NeurIPS 2025：偏好引导扩散用于多目标科学发现
Barbara Engelhardt 在 NeurIPS 2025 展示其团队与 Yashas Annadani 等人合作的工作，提出 Preference-Guided Diffusion，利用离线数据集中的偏好对从扩散模型采样对应黑盒目标 Pareto 前沿的多样设计，并感谢 CIFAR 资助。
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Barbara EngelhardtAI 评分4040
Gunnar RätschAI 评分5858 Metagraph 网站完成优化，可在 17PB 索引序列中约 3 分钟完成搜索
Gunnar Rätsch 表示团队近期发表了 Metagraph，并优化了网站以让更多用户稳定高效地使用，新增 AI summary/tax. id 功能。在单台服务器上搜索 17PB 索引序列约需 3 分钟，作者附上了 Nature 论文链接和在线检索示例。
Gunnar RätschAI 评分4242 基于GAN从H&E切片预测蛋白标志物表达
Gunnar Rätsch 分享了利用基于 GAN 的技术，在半对齐的成像质谱流式（IMC）标签与全切片图像上训练，从 H&E 病理切片预测蛋白标志物表达的最新工作，预印本发布于 medRxiv。
Sara MostafaviAI 评分6767 Sara Mostafavi 团队发表基于序列的深度学习模型预测个体基因表达的基准评测
Sara Mostafavi 团队（与 chikinlab、LXandR_ 合作）在 Nature Genetics 发表论文，对基于序列的深度学习模型预测个体基因表达进行基准评测。同期 Nilah Ioannidis 团队提交的配套论文显示，这些结果在不同数据和模型间保持一致。
Sara MostafaviAI 评分4242 预印本评估深度学习预测变异对基因表达影响
Sara Mostafavi 等人发布预印本，考察当前深度学习在预测遗传变异对基因表达影响方面的实际表现，该工作与 ChikinaLab、Alex 等合作完成。
Sara MostafaviAI 评分5656 CLUE：面向 ATAC/RNA 共测数据的半监督跨模态表征方法
Sara Mostafavi 转发 Tu Xinming 等人的 NeurIPS Oral 论文，该工作提出半监督神经网络 CLUE，用于跨模态表征。CLUE 通过模态特异子空间和交叉/自编码器同时保留共享信息与模态特异信息，作者称其适合 ATAC/RNA 等共测数据集的联合分析。
Gunnar RätschAI 评分4242 基因组图比对新方法支持标签切换
Gunnar Rätsch 介绍了一种将测序读段比对到基因组图的新方法，在"忽略标签比对任意路径"与"仅允许标签一致路径"两个极端之间，提出可允许标签切换的高效技术，从而获得更长、更准确的比对结果。
Ed BoydenAI 评分5050 ExR 20倍膨胀显微技术发表
Ed Boyden 表示，一种名为 expansion revealing（ExR）的 20 倍膨胀显微方法已发表于 Nature Biomedical Engineering，该方法可均匀分离蛋白以改善抗体标记，并在普通显微镜上实现纳米级精准成像。
Ed BoydenAI 评分6060 Ed Boyden 团队提出时间复用成像 TMI，用普通显微镜记录活细胞多路动态信号
Ed Boyden 团队提出时间复用成像（TMI），让普通显微镜也能对活细胞内的多个动态信号成像。不同信号对应具有不同时钟样特性的荧光团，再通过一段细胞影像把各信号拆分出来。相关预印本已发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.22.504781v1。
Ed BoydenAI 评分5555 Ed Boyden 转发 ONE 显微成像预印本，用普通光学显微镜观察 GABA 受体等蛋白
Ed Boyden 转发并评论一项 bioRxiv 预印本，该工作用 ONE（one nanometer expansion microscopy）在普通光学显微镜下拍摄 GABA 受体、otoferlin 和 calmodulin 的图像。被引帖子称该工作由 Ali H. Shaib 与 Rizzoli 实验室完成，基于 Ed Boyden 和 Henriques 实验室的概念，并附有 GABAA 受体的示例图像。
Ed BoydenAI 评分5050 Ed Boyden 展示 1 纳米分辨率膨胀显微镜
Ed Boyden 表示，在普通光学显微镜上就能看到蛋白质的形状，并称这是 1 纳米分辨率的膨胀显微镜。
Nicolas AltemoseAI 评分6767 T2T 基因组表征方法登上 Nature Methods 六月刊封面
Nicolas Altemose 表示，包括 DiMeLo-seq 在内的 T2T 基因组表征方法登上 Nature Methods 封面。该期是 T2T 特刊，收录了端粒到端粒（T2T）联盟的多篇方法学论文，封面由 @giulio_formenti 和 Camilla Cima 创作。
Nicolas AltemoseAI 评分7070 DiMeLo-seq 论文在 Nature Methods 发表，用长读长测序定位单条染色质纤维上的蛋白-DNA 结合位点
作者宣布描述 DiMeLo-seq 的论文已在 Nature Methods 发表。该方法利用长读长测序，在单条染色质纤维上定位特定蛋白-DNA 相互作用位点，作者称其在表观基因组学中有多种应用。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41592-022-01475-6。
Nicolas AltemoseAI 评分2222 DiMeLo-seq 技术讲解引关注
Nicolas Altemose 推荐了一个详细讲解 DiMeLo-seq 的推文串，该推文串基于 Annie Maslan 在 nanoporeconf 会议上关于用 DiMeLo-seq 在全基因组范围绘制蛋白-DNA 相互作用的报告。
Nicolas AltemoseAI 评分5858 Jop Kind 组将 DamID 扩展至修饰蛋白与 DNA 互作及单细胞多组学
Jop Kind 团队提出一种新方法，把 DamID 扩展到在体内定位 DNA 与翻译后修饰蛋白之间的相互作用，并与 RNA-seq 联合使用，甚至可用于单细胞。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465688v1。
Ed BoydenAI 评分4242 SomArchon 电压指示质粒上线 Addgene
Ed Boyden 表示，编码体细胞靶向荧光电压指示器 SomArchon 的质粒已开始在 Addgene 上提供分发，后续还会有更多。
Ed BoydenAI 评分2222 植物组织膨胀显微术预印本问世
Ed Boyden 对 Gregor Mendel 研究所 Nodine 实验室在 bioRxiv 发布的植物组织膨胀显微术（expansion microscopy）预印本表示关注。