底物特异性。作者称其在基准上优于现有方法，可泛化到未见底物和序列差异较大的转运蛋白，并揭示转运蛋白与底物识别的结构决定因素和序列基序。跨物种推断和对未表征 solute carrier 蛋白的去孤儿化进一步展示了该框架在功能注释上的用途。
Cell Reports MedicineAI 评分5858 用常规临床活检的活体肿瘤片段预测免疫治疗反应
Braun 等利用常规穿刺和钳取活检取得的活体肿瘤组织，在体外测量免疫治疗反应，结果与一个小型患者队列的临床结局一致，其中包括被现有生物标志物检测误判的患者。该研究提示，离体活肿瘤片段或可作为预测癌症免疫治疗获益的补充手段。
Cell Reports MedicineAI 评分2222 高电流 tTIS 靶向左侧 sgACC 治疗重度抑郁症的安全性与疗效：随机双盲假刺激对照试验
高电流经颅时间干涉刺激（tTIS）靶向左侧 sgACC 可安全缓解抑郁，短期疗效强于低电流或假刺激。Wang 等开展的随机双盲假刺激对照试验对此进行了验证。
CellAI 评分5858 靶向线粒体的四氧杂烷类化合物 WMK-1/2 通过脂质过氧化驱动铁死亡并抑制肿瘤
Pan 等人在 Cell 报道了含四氧杂烷结构的化合物 WMK-1/2，它们是第一代线粒体脂质过氧化诱导剂，可绕过 GPX4 和视黄醇介导的防御，触发一条独立的“mito-ferroptosis”亚通路。该工作在多种体内模型中显示出具有生物利用度的抑瘤活性。
Genome BiologyAI 评分5858 ROMET-RNA 用多预测器与比对策略评测并筛选 RNA 三维结构
ROMET-RNA 是一个自动化基准评测框架与元选择工具包，在标准化流程中评测 11 个 RNA 结构预测器，并比较 rMSA、RNAcmap3 MARS 和 Infernal RNAcentral 三套 MSA 流程。
Cell GenomicsAI 评分6060 多机构基准评测：细胞系混合样本检测低等位基因频率嵌合突变
Ha 等人用短读长与长读长全基因组测序，对低变异等位基因频率（VAF）嵌合突变的检测策略做多机构基准评测。研究由五家机构构建细胞系混合样本，以 PacBio HiFi 数据交叉验证 Illumina 平台的变异检测结果，据此构建分层参考集、界定现实检出下限，并为非癌组织中低 VAF（<2%）变异的全基因组分析给出最佳实践。
Genome Medicine精选AI 评分7878 研究揭示NOTCH1早期突变在正常食管上皮中受正选择却抑制后续ESCC驱动突变演化
一项发表于Genome Medicine的研究用定量演化框架分析2171份样本，区分突变率与选择，发现NOTCH1突变在组织学正常食管上皮克隆扩增中受强正选择，这解释了其在该组织中的高 prevalence。
推荐理由：研究用2171份样本区分突变率与选择，显示NOTCH1在正常食管上皮中受强选择，却与TP53、RB1呈拮抗上位性，抑制后续恶性演化。
Cell GenomicsAI 评分5858 Kong 等提出在 HapMap 混合样本中构建合成体细胞变异资源的泛基因组方法
Kong 等提出一种泛基因组方法，利用 HapMap 混合样本和泛基因组图构建合成体细胞变异资源，为跨变异类型和等位分数的体细胞变异检测提供标准化基准集。该资源可用于评测测序技术和变异检测方法。
Cell精选AI 评分8282 研究基于 467,152 份 UK Biobank 基因组构建全表型结构变异图谱
研究利用 467,152 份 UK Biobank 基因组构建了全表型结构变异图谱，显示大于 50 bp 的结构变异是人类疾病风险中重要且此前被低估的来源。该资源揭示了与疾病相关的罕见结构变异和调控性结构变异，为理解人类生物学和药物研发提供线索。
推荐理由：基于近 50 万份 UK Biobank 基因组构建的结构变异图谱，把大于 50 bp 的变异与疾病风险系统关联起来，可作为结构变异研究的参考资源。
Medical Xpress精选AI 评分7878 国际 GLASS 研究追踪 IDH 突变胶质瘤复发时的基因组变化
Jackson Laboratory、耶鲁大学等 10 国合作团队在 Nature 发表 GLASS 联盟研究，对 183 例治疗前后配对取样的 IDH 突变胶质瘤进行分析，发现复发时少突胶质细胞瘤倾向获得新的生长驱动突变，星形细胞瘤则更常发生大规模染色体改变。
推荐理由：GLASS 联盟对 183 例配对样本的分析显示，IDH 突变胶质瘤的两种亚型在复发时走的是不同的基因组演化路径。
Pranam ChatterjeeAI 评分6262 LFD 框架用 LLM 将自然语言目标蒸馏进分子生成模型
Pranam Chatterjee 介绍 LLM-to-Flow Distillation（LFD）框架，用 LLM 从“设计具有抗癌活性的多肽”这类自然语言目标出发构建自适应课程，再通过 DPO 和 LLM 的候选排序微调多肽与小分子 flow 模型。
Science Translational MedicineAI 评分6060 基于集成学习的代谢组衰老与死亡时钟在 18,476 人中识别全生命周期系统性衰老风险
研究团队基于中国 6 个中心 18,476 名 1 至 96 岁参与者的血浆代谢组，用纳米辅助激光解吸电离质谱（LDI-MS）鉴定出 56 个代表性年龄相关代谢物，并构建 stacking 集成模型估计代谢组年龄，以代谢组年龄加速（mAA）衡量个体偏离实际年龄的程度。在健康队列中，较高的 mAA 与健康状态恶化和不良生活方式相关；2019 至 2025 年随访显示，mAA 加速者的脂肪肝、高血压、糖尿病等慢性病发病风险和全因死亡率升高。
Science Translational MedicineAI 评分5858 喹啉酸促进肾脏损伤及急性肾损伤向慢性肾病转变
研究提示色氨酸代谢中间产物喹啉酸（QA）参与急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）的转变。作者在叶酸诱导的 AKI-to-CKD 模型和顺铂诱导的 AKI 模型中，通过遗传和外源手段改变 QA 水平，并结合临床观察。非靶向肾脏代谢组学发现，叶酸损伤后 QA 是升高最明显的代谢物之一；Qprt 单倍剂量不足会加重肾损伤和纤维化相关基因表达，外源 QA 可升高未损伤小鼠的血清肌酐并恶化叶酸模型中的肾功能与纤维化基因表达。缺失 HAAO 或 KMO（减少向 QA 的通量）的小鼠在叶酸损伤和顺铂 AKI 后肾脏结局改善。
Science Translational Medicine精选AI 评分7272 口服小分子 TREM2 激动剂 VG-3927/SAR448851 的临床前与首次人体试验结果
研究报道了口服、可透过血脑屏障的小分子 TREM2 激动剂 VG-3927，它作用于 TREM2 及其接头蛋白 DAP12 的跨膜结构域，促进受体高阶复合物形成和下游信号。VG-3927 与工具化合物 VG-3909 表现出（亚）纳摩尔级活性，可与 Aβ 等内源配体协同，并恢复多种疾病相关 TREM2 变体的信号。
推荐理由：口服小分子 TREM2 激动剂在临床前与 I 期人体试验中的结果，为阿尔茨海默病的小胶质细胞靶向策略提供了早期人体数据。