生信日报 · 2026 年 11 月 7 日 · 星期六
BIOINFOSOUL
上海交通大学团队在 Nature 发表 AI 原生实验室 AutoDNA，自主完成万步生物分子实验
上海交通大学陈海波、樊春海、王飞和王肇国团队在 Nature 发表论文，提出 AI 原生自主生物分子实验平台 AutoDNA，将自然语言需求转化为可执行实验流程，协调 20 余类仪器，支持核酸合成、扩增、转录与测序等操作，并根据实验反馈自主调整方案。平台由中央规划智能体统筹文献、试剂、方案、代码、硬件与假设等专门智能体，并通过面向 AI 的硬件抽象层把设备功能转化为可调用的原子服务。
方法与工具
Nature Genetics一手SAIGE-QTL：直接建模单细胞 reads 计数的混合模型 eQTL 分析工具
SAIGE-QTL 是一个直接对单细胞 reads 计数建模的 Poisson 混合模型框架，用于单细胞 eQTL 定位，并支持稀有变异集合检验。研究显示，该工具在建模时纳入供体水平和细胞水平协变量，并处理不同供体细胞数不等的问题，在模拟和三个单细胞数据集中相比 pseudobulk 方法提升了统计效率与 eGene 发现能力，结果与现有单细胞模型一致但计算成本明显更低。在 120 万个免疫细胞中，SAIGE-QTL 检出的 eGene 比 pseudobulk 分析多 48.8%。
研究发现
Nature一手体内 CRISPR 碱基编辑 ANGPTL3 在非人灵长类中实现持久降脂
研究团队用 GalNAc–脂质纳米颗粒包裹向导 RNA 和编码 CRISPR 腺嘌呤碱基编辑器的 mRNA，单次输注后在小鼠和非人灵长类中实现肝脏选择性失活 ANGPTL3。体外人类肝细胞分析显示，编辑在 ANGPTL3 目标位点引入 DNA 碱基对改变，在约 3000 个候选位点未检出脱靶编辑或治疗相关结构变异。非人灵长类中该处理耐受良好，循环 ANGPTL3 蛋白平均降低超过 90%，单次给药后持久性追踪至 3 年；在高脂血症小鼠和非人灵长类模型中，LDL-C 降低约 40% 至 50%，甘油三酯降低 50% 至 70%。
公众号：BioArt另有 1 家信源报道傅静远团队在 Nature 发表肠道微生物 SNV 与健康及环境暴露的关联图景
荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远团队在 Nature 发表研究，对肠道微生物单核苷酸变异开展大规模表型组关联研究（PheWAS）。研究整合荷兰和坦桑尼亚六个人群队列、10,781 名参与者和 11,831 份粪便宏基因组样本，检测约 1280 万个常见肠道微生物 SNV，并与 244 项人体健康表型及环境暴露因素关联，最终鉴定出 940 个独立关联信号，涉及 101 种肠道细菌和 69 项表型或环境因素。分析显示，在 62,464 个物种—表型组合中有 533 个存在 SNV 层面关联，其中 460 个（86.3%）仅能在 SNV 层面观察到。
公众号：生信人Nature研究构建肾细胞癌TLS-T细胞-巨噬细胞三维空间免疫调控模型
Dana-Farber癌症研究所与哈佛医学院团队在Nature发表研究，解析未成熟三级淋巴结构（TLS）在肾细胞癌中的空间免疫调控机制，构建了TLS-T细胞-巨噬细胞三维空间模型。研究对24例未经治疗患者的肿瘤及癌旁组织做单细胞转录组测序，覆盖超过38万个细胞，并对6例中扩增的554个TCR克隆型做功能筛选，鉴定出82个肿瘤反应性TCR。
公众号：BioArtMED另有 1 家信源报道Nature 研究揭示 SWI/SNF 经 CTCF/cohesin 重塑染色质三维结构致癌的机制
康奈尔大学与西班牙 Josep Carreras 白血病研究中心的合作者在 Nature 发表研究，揭示 SWI/SNF（BAF）复合物通过 CTCF 和 cohesin 塑造染色质三维结构，并提出 BAF 功能缺失促癌的机制模型。研究在 15 种人源细胞系中用 BAF 抑制剂 FHD-286 处理，并在淋巴瘤和乳腺癌细胞中敲除或敲低 ARID1A，ATAC-seq 显示染色质开放区域普遍富集 CTCF 结合基序；ChIP-seq 显示 ARID1A 缺失后 CTCF 与 SMC3 结合增加，急性敲低 CTCF 可使约 93.5% 的开放峰回归。
