Nature 研究：肠道菌产生的奇数链脂肪酸 C15:0 经抑制 HMG-CoA 还原酶缓解小鼠动脉粥样硬化
Yin、Mou、Tang、Zhao 等人在 Nature 发表研究，显示拟杆菌门来源的奇数链饱和脂肪酸十五烷酸（C15:0）通过抑制 HMG-CoA 还原酶降低胆固醇水平，从而缓解动脉粥样硬化，机制与他汀类似。
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Bluesky：Ivan Zanoni (@lozanzi.bsky.social)AI 评分7272 科学网精选AI 评分7878 石磊团队揭示CCNB1IP1调控序列演进驱动灵长类大脑皮层扩张
中国科学院昆明动物研究所石磊团队联合国际同行，鉴定出古老保守基因CCNB1IP1在灵长类大脑中表达逐步升高，通过降解细胞周期相关转录因子促进基底祖细胞增殖，参与推动皮层扩张，成果发表于《自然·遗传学》。
推荐理由：研究把皮层扩张的线索指向古老基因CCNB1IP1的顺式调控元件演进，而非人类特有新基因。
科学网AI 评分5858 中国团队发现并命名鲤科鱼类首个性别决定基因“盘古”
上海海洋大学胡炜团队与中科院水生所等合作，以黄河鲤为对象发现并命名鲤科鱼类首个性别决定基因“盘古（pangu）”，相关成果于 2026 年 10 月 10 日发表于《Science Advances》。
euan ashleyAI 评分4747 实验室发布虚拟世界测试AI药物靶点推理
Euan Ashley 实验室展示新 AI 工作，构建虚拟世界用于测试智能体推理识别药物靶点的能力，并附 arXiv 链接。
Bluesky：Micha Sam Brickman Raredon (@msbr89.bsky.social)AI 评分2020 Nikon 小型世界动态显微视频大赛因 AI 使用争议取消获奖者资格
Nikon 宣布取消其 Small World in Motion 显微视频大赛获奖者的资格，原因是该获奖作品在创作中使用了 AI。Nikon 未在公告中说明 AI 使用的具体方式。
Marinka ZitnikAI 评分6262 ToolUniverse 新增 GPU 环境自动配置，支持 agent 调用蛋白设计与结构预测模型
ToolUniverse 新增 GPU 环境自动配置功能，使 agent 能在复杂生物数据集上调用机器学习模型，并把输出用于发现流程。
Bioinformatics AdvancesAI 评分5252 RT-SRFM：面向发育单细胞时间序列的潜动力学框架
研究提出 RT-SRFM，一个面向发育单细胞转录组时间序列的分阶段潜动力学框架，将最优传输引导的速度学习、分解式群体增长建模、形状细化与监督式生物学读出整合在同一潜空间中，并通过八阶段课程训练提升局部传输精度、质量校准、命运一致性与长时程推演稳定性。
Bluesky：James Lloyd 🧬 (@jamespblloyd.bsky.social)AI 评分2222 James Lloyd 介绍 Nanopore 全质粒测序计算流程 PICARD-seq
James Lloyd 在 SynBio4ALL Africa 的研讨会上介绍了其新开发的 Nanopore 全质粒测序计算流程 PICARD-seq，相关报告录像已发布。该报告主题为如何让资源有限的实验室也能开展全质粒测序。
Bluesky：David A Knowles (@davidaknowles.bsky.social)AI 评分6060 RNA fingerprinting 方法正式发表，可解读单细胞扰动实验
David A Knowles 宣布 RNA fingerprinting 方法正式发表，该方法利用大型参考数据集解读单细胞扰动实验，并在分析中考虑基线异质性、扰动强度、离群点和相关结构。
Broad InstituteAI 评分4545 降低组织氧水平的药物组合改善小鼠帕金森病症状
Broad Institute 团队发现，两种降低细胞氧供的小分子药物组合可改善帕金森病小鼠模型的神经退行症状，研究发表于 PNAS。该组合还在 Leigh 综合征小鼠模型中延长寿命并缓解症状，在 Friedreich's ataxia 小鼠模型中延缓神经症状进展。研究者表示该方案值得进一步开展临床前及临床测试。
