RAW Lab 发布 DYNAMITE-ORFs v1.1.0：修复基因调用并加速 E. coli 模式
RAW Lab 发布 DYNAMITE-ORFs v1.1.0，新增 Prodigal gap 控制并修复基因调用问题。其 E. coli 自动模式在团队基准测试中从 20.6s 提速至 9.2s。该工具以 Rust 编写，已发布在 crates.io。
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Bluesky：raw9371 (@raw937.bsky.social)AI 评分2020 Bluesky：Martin Steinegger 🇺🇦 (@martinsteinegger.bsky.social)精选AI 评分7878 LoL-align 蛋白结构比对方法发表于 Nature Methods 并集成进 Foldseek
LoL-align 在 Nature Methods 发表，可在不做叠合（superposition）的情况下比对蛋白结构。作者称其比 TM-align 和 DALI 更敏感、比对结果更好，速度快 5–20 倍，现已集成到 Foldseek，代码在 GitHub 的 steineggerlab/foldseek 仓库，并提供 search.foldseek.com 在线服务。
推荐理由：新方法不做叠合即可比对蛋白结构，并给出与 TM-align、DALI 的敏感性和速度对比，可据此判断是否替换现有流程。
Google Research Blog精选AI 评分6060 Google 发布 Deep Review 智能体文档审阅系统
Google 公开发布 Deep Review，一个面向复杂技术文档的智能体审阅系统，可检查逻辑一致性、数学陈述、事实依据并与已有工作比较。系统采用文档分段、自适应算力分配、并行分段核查与全局综合四阶段流程，并已加入 Gemini 4 Argon 支持。
推荐理由：该工具用四阶段智能体流程做长文档审阅，并公开了与四个会议试点中超过 1.6 万篇稿件的反馈经验。
Google Research BlogAI 评分4848 Google Earth AI 地理空间推理智能体：新基准与早期访问扩展
Google 为 Earth AI 的地理空间推理智能体发布技术报告，在 CBGB、UnivEARTH 及自研的 GeoExpertQueries、GeoKTools 四个基准上评测，量化专用工具与前置规划相对通用 LLM 的价值。
Google Research BlogAI 评分3838 Google Research 2026 年十大研究进展：Google Earth AI、Deep Review 与 TimesFM 等
Google Research 在 Research@ 活动上公布 10 项进展，包括扩展 Google Earth AI 早期访问、向公众开放 Deep Review、将 TimesFM 与 TabFM 接入 Gemini for business。
Bluesky：Pat Schloss (@patschloss.bsky.social)AI 评分5858 Schloss Lab 发布 R 包 mums2，用于非靶向代谢组数据分析
Schloss Lab 与 balunaslab 合作发布 R 包 mums2，面向 MS/MS 非靶向代谢组数据，作者称其定位类似微生物组分析工具 mothur。该工具支持依赖数据库和不依赖数据库两类分析路径，论文发表在 Microbiology Resource Announcements。
National Cancer InstituteAI 评分4242 NCI 儿童癌症分子特征计划入组超万人
美国国家癌症研究所（NCI）宣布，儿童癌症数据计划的分子特征计划（MCI）入组患者已超过 1 万名，该计划由 NCI 与 COG 合作，为患癌青少年和年轻成人免费提供分子特征分析。
Generate:BiomedicinesAI 评分2222 Generate与Zealand合作开发AI蛋白药物
Generate:Biomedicines 在时代广场投放信号，并链接到其与 Zealand Pharma 就代谢疾病领域 AI 工程化蛋白疗法达成合作与许可协议的新闻稿。
