北京大学昌增益团队在Scientific Reports发表研究，提出细菌休眠由氨基酸氧化副产物NH₄⁺与HCO₃⁻协同触发，而非营养耗尽本身。两种代谢物同时存在时才会显著降低ATP水平，解除ATP对FtsZ、FtsA、MinD、AdhE、RplA等蛋白的增溶保护，使其以折叠态相分离组装成复苏延迟体；补充ATP可完全溶解凝聚体并恢复生长。
推荐理由：该研究把细菌休眠的触发从营养饥饿转向NH₄⁺与HCO₃⁻协同耗竭ATP，为理解持留与抗生素耐受提供新框架。
Yin、Mou、Tang、Zhao 等人在 Nature 发表研究，显示拟杆菌门来源的奇数链饱和脂肪酸十五烷酸（C15:0）通过抑制 HMG-CoA 还原酶降低胆固醇水平，从而缓解动脉粥样硬化，机制与他汀类似。
结核分枝杆菌在酸性pH最小培养基中以乳酸为单一碳源时生长停滞，转座子筛选发现phoT或pstC2（磷酸ABC转运体组分）插入突变体可恢复生长，去除磷酸同样解除停滞，表明该停滞依赖磷酸。乳酸与磷酸共同使胞质pH降至6.7以下，而phoT突变体维持胞质pH>7.2并保持更高膜电位；转录谱显示乳酸相关PMF应激特征，低磷酸下乳酸生长需regX3。
共生根瘤菌的 III 型效应因子中包含多种预测的转录与转录后调控因子，部分可能携带隐藏转录因子，通过模拟 DNA 结合折叠进入植物细胞核并重写其发育程序。相关发现已在 bioRxiv 发布预印本，并发表于 PLOS Biology。
Matt Olm 的博士后项目在 Nature 发表，显示微生物与人类一同走出非洲，三种独立方法结论一致，时间与考古学和遗传学证据吻合（Fig. 4c）。
宾夕法尼亚州立大学研究发现，鸡肠道耐药基因组受年龄的影响强于受饲料添加剂的影响。给肉鸡饲喂抗生素、益生菌或精油均未显著改变耐药基因的总体多样性。
对 Fusobacterium nucleatum ATCC 25586 基因组的整合计算分析识别出三个含溶血素产生、代谢适应、毒素-抗毒素系统、定植与免疫逃逸相关基因的基因组区域，15 个 Fusobacterium 基因组的比较分析提示这些区域广泛保守且垂直遗传。
2025年发表于 npj Biofilms and Microbiomes 的研究发现，用 lactonases 降解口腔细菌的 AHL 群体感应信号，可使牙菌斑群落向与口腔健康相关的菌种偏移。
一项由 Penn State 研究人员主导的新研究发现，人体肠道细菌与肝脏会修饰食物中的色氨酸衍生分子，生成可能影响生物信号传导和肠道健康的代谢物。这些代谢物可激活或抑制一系列基因，涉及 OHMC 成员参与。
Juan Inda 将在 MVIF 52 讨论 ARG 注释工具的选择如何影响宏基因组数据得到的 resistome 图谱。EMBARK 项目由此出发，发现不同 ARG 注释流程不仅给出不同的 ARG 数量，还会得到不同的 resistome 图谱。
Bushnell、Schulz 和 Villada 推出 RandomReadsMG，一款可生成宏基因组测序数据集的快速模拟器，能控制群落丰度、不均匀基因组覆盖度以及平台特异的读段特征。该软件可扩展到 50,000 个基因组的群落规模，并支持可复现的基准评测与病原检测研究设计。
Aylan 等开发了一套针对结核分枝杆菌（Mtb）的报告系统，可在感染过程中可视化细菌的基因表达。结果显示，Mtb 在免疫细胞内呈现多种基因表达模式，且这些模式受细菌所处胞内环境的影响。该研究以方法开发为核心，论文发表于 Cell Reports Methods。
Broad Institute 报道，研究人员构建了六种真核生物（五种寄生虫和一种植物）的线粒体蛋白目录，结合已有的人类和酵母线粒体清单，重新审视这一细胞器的功能与演化。该工作揭示了 Giardia 极小的线粒体蛋白组和 Acanthamoeba 线粒体的意外能力，并支持线粒体在真核生物演化中起源相对较晚的观点。结果还指出多种病原体共有、但人类缺失的线粒体蛋白，提示被忽视热带病的新治疗靶点。
MTB-KB 是一个文献整理型知识库，系统整合结核研究八个主要方向的高影响力发现，当前版本收录来自 1246 篇文献的 75,170 条关联，覆盖 18,439 个经权威数据库和 WHO 认可分类标准化的实体。
植食性半翅目昆虫与其营养共生菌之间存在协同演化多样化关系，相关研究发表于 doi.org/10.1016/j.co...。原文未提供研究对象规模、方法工具及数据公开状态等具体信息。
当基因组监测止步于细菌谱系时，会漏掉移动 DNA 携带的流行病学信息。一项研究以宿主内 vanB 屎肠球菌、新生儿重症监护病房（NICU）中一株药物敏感 K. variicola 暴发和 MRSA AK3 为例，展示解析移动 DNA 能为调查补充什么。原文链接指向新西兰抗菌药物耐药（AMR）相关研究，DOI 为 10.1071/MA26。
Feng Zhang 称赞一项利用基因组语言模型发现微生物基因组中新系统的研究，并向 David Li、Garyk Brixi、Brian Hie 及团队致贺。
一种结合细菌特异性荧光探针与光谱流式的新技术，可对免疫球蛋白结合的微生物进行绝对定量与追踪，并已应用于早产儿。该方法由 @thehandiestlab 等人在 Cell Host & Microbe 发表。
广州国家实验室/中国科学院遗传与发育生物学研究所税光厚团队与首都医科大学附属北京佑安医院冯英梅团队合作，在 Med 发表论文，整合血浆脂质组、代谢组、炎症因子和外泌体蛋白组，刻画猴痘及猴痘-HIV共感染的脂质-免疫失调与外泌体重塑。
一项发表于 mBio 的研究显示，铜可进入结核分枝杆菌（M. tuberculosis）胞内，并强烈诱导半胱氨酸合酶 CysK2，将铜感应与氧化还原适应及持留状态联系起来。该工作与另一项研究共同构成铜、半胱氨酸与结核分枝杆菌氧化还原适应的完整故事。
发表于 Science Advances 的研究让 BHET/MHET 直接进入 E. coli，从而将 PET 糖酵解与全细胞生物催化直接耦合。此前用活细胞转化 PET 解聚产物受限于对苯二甲酸（TPA）的摄取，该工作改用胞内羧酸还原路径。
研究团队将 ICTV 的 MSL1 至 MSL41 全部 Master Species List 版本转换为统一的本体，包含超过 195,000 个当前与历史实体，并通过 Ontology Lookup Service 部署为公共 API。
Trevor Bedford 表示，美国境内 BA.4、BA.5 和 BA.2.12.1 的共循环已足以评估这些病毒的相对适合度。
Trevor Bedford 表示，正开始看到 Omicron 出现可能具有影响力的新亚系进化，重点关注 spike 蛋白 452 位残基的突变，并点名纽约的 B.2.12.1 以及南非的 BA.4 和 BA.5。