Whitehead Institute精选AI 评分6565 HHMI 团队构建小鼠发育细胞来源与去向图谱
HHMI 研究员 Jonathan Weissman、Jay Shendure 及团队开发出新工具，可对发育中小鼠体内大量细胞的来源与去向生成图谱。Whitehead Institute 转述称，这类详细图谱有望帮助科学家定位出生缺陷发生的时间点、追踪癌细胞获得扩散或耐药能力的路径，并更好地引导干细胞成熟为功能性细胞类型。
推荐理由：这项在小鼠胚胎中追踪大量细胞来源与去向的工作，为研究发育异常和细胞状态转变提供了可参照的图谱思路。
David KelleyAI 评分5858 David Kelley 团队发布长序列基因组预测状态空间模型预印本与 Cerberus 开源模型
David Kelley 团队本周发布预印本，探索用状态空间模型做长序列基因组预测，并同步开源基于该工作的 Cerberus PyTorch 模型集。预印本已上线 bioRxiv，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.02.756377v1。
Chai Discovery精选AI 评分5858 Chai Discovery 宣布与 GSK 达成合作
Chai Discovery 宣布与 GSK 达成合作，此前 GSK 对 Chai 的模型完成了评估。GSK 在自有湿实验中测试了 Chai 模型零样本生成、未经靶点特异性训练的设计，并在所有测试靶点上找到了结合物（binder）。
推荐理由：GSK 在自有湿实验中验证 Chai 模型的零样本设计，并据此达成合作，可观察蛋白设计模型进入药企评估环节的方式。
NY Genome CenterAI 评分6060 NYGC 等机构在 Cell 出版社期刊提出 RNA fingerprinting 计算方法
NYGC、纽约大学和哥伦比亚大学的研究团队在 Cell 出版社期刊提出 RNA fingerprinting，一种把基因活性模式与其潜在成因联系起来的计算方法。帖子给出了论文链接和 NYGC 的新闻解读页面，作者标注为 @satijalab 和 @david_a_knowles。
Rahul SatijaAI 评分6767 Rahul Satija 团队在 Cell 发表 RNA fingerprinting 方法
Rahul Satija 与 David Knowles 在 Cell 发表 RNA fingerprinting 方法，利用已知因果扰动的 Perturb-seq 实验，推断新数据集中驱动细胞反应的因素。论文链接为 https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(26)01119-0。
PLOS GeneticsAI 评分3434 鸡胚单细胞转录组揭示Müllerian管分化的新见解
鸡胚单细胞转录组分析显示，Müllerian管分化比此前认识更具细胞复杂性，鉴定出上皮（MDE）与间充质（MDM）两隔室的分子特征。雄性退化间充质表达MSX1/2、RUNX2、GATA5、DLX3/5及DKK4、NRG1，其中WNT拮抗剂DKK4响应AMH诱导，在雌性异位表达可诱导管退化。雌性右管未如雄性般退化，转录上独特且缺乏退化间充质群体，提示其AMH介导机制不同于雄性。
PLOS GeneticsAI 评分3131 乳酸与磷酸依赖的胞质酸化与结核分枝杆菌酸性pH下生长停滞相关
结核分枝杆菌在酸性pH最小培养基中以乳酸为单一碳源时生长停滞，转座子筛选发现phoT或pstC2（磷酸ABC转运体组分）插入突变体可恢复生长，去除磷酸同样解除停滞，表明该停滞依赖磷酸。乳酸与磷酸共同使胞质pH降至6.7以下，而phoT突变体维持胞质pH>7.2并保持更高膜电位；转录谱显示乳酸相关PMF应激特征，低磷酸下乳酸生长需regX3。
Bioinformatics AdvancesAI 评分4747 1100 个用于细胞过程动态建模的合成基准问题