Illumina精选AI 评分7272 Illumina 发布 BioInsight 平台，整合 DRAGEN 与 Emedgene 并引入 SpliceAI2 模型
Illumina 发布 BioInsight 平台，将 DRAGEN、Emedgene、Connected Multiomics、BaseSpace 等工具整合到统一的软件环境中。
推荐理由：Illumina 把 DRAGEN、Emedgene 等工具整合进统一平台，并加入面向基因组与多组学的 AI 模型，可了解测序分析软件的组织方式变化。
PLOS Computational BiologyAI 评分5858 小鼠脾脏 T 细胞受体库的空间差异主要由分区大小与增殖解释
研究比较了未免疫与免疫小鼠脾脏 T 细胞区、B 细胞区和生发中心中 CDR3β 的组成，发现各分区 TCR 库虽有明显差异，但在计入分区大小和增殖效应后这些差异基本消失。
PLOS GeneticsAI 评分3333 古菌 T4F 机器的多样化与功能扩展
研究用新构建的 MacSyFinder2 模型对古菌 T4F 系统进行鉴定与分类，发现其多样性远超预期，许多生物携带一套或多套组装机器。基于结构系统发育分析显示，T4F 相关 ATPase 可变的 N 端结构域与子系统聚类一致，提示核心机器通过结构创新在古菌分泌 ATPase 家族内发生分化。
Labiotech.euAI 评分2323 代谢疾病领域的三大看点：挑战礼来与诺和诺德、模拟运动的药片、糖尿病基因疗法
代谢疾病领域有三项值得关注的布局：一是挑战礼来（Lilly）与诺和诺德（Novo）的竞争，二是一款模拟运动效果的药片，三是针对糖尿病的基因疗法。
Bioinformatics AdvancesAI 评分4242 pycircdb：面向计算工作流的整合型 circRNA 数据库注释工具
pycircdb 是一个 Python 命令行工具，可输入人类 circRNA 基因组坐标，快速查询多个经整理的 circRNA 数据库并输出可复现注释。各数据库已统一为 0-based 表示并在 hg19 与 hg38 组装间交叉映射，兼容 0-based 和 1-based 坐标输入，采用容错匹配策略。
Science NewsAI 评分2020 预测工具能否判断谁真正受益于抗抑郁药？
在美国推动“减处方”的背景下，研究人员正在寻找将患者匹配到最优治疗方案的新方法，以判断哪些人真正能从抗抑郁药中获益。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分4040 阿穆尔-黑龙江河流域人群冷适应与人口历史的基因组研究
对达斡尔、鄂温克、鄂伦春三个阿穆尔-黑龙江河流域（AR）原住民族群共78人的高覆盖度全基因组测序显示，AR人群约1万至3000年前经历共同且持久的瓶颈效应。全基因组选择扫描发现SORBS2、PRKAG2、KCNMA1等冷适应候选位点，其等位基因频率与寒冷相关气候变量强相关，其中CHST11的尼安德特人来源等位基因rs11112181可能贡献冷适应变异。
公众号：英矽智能精选AI 评分5858 英矽智能 Pharma.AI 2026 秋季发布：MMAI Gym、专业模型与 MCP 连接器
英矽智能在 2026 年 Pharma.AI 秋季网络研讨会上展示了 MMAI Gym 科学后训练与评估框架、五款专业模型、DDD Benchmark 与 O3DC 基准索引，以及 MCP 连接器。
推荐理由：英矽智能一次性展示了从后训练框架、专业模型到 MCP 接入的完整链路，可据此了解 AI 智能体编排药物发现的具体形态。
In the Pipeline精选AI 评分6262 LLM 如何处理造假论文：一项预印本评测显示多数模型照单执行
Derek Lowe 评述一项预印本，该研究用 42 篇撤稿、造假和伪科学论文构建探针语料，测试模型是否会基于论文原文的框架继续设计研究。
推荐理由：作者借一项预印本评测指出，主流大模型面对撤稿与造假论文时仍会照单执行，并讨论这对 AI 科研助手可靠性的影响。
