NLM 推出 Linked Discoveries 试点，可从 PubMed 引文探索相关文献网络
美国国家医学图书馆（NLM）发布实验性试点资源 Linked Discoveries，可从一条 PubMed 引文出发，映射最多 200 篇最相近的相关文章。该工具分析 PubMed 引文的标题、摘要和关键词，把超过 2900 万条引文与 NCBI 各数据库的相关资源连接起来，支持按疾病、基因、化学物质过滤，并可用“any”（OR）与“all”（AND）逻辑组合。
#分析流程
NCBI InsightsAI 评分6060
Cell GenomicsAI 评分4242 通过跨物种比较浓缩骨髓细胞类型特异性转录特征
作者提出一个框架，通过同时要求细胞类型特异性保守和跨多物种 scRNA-seq 数据集表达保守，来提取浓缩的标志基因特征。来自四种小鼠物种的骨髓微环境与造血祖细胞特征，能在两个外群灵长类物种中稳健解析细胞身份，捕获高度保守且具生物学意义的信息。
Pardis SabetiAI 评分6767 Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供近实时贝叶斯系统发育分析
Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供可扩展、近实时的贝叶斯系统发育分析，把更快的推断引擎与可交互界面结合起来。该工作由 Patrick Varilly 主导，与 Ben Fry 和 fathominfo 团队共同开发，论文见 https://www.nature.com/articles/s41586-026-11012-6，工具可在 https://delphy.bio/ 试用。
Heng LiAI 评分2222 Heng Li 发布单页交互式重叠组装教学演示
Heng Li 发布了一个用于教学目的的单页交互式重叠组装器演示，并称其为 vibe coded。
Molecular Systems BiologyAI 评分5252 新计算去卷积方法从批量蛋白质组数据解析芽殖酵母细胞周期蛋白动态
研究团队开发了一种计算去卷积方法，用于解析细胞周期依赖的蛋白浓度动态，并应用于新的芽殖酵母批量蛋白质组数据。该方法的核心是一个酵母群体模型，用实验获得的细胞周期进程和体积生长数据参数化，以量化采样群体中的失同步程度；作者对 3272 个蛋白做去卷积，用交叉验证确定正则化参数，识别出 539 个具有细胞周期依赖动态的蛋白。
GigaScienceAI 评分5555 ViralClust：用 Nextflow 流程对病毒序列聚类以挑选代表性基因组
ViralClust 是一个模块化 Nextflow 流程，用于从大型病毒基因组数据集中按偏差感知方式挑选代表性序列，整合了 CD-HIT-EST、SUMACLUST、VSEARCH、MMSeqs2 和 HDBSCAN 共 5 种聚类算法，可在统一工作流中直接比较聚类结果。
Molecular Systems BiologyAI 评分6060 TME-CARTographer 解析活体胰腺癌中治疗性 T 细胞的时空免疫抑制
研究团队开发了计算流程 TME-CARTographer（TME-CART），整合高维数据、图论、行为分析和深度学习，用于解析活体胰腺导管腺癌（PDA）肿瘤中 4D 的 T 细胞与肿瘤微环境相互作用。
GigaScienceAI 评分4040 FPNuNet：面向免疫组化图像细胞核分割与分类的频率感知提示引导网络
FPNuNet 通过 4 个并行编码器（冻结的 SAM 结构编码器、冻结的 UNI 语义编码器、小波特征编码器和多尺度上下文编码器）提取多源特征，并用基于离散余弦变换的提示生成器与频率感知融合颈整合特征，在 CD47-IHCNuSC 数据集（86 张 CD47 染色食管癌图像块、18,483 个手工标注细胞核、7 个亚型）上取得所评估方法中最佳的实例分割与亚型分类性能。
GigaScienceAI 评分5858 ICTV 病毒分类法通过公共本体 API 开放程序化访问
研究团队将 ICTV 的 MSL1 至 MSL41 全部 Master Species List 版本转换为统一的本体，包含超过 195,000 个当前与历史实体，并通过 Ontology Lookup Service 部署为公共 API。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分3838 Scanpy 1.13.0a2 发布
Scanpy 发布 1.13.0a2 预发布版本。原文未披露该版本的具体功能变更、修复内容或数据与代码公开情况。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分2020 Scanpy 1.12.4 发布
Scanpy 发布 1.12.4 版本，为这一单细胞分析工具的补丁更新。原文未披露具体修复内容与新增功能。
Bluesky：Elizabeth Wood, PhD (@lizbwood.bsky.social)AI 评分4040 模型消融实验：线性模型在该数据上饱和，需大 Transformer 才能扩展
模型消融实验显示，线性模型在该数据上即使使用基础模型表征也会饱和（虚线），只有大 Transformer（实线）才能实现扩展。相关讨论指出，设计数据生成与训练的结合可产生稳健的缩放定律，数据越多，预测在多个数量级上稳定变好。
Bluesky：Rhys White (@rhystwhite.bsky.social)AI 评分3333 NEXCISION：从系统发育基因组 NEXUS 矩阵中精确切除坐标定义区域
NEXCISION 可从转置 NEXUS 矩阵中精确、经验证地切除坐标定义区域，避免人工编辑出错改变矩阵。该工具由 RhysWhite 发布在 GitHub（github.com/RhysWhite/nexcision），作者以预印本形式给出引用信息，并公开征集反馈。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分4242 Scanpy 1.13.0a1 发布
Scanpy 发布 1.13.0a1 版本。该版本为 GitHub Releases 上的预发布版本，具体更新内容原文未列出。
Andrew CarrollAI 评分6565 Andrew Carroll 用 76 个物种测序数据评测 MiniBWA 与 BWA MEM 的比对表现
Andrew Carroll 在 76 个不同物种的测序数据上运行 MiniBWA，并与 BWA MEM 比较比对速度、比对率和准确度，结论是 MiniBWA 表现很好，做短读段比对的人值得一试。详细结果发布在其博客文章 the-best-of-both-worlds-assessing-minibwa 中。
Erik GarrisonAI 评分3434 Erik Garrison 提出用 Lean4 证明算法再移植 Rust
Erik Garrison 提出一种新做法：先用 Lean4 编写并证明算法，再移植到 Rust，并以 pangenome 项目中用于 dbg/syncmer 图到变异图转换的 overlap graph bluntifier 为例。
Gunnar RätschAI 评分5858 Metagraph 网站完成优化，可在 17PB 索引序列中约 3 分钟完成搜索
Gunnar Rätsch 表示团队近期发表了 Metagraph，并优化了网站以让更多用户稳定高效地使用，新增 AI summary/tax. id 功能。在单台服务器上搜索 17PB 索引序列约需 3 分钟，作者附上了 Nature 论文链接和在线检索示例。
Sara MostafaviAI 评分5656 CLUE：面向 ATAC/RNA 共测数据的半监督跨模态表征方法
Sara Mostafavi 转发 Tu Xinming 等人的 NeurIPS Oral 论文，该工作提出半监督神经网络 CLUE，用于跨模态表征。CLUE 通过模态特异子空间和交叉/自编码器同时保留共享信息与模态特异信息，作者称其适合 ATAC/RNA 等共测数据集的联合分析。
Gunnar RätschAI 评分4242 基因组图比对新方法支持标签切换
Gunnar Rätsch 介绍了一种将测序读段比对到基因组图的新方法，在"忽略标签比对任意路径"与"仅允许标签一致路径"两个极端之间，提出可允许标签切换的高效技术，从而获得更长、更准确的比对结果。