研究构建了 1100 个合成建模问题，基于 22 个已发表建模问题的常微分方程组与实验设计生成，并扩展了近期一种针对随机观测函数的时间序列数据模拟方法，使其覆盖多种实验条件下的真实测量模式。对数据与模型特征、优化性能和参数可识别性的分析显示，该合成问题集在真实性和多样性上扩展了现有问题空间。基准问题与算法已公开。
Matthias Mann LabAI 评分5858 质谱蛋白质组分析 83 例儿童肾上腺皮质肿瘤，识别出 4 种与生存相关的蛋白质组状态
Matthias Mann 实验室对 83 例罕见儿童肾上腺皮质肿瘤的存档 FFPE 组织做质谱蛋白质组分析，识别出 4 种蛋白质组定义的状态，这些状态对生存的预测优于组织学。该工作由 Rainer Claus 和 Andreas Metousis 主导，发表在 eBioMedicine，DOI 为 10.1016/j.ebiom.2026.106504。
Bluesky：Marcel Dickmanns | 🌿❄️🔬 (@madic.bsky.social)AI 评分2222 植物组织冷冻电镜断层扫描（cryoET）详细实验方案发表于 Bio-protocol
一份面向植物组织冷冻电镜断层扫描（cryoET）的详细实验方案已在 Bio-protocol 发表，供希望深入该技术细节的研究者使用。原文未披露方案涉及的具体植物物种、样本量或数据公开情况。
Bluesky：Sebastian Schornack (@dromius.bsky.social)AI 评分4242 共生根瘤菌如何构建豆科根瘤：III 型效应因子携带隐藏转录因子
共生根瘤菌的 III 型效应因子中包含多种预测的转录与转录后调控因子，部分可能携带隐藏转录因子，通过模拟 DNA 结合折叠进入植物细胞核并重写其发育程序。相关发现已在 bioRxiv 发布预印本，并发表于 PLOS Biology。
Bluesky：Valentine Svensson (@nxn.se)AI 评分2727 Eiko Fried 谈学术界犬儒主义蔓延的解药
Eiko Fried 在博客中先列举证据说明学术界存在大量低质量工作、看似问题重重，再提出应对犬儒主义蔓延的解药，并提醒读者不要读到一半就停下。
Cell Reports MedicineAI 评分4040 白介素与 OX40 激动剂的空间定位递送增强协同抗肿瘤免疫
Klich 等利用水凝胶在瘤内和瘤周递送免疫治疗组合，通过合理选择给药部位实现肿瘤清除与长期存活。该研究发表于 Cell Reports Medicine，显示白介素与 OX40 激动剂的空间定位可增强协同抗肿瘤免疫。
BioinformaticsAI 评分5252 hpci 将 CI 平台与 HPC 集群集成以提升计算生物学研究的可复现性
hpci 是一个平台无关的开源工具，把 GitHub Actions、GitLab CI 等 CI 平台与 Slurm、PBS 等常见 HPC 作业调度器集成，用于自动测试分析流程和模型。
Nature Computational ScienceAI 评分6262 主动学习结合几何深度学习提升数据稀缺药物发现中的化学反应预测
研究提出一套闭环工作流，将高效反应数据获取与高精度深度学习结合，用于数据稀缺条件下的化学反应结果与区域选择性预测。作者用基于树集成的主动学习策略挑选信息量最大的实验，由此获得一个多样化的 C–H 硼化基准数据集，并在此基础上训练和评测几何图神经网络。结果显示，为这类对称性感知模型加入自监督辅助任务后，反应结果预测和区域选择性预测的表现均稳定提升。在含 N-杂芳基等难处理基团的未见底物上前瞻测试中，该流程全部定位到正确的硼化位点，作者据此认为其可用于高效的药物优化。
Nature Computational Science精选AI 评分4040 人工智能时代的流行病学建模
Nature Computational Science 刊文讨论人工智能正让流行病模型能够跨多次疫情暴发进行学习，而接下来的挑战是确保这些模型学到并迁移的不只是统计模式，还包括流行病学机制。