Bioinformatics精选AI 评分6767 CRISPR-HAWK 发布：整合单倍型与变异的 CRISPR-Cas 向导设计工具
CRISPR-HAWK 是一个把个体和群体尺度的变异与单倍型纳入 gRNA 设计的框架，代码已在 GitHub 开源。作者在 79 648 个基因组上分析治疗靶点，发现变异会显著改变向导表现：针对 BCL11A 的镰状细胞病治疗向导存在完全消除预测切割活性的单倍型，七个治疗位点中 82.5% 的向导带有影响在靶活性的变异，变异还会产生新的 PAM 位点、带来参考基因组设计看不到的个体特异性向导。
推荐理由：该工具把个体与群体层面的变异和单倍型纳入 gRNA 设计，并给出 79 648 个基因组上的评估结果，可供做 CRISPR 靶点选择时参考。
Cell SystemsAI 评分3838 从代码到临床的 CAR T 细胞：以当前转化研究目标框定建模方法
一篇发表于 Cell Systems 的视角文章梳理了 CAR T 细胞治疗的数学建模如何支撑预测性设计与临床决策。文章按 CAR T 治疗的关键转化难题对现有模型进行分类定位，并指出机器学习、多尺度建模、控制理论和替代细胞类型等新兴方向在模型引导的下一代细胞疗法设计中的机会。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 Yeung 等发布 1000 多个可微分生物来源单神经元模型数据集
Yeung 等发布了一个包含 1000 多个可微分单神经元模型的数据集，这些模型拟合自小鼠和人类记录，可直接嵌入基于梯度的网络架构。作者指出，用生物真实的神经元构建人工网络此前受限于缺少既拟合数据又可训练的神经元模型。
Genome MedicineAI 评分5555 英格兰 1107 例原发性线粒体病患者的生存期与死因分析
一项基于英格兰全国数据的队列研究纳入 1107 例原发性线粒体病患者（中位年龄 48 岁，74% 为线粒体 DNA 诊断、26% 为核基因诊断），遗传诊断后 10 年生存率为 80.3%、20 年为 58.9%，高于此前预期。
Cell GenomicsAI 评分4242 生物样本库 G × E 检验中表型尺度选择至关重要
Costantino 等系统刻画了表型测量尺度的选择如何影响常见遗传分析的结果，发现尺度选择可改变 GWAS 命中位点与 PGS × E 交互作用，并影响 PGS 在特定亚组中的表现。该研究发表于 Cell Genomics（在线优先），提示在生物样本库的基因-环境交互检验中不应忽视表型尺度的设定。
Nature Methods精选AI 评分7272 LoL-align：基于概率的快速蛋白质结构比对方法
LoL-align 是一种基于距离的概率蛋白质结构比对算法，通过迭代优化局部对数几率得分，在单域和多域基准上检测远源同源物的灵敏度明显高于 TM-align 和 Dali，比对质量更好，速度是二者的 5–20 倍。该方法已完整集成进 Foldseek。
推荐理由：在单域和多域基准上，该方法对远源同源物的检测灵敏度高于 TM-align 和 Dali，速度还快 5–20 倍，并已集成进 Foldseek。
Nature Methods精选AI 评分8080 MassNet 发布 15 亿张质谱图的 AI-ready 语料库并配套 MSDT 格式
MassNet 发布面向 AI 的质谱蛋白质组学数据语料库，包含来自 35 个物种、高质量 DDA 质谱数据的 15 亿张串联质谱图，其中约 170 万个肽前体来自人类样本。
推荐理由：该语料库覆盖 35 个物种的 15 亿张质谱图，并配套标准化存储格式，为质谱蛋白质组学的深度学习提供了可复用的数据底座。
Nature Computational Science精选AI 评分7575 HDOCK-Multimer 整合对接与组合组装，提升大蛋白复合物结构预测
研究提出 HDOCK-Multimer（HDM），将 ab initio 对接与组合组装整合，用于大蛋白复合物结构预测。在 35 个大异源复合物、172 个大蛋白复合物和 7 个 CASP15 靶点三套基准上，HDM 的表现优于 CombFold、MoLPC、AlphaFold-Multimer 和 AlphaFold3。该框架还能在未提供化学计量比输入的情况下预测化学计量比并建模复合物。