Science Advances一手衰老重塑黑色素瘤驱动突变的选择压力
研究分析 5472 例黑色素瘤，在控制中性突变率差异后估计各变异的受选择情况。中性突变率随年龄仅小幅上升，紫外损伤仍占主导，但内源性过程在老年肿瘤中贡献增加。选择压力则强烈依赖年龄：BRAF V600E 的优势随年龄急剧下降，NRAS Q61 突变优势上升，TERT 启动子突变更常见但优势减弱。
Science Advances一手(酰胺-)N-甲基烟酰胺是驱动肠道干细胞更新的微生物来源 NAD+ 前体
研究发现部分共生细菌（包括特定益生菌）能产生 (酰胺-)N-甲基烟酰胺（N-MNA），它是烟酰胺降解产物甲基烟酰胺的结构异构体。肠道菌群失调和炎症患者的粪便 N-MNA 水平降低。稳定同位素示踪显示，N-MNA 可被果蝇、小鼠和人的肠上皮细胞及非上皮细胞快速摄取并进入 NAD 氧化还原反应；遗传和药理学分析提示其经 Preiss-Handler 途径而非补救途径转化为 NAD+。在果蝇中通过细胞类型特异性敲除或过表达 NAD 消耗酶 SIRT1，结合小鼠肠道干细胞谱系示踪，表明系统性补充 N-MNA 可促进肠道干细胞再生和肠上皮修复。
公众号：生信人中山大学团队在Cancer Cell揭示IGLL5+B细胞破坏膀胱癌TLS的机制
中山大学孙逸仙纪念医院林天歆团队在Cancer Cell发表研究，鉴定出在TLS缺失、免疫检查点阻断（ICB）无应答的膀胱癌中富集的IGLL5+B细胞亚群，并揭示其通过IGLL5-LTβR相互作用破坏TLS、削弱ICB疗效。研究从中国五个医疗中心收集327例膀胱癌患者的肿瘤、癌旁和外周血样本，结合scRNA-seq、空间转录组、BCR测序等分析，发现IGLL5+B细胞与HEVs显著空间共定位，高浸润与ICB治疗患者较差预后相关。
Nature Communications一手[^18F]FET PET 在组织病理验证下检出增强 MRI 未显示的胶质母细胞瘤
在 61 例 IDH 野生型胶质母细胞瘤患者、472 份组织样本的组织病理验证队列中，[^18F]FET PET 对肿瘤组织的显示显著优于增强 MRI（CE-MRI），在 MRI 无强化区域尤其明显。其肿瘤检出灵敏度为 91.2%，CE-MRI 为 52.6%；在无强化组织中阳性预测值达 98.3%。上述结果在新诊断与复发患者中一致，在切除与活检两类队列中也一致。作者认为 [^18F]FET PET 可补充 MRI，揭示 MRI 难以显示的肿瘤负荷，将氨基酸 PET 纳入常规计划或可提高肿瘤可视化的准确性并改善患者管理。
医药产业
BioSpace另有 11 家信源报道默沙东与 Moderna 称 99% 试验患者获得个体化 mRNA 疫苗，III 期组合降低黑色素瘤复发或死亡风险 42%
默沙东与 Moderna 在 ESMO 大会上公布 III 期 INTerpath-001 试验结果：个体化 mRNA 疫苗 intismeran autogene 联合 Keytruda，在已切除的 2b 至 4 期黑色素瘤患者中使复发或死亡风险降低 42%，风险比 0.58，研究纳入 1,137 名患者。两家公司同时说明制造可行性：治疗组 99% 的患者拿到了生产出的疫苗，与更早期 I、II 期试验结果一致。
观点与综述
小核酸肝外递送进入资产化阶段：CNS、脂肪与肌肉路线进展盘点
小核酸肝外递送正从技术探索进入被临床数据与资本定价的阶段。Arrowhead公布ARO-MAPT的1/2a期数据，皮下注射siRNA在健康志愿者脑脊液中实现Tau蛋白最高85%降幅，2.1 mg/kg和6.4 mg/kg组第105天分别平均降低40%和69%，12.8 mg/kg组平均降低73%；但结果来自健康志愿者，尚不能证明脑内Tau缠结减少或临床获益。同期罗氏以最高11.6亿美元锁定大睿生物脂肪靶向ALK7 RNAi，礼来以最高11亿美元押注剂泰科技AI-LNP肝外递送平台。