推荐理由：文章把跨疫情暴发的模型学习与机制迁移问题摆在一起，适合关注传染病建模与 AI 结合方向的读者了解这一领域当前的讨论焦点。
Nature Computational Science精选AI 评分4242 研究提出以性质为先的计算策略调控复杂振荡器
一项研究报道了以性质为先的计算策略，能识别可同时调节复杂振荡器多个特征的协同参数变化。该文为 Nature Computational Science 的简短介绍，未给出具体振荡器系统、参数规模或代码数据开放情况。
推荐理由：介绍一种以性质为先的计算策略，可同时调节复杂振荡器的多个特征，适合关注动力系统参数调控思路的读者。
BioinformaticsAI 评分5555 PhyloZoo：Python 系统发育网络分析统一框架发布
PhyloZoo 是一个开源 Python 框架，用于系统发育网络分析，提供覆盖该领域主要网络表示的数据结构与算法、专用可视化工具，以及对主要系统发育文件格式的 I/O 支持。
Jay Shendure精选AI 评分8585 DNA Typewriter 两篇论文发表：小鼠胚胎谱系重建与类原肠胚异质性检测
Jay Shendure 实验室与 SeaHub 发布两篇使用 DNA Typewriter 的论文。第一篇在 Science 上重建了小鼠胚胎从 E0 到 E13.5 的单细胞谱系，引用帖称该谱系树包含 1,340,794 个经转录组分析和注释的末端细胞、1,142,588 个带时间标注的内部节点，并以受精卵为根。第二篇在 Cell 上提出用于检测类原肠胚异质性的波动检验。
推荐理由：两篇论文把 DNA Typewriter 用于小鼠胚胎谱系重建和类原肠胚异质性检测，可看谱系记录如何与转录组结合。
Google Health Blog精选AI 评分7272 Google 与 BIDMC 在《柳叶刀》发表 AMIE 诊断 AI 真实门诊研究
Google 与 Beth Israel Deaconess Medical Center（BIDMC）在《柳叶刀》发表 AMIE 诊断 AI 聊天机器人真实门诊研究，98 例患者在就诊前先与 AMIE 对话，监督医生实时监控，没有一次对话因预设安全标准被中断。
推荐理由：在真实门诊中，98 例患者先与诊断 AI 对话，医生实时监督，结果无一次因安全标准被中断，可对照 AI 问诊的落地边界。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分8888 杨维才团队与国内多家单位合作在 Cell 发表水稻全生命周期三维时空细胞图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所杨维才团队与国内多家单位合作，在 Cell 在线发表水稻全生命周期时空组图谱研究，以粳稻品种中花11为材料，结合高分辨率空间转录组、单核RNA测序和人工智能分析，构建了覆盖种子萌发到开花结实全过程的三维时空细胞图谱。
推荐理由：图谱覆盖水稻10个器官、61个发育阶段，并配套在线平台与RICE scGPT基础模型，可供植物单细胞与空间组学研究复用。
Decoding Bio精选AI 评分7878 AlphaProtein Novo 从头设计酶在 5000 多个设计中展现与天然酶相当活性
Google DeepMind 与 Caltech 的 Arnold 实验室、匹兹堡大学 Lui 实验室合作提出 AlphaProtein Novo（AP Novo）从头设计流程，在 5 类反应、5000 多个实验设计中显示其命中率可与天然酶序列挖掘相比。
推荐理由：AlphaProtein Novo 把扩散生成骨架、LigandMPNN 序列设计与 AlphaFold3 校验串成流程，在 5000 多个实验设计中与天然酶比较。
EMA NewsAI 评分3030 ACT EU 临床试验申请咨询试点将于 2027 年 1 月转为永久机制