推荐理由：面对大蛋白复合物组装空间过大的难题，该框架把对接与组合组装结合，并在三套基准上与 AlphaFold3 等方法比较。
晶泰科技 XtalPi：新闻AI 评分2525 晶泰科技旗下Ailux任命Lloyd S. Miller博士为首席医学官
晶泰科技控股的AI大分子药物公司Ailux任命Lloyd S. Miller博士为首席医学官，他将领导AI原生大分子药物的临床开发，首批项目计划于2027年进入临床阶段。
Bluesky：Dr. Jean Fan (@jef.works)AI 评分5252 STARIT 方法在 PLOS Computational Biology 发表，用计算机视觉分析空间转录组数据
Jean Fan 团队的计算方法 STARIT 已在 PLOS Computational Biology 发表，该方法把空间转录组数据当作栅格化图像张量，用计算机视觉 AI 无监督刻画亚细胞分子异质性下的细胞状态。作者在帖中致谢 Dee Velazquez 与团队，代码托管在 github.com/JEFworks-Lab。
Google DeepMind BlogAI 评分4040 Google DeepMind 开始广泛部署 Gemini 4 Argon，并发布安全与安保报告
Google DeepMind 开始广泛部署 Gemini 4 Argon，并扩大 Fairwind Program 的受信任网络安全防御者范围。该模型在 12 个端到端模拟网络攻击场景中全部通关（上一代为 5 个），Wiz 曾用其发现医院软件中此前模型遗漏的严重漏洞。公司同步发布安全与安保报告，称对抗性测试中违规请求减少近两倍，外部生物越狱红队仅能解锁不到 1% 的生物子任务。
AbsciAI 评分3737 Absci 的 ABS-201 女性脱发临床试验获报道
Absci 的 ABS-201 项目在 Bustle 报道中亮相，其 I/IIa 期临床试验新开设了女性专属队列。ABS-201 是 AI 设计的抗 PRLR 抗体，用于模式性脱发，有望成为近三十年来雄激素性脱发首个新作用机制。公司近期公布了 HEADLINE 试验的 I 期积极中期数据。
Vivek Natarajan精选AI 评分6060 Google DeepMind 称 Gemini 4 Argon 对科研与医学工作影响显著，并开放科学家早期访问申请
Google DeepMind 的 Vivek Natarajan 表示，Gemini 4 Argon 对该团队在科学与医学方面的工作影响显著，并引用 Pushmeet 的说法称其在模型性能上出现阶跃式变化，近几周对团队及外部合作者的科学项目产生了影响。团队同时宣布面向科学家的早期访问计划，可通过 Google 表单申请在 antigravity 中获得 Gemini 4 Argon 的最高档访问权限，申请链接为 https://forms.gle/WvmBbPvRbpKG1BPn9。
推荐理由：Google DeepMind 公布 Gemini 4 Argon 在科研与医学项目中的使用反馈，并开放科学家早期访问申请，可了解该模型在生命科学场景的定位。
Google DeepMind Blog精选AI 评分5858 Google DeepMind 发布 Gemini 4 Argon 前沿模型
Google DeepMind 发布 Gemini 4 Argon，面向开发者、企业和科研人员开放，API 定价为每百万输入 token 2 美元、每百万输出 token 10 美元，缓存输入 token 享 95% 折扣。
推荐理由：Gemini 4 Argon 展示了通用前沿模型在酶设计、罕见病基因组分析和量子化学代码优化上的具体落地案例，可供关注 AI for Science 的读者参考。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分6565 高彩霞与陈宇航团队在 Nature Plants 提出结构设计与表达调控协同的等位基因设计策略
中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞团队与陈宇航团队在 Nature Plants 在线发表研究，提出结构指导设计与顺式调控优化相结合的等位基因工程策略，创制了除草剂抗性提升的水稻和小麦新种质。
推荐理由：该工作把蛋白结构指导的编码区变异与顺式调控元件整合结合，在水稻和小麦中同时改造 HPPD，为复杂农艺性状改良提供可迁移路径。
Bluesky：KaminskiMed (@kaminskimed.bsky.social)AI 评分2020 BMS 的 LPAR1 抑制剂在 3 期肺纤维化 RCT 中达到主要终点，验证 Andy Tager 的 LPAR1 发现
BMS 宣布其 LPAR1 抑制剂在 3 期肺纤维化随机对照试验中达到主要终点。该靶点在肺纤维化中的作用由 9 年前去世的 Andy Tager 发现，此次结果被视为对其科学遗产的确认。
David R. LiuAI 评分4848 BeamTx 公布 GSD I 型碱基编辑临床数据
David R. Liu 概述碱基编辑与先导编辑的临床试验格局，并提及 Beam Therapeutics 当日公布的 GSD I 型临床试验结果。
RecursionAI 评分2222 Recursion 一日完成计算药物设计全流程
Recursion 称其 AI 原生引擎可在约一天内跑完整个计算设计周期，把数百万个候选分子筛成一份可合成的高质量短名单。流程先用 Nesso-1 等 3D 结构模型给结合亲和力打分，再调用数百个覆盖 ADME、效力、模拟与 AI 逆合成的模型联合过滤。公司称这套系统让化学家能探索全新化学空间，并在分子尚不存在时预测合成路线。
Bioinformatics Advances精选AI 评分6767 TorchGWAS 1.0 发布：GPU 加速大规模 GWAS
TorchGWAS 1.0 发布，这是一个用 GPU 批量运算对大量定量表型做协变量校正线性关联检验的框架。
推荐理由：面对数千个定量表型逐个做 GWAS 的算力瓶颈，该工具给出与 PLINK 2.0 一致的统计量和大规模运行时间。
ScienceDaily精选AI 评分8888 DNA Typewriter 记录小鼠胚胎细胞谱系，重建从受精卵到器官形成的家族树
研究团队用 DNA Typewriter 在小鼠胚胎中记录细胞分裂历史，重建了从受精卵第一次分裂到胚胎发育第 13.5 天的细胞家族树，成果于 2026 年 10 月 8 日发表在 Science。
推荐理由：用 DNA Typewriter 在小鼠胚胎中重建细胞谱系，可对照不同组织命运决定时间的差异。
EMBL NewsAI 评分3636 地球大脑健康委员会首份报告：如何将心理健康纳入环境与气候决策
地球大脑健康委员会在《Nature Mental Health》发布首份报告，提出未来十年内任何重大环境干预的设计与评估都须纳入心理健康影响评估。报告指出极端天气、空气与噪声污染、城市压力源、生物多样性丧失及社会不平等与焦虑、抑郁、创伤相关障碍和认知衰退风险升高相关，并建议自2027年起将心理健康指标纳入气候计划、环境影响评估和城市政策。
Bluesky：Vienna Airway Lab (@viennaairwaylab.bsky.social)AI 评分3838 Dupilumab 治疗无鼻息肉慢性鼻窦炎的随机双盲安慰剂对照 II 期研究
一项随机双盲安慰剂对照 II 期研究评估了 Dupilumab 对无鼻息肉慢性鼻窦炎（CRSsNP）患者的疗效，报告称这是首个在该人群中验证生物制剂疗效的随机临床试验。Dupilumab 可减轻影像学病变。
Bluesky：Vienna Airway Lab (@viennaairwaylab.bsky.social)AI 评分3333 132 例 CRSwNP 患者的转录组与鼻腔微生物组联合分析揭示 4 种免疫-微生物内型及激素反应差异
对 132 例慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者整合转录组与鼻腔微生物组分析，识别出 4 种具有不同免疫-微生物特征和类固醇反应的内型。以 Staphylococcus 为主的 Cluster C 对附加全身糖皮质激素治疗的反应最高。