ACT EU 临床试验申请咨询试点将于 2027 年 1 月转为永久机制，在申办方通过 CTIS 提交申请前提供技术与监管支持。该试点 2024 年启动，由 HMA 通过 CTCG 协调，已为约 30 项试点申请提供多成员国汇总反馈；ACT EU 将管理试点下已提交的申请至 2026 年底，最终报告与更新版指南和模板将分别于 2026 年底前、2027 年 1 月发布。
ScienceDailyAI 评分5858 研究者在淡水纤毛虫中发现 TAA 与 TAG 分别编码赖氨酸和谷氨酸的遗传密码
Earlham Institute 与牛津大学团队在淡水池塘原生生物 Oligohymenophorea sp. PL0344 中发现，原本作为终止密码子的 TAA 和 TAG 分别编码赖氨酸和谷氨酸，TGA 成为唯一常规终止密码子，相关结果发表于 PLOS Genetics。
Ensembl BlogAI 评分5656 Ensembl 新版 FTP 将停用按物种名组织的目录结构
Ensembl 宣布新版 FTP 空间中按物种名组织的目录结构将在两周内停用，此前发布的全部基因组文件仍可在 GCA 或 GCF 子目录下访问。官方同时提供 JSON manifest 文件，列出基因组注释数据及其位置，目录结构与文件类型的说明见 FTP 下载文档。
Molecular Systems Biology精选AI 评分7878 Bits to Binders 竞赛验证并分析 12,000 个 AI 设计的 CAR-T 结合域
Bits to Binders 全球竞赛以 CAR-T 为场景评估 de novo 结合域设计，来自 42 个国家的团队提交了 12,000 个靶向人 CD20 的 80 氨基酸 minibinder 设计。
推荐理由：这项竞赛把 1.2 万个 AI 设计的 CAR-T 结合域放进细胞功能筛选，而非只看亲和力，为评估蛋白设计提供了更接近功能的检验方式。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 从生成式 AI 众包功能性细胞治疗结合域：Bits to Binders 竞赛的评测与启示
Molecular Systems Biology 这篇评论以 CASP 为参照，评述 Bits to Binders 竞赛对 AI 设计蛋白作为 CAR-T 识别结构域的评测。
推荐理由：文章以 CASP 为参照，梳理 Bits to Binders 竞赛对 1.2 万个 AI 设计 CAR-T 结合域的评测结果与局限，为判断生成式蛋白设计的真实功能水平提供参照。
Ensembl Blog精选AI 评分7272 Ensembl 上线全基因组 Cactus 比对集中仓库
Ensembl 建立全基因组 Cactus 比对集中仓库，在 https://ftp.ensembl.org/pub/misc/compara/multi/hal_files/ 提供鸟类、哺乳动物、昆虫、甲壳类、线虫、禾谷类、鱼类和 SARS-CoV-2 等类群的比对文件与元数据。
推荐理由：Ensembl 把多类群全基因组 Cactus 比对集中到统一 FTP 目录，做比较基因组和共线性分析的读者可据此直接取用。
Bluesky：Loïc A. Royer 💻🔬🧪 (@loicaroyer.bsky.social)精选AI 评分8282 Biohub、美国能源部与 NIH 宣布 18 亿美元虚拟生物学计划
Biohub、美国能源部与 NIH 宣布投入 18 亿美元启动 Virtual Biology Initiative，用于生成开放、标准化的数据，训练预测细胞如何响应疾病与干预的 AI 模型。该计划定位为跨部门国际合作，目标是构建面向 AI 模型的基础数据。Loïc A. Royer 在 Bluesky 转述了这一消息并附上 biohub.org 的新闻链接。
推荐理由：这项近 20 亿美元的多机构投入指向开放标准化的细胞响应数据，为训练虚拟细胞类模型提供数据基础。
Romain LopezAI 评分4040 FractAL：主动学习软策略选择方法
Romain Lopez 介绍其组内 Rushil Gupta 提出的 FractAL，一种用于批量模式主动学习的软策略选择方法，可避免在标注前就固定单一采集策略，相关预印本已在 arXiv 发布。