全部生信动态

Theranos 举报人评 Nathan Fielder 新片《You Can See Everything》：Elizabeth Holmes 仍在说谎

Theranos 举报人 Tyler Shultz 撰文批评 Nathan Fielder 新片《You Can See Everything》并非纪录片，而是刻意制造模糊的艺术作品。

新型 CRISPR 方法靶向约两成癌症中出现的基因融合

澳大利亚 Peter Mac 的研究团队开发出一种用 CRISPR-Cas13b 精准靶向并沉默致癌基因融合的方法，在实验室细胞模型中成功靶向并沉默了包括 BCR-ABL1 在内的 9 种基因融合。

优化流式细胞分选-测序流程可减少分选微生物群落中的储存、分选与提取偏差

一套优化的流式细胞分选-测序流程可减少分选微生物群落中的储存、分选与提取偏差。该流程针对分选微生物群落的三个偏差来源进行优化，相关结果发表于 journals.asm.org。

NTDB：原核生物自然转化机器与调控基因的 curated 数据库

NTDB 是一个原核生物自然转化机器与调控基因的 curated 数据库，相关论文发表于 Nucleic Acids Research。自然转化由专门的机器与调控基因控制，驱动原核生物的进化与适应。

23andMe 为何始终未能盈利

Emily Mullin 指出，23andMe 从未盈利，原因是用户很少回看自己的检测结果，公司也未能利用其庞大的基因数据储备来开发药物。

Scripps Research 获黄仁勋夫妇基金会捐赠 1400 万以上算力小时

Scripps Research 从 Jen-Hsun and Lori Huang Foundation 获得 1400 万以上算力小时。该资助由 @WardLab1 牵头，同时支持 @bryanbriney 和 @ForliLab 开展虚拟人体免疫系统与“暗”蛋白质组研究，并使用 @_chrisgparker_ 和 Benjamin Cravatt 的数据。

ESMO26 常规摘要前瞻：再鼎医药、GSK、默克等披露进展与挫折

ESMO26 常规摘要披露再鼎医药、GSK、默克等公司的赢家与挫折。上一届 ESMO 于 2023 年在马德里举办时，一项膀胱癌一线数据的报告曾赢得全场起立鼓掌。

Oxford Nanopore 在 ASHG2026 展示单倍型多组学

Oxford Nanopore 在 ASHG2026 上介绍研究者如何从孤立的变异检测转向全面的、单倍型解析的多组学洞察，以及这如何将精准基因组学带入当下实践。

圣安德鲁斯大学研究：腕足动物与苔藓虫、帚虫共享蠕虫状祖先

圣安德鲁斯大学团队在 Science Advances 发表首个覆盖全部五个现生腕足动物目及相关类群的系统发育基因组学分析，确认腕足动物属于 Lophophorata 演化群，与苔藓虫和帚虫亲缘最近，三者共享一个演化出触手冠的蠕虫状祖先。研究还发现腕足动物外壳矿化方式在演化史上至少改变过一次，从方解石壳转向以磷酸钙为主的有机磷质壳。

James Faeder 等揭示细胞如何从连续生化反应中做出明确决策

匹兹堡大学计算与系统生物学系副教授 James Faeder 与本科生 Katherine Yonosh 的新研究提出，细胞可从连续的生化反应中产生明确的决策，展示了一种此前未被描述的发生方式。该工作由计算生物学专业本科生完成，相关链接以短网址形式发布。

Disc Medicine 的 bitopertin 在 EPP III 期达到主要终点，将重新申报上市

Disc Medicine 称 bitopertin 在红细胞生成性原卟啉症（EPP）III 期试验中达到全部主要和次要终点，计划年底前向 FDA 重新提交上市申请，并可能在 2027 年上市。

JGI FY26 功能基因组学项目：Jiaqi Tan 联合分析植物与微生物基因活性解析浮萍生产力

美国能源部联合基因组研究所（JGI）FY26 功能基因组学项目支持 Jiaqi Tan 将植物与微生物基因活性配对分析，以揭示驱动浮萍生产力的机制。浮萍是生物能源原料候选，但塑造其生长的微生物仍不清楚。

Bruce 通过抑制自噬调控的 caspase 活性抑制果蝇翅组织生长

在果蝇中，过表达的 Dcp-1（而非 Drice）可在缺乏经典凋亡体组分的情况下被激活，TurboID 邻近标记显示 Sirtuin 1 及 Debcl、Buffy 等自噬相关基因是 Dcp-1 激活所必需。AlphaFold3 结构预测将自噬调控的凋亡抑制因子 Bruce 鉴定为 Dcp-1 特异性调控因子，且 Bruce 在生理条件下抑制翅组织生长。

预印本评测长读长 RNA-seq 计数是否应做归一化

一篇 bioRxiv 预印本系统评测长读长 RNA-seq 的计数是否需要归一化，在 PacBio 与 ONT 平台上比较了 5 种归一化方法与 5 种定量工具。研究以 spike-in 和匹配的 Illumina 数据作为基准真值，预印本链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。

scfdr：用经验贝叶斯控制稀疏相关矩阵的 FDR

研究提出一种基于经验贝叶斯框架的阈值策略，在构建稀疏相关矩阵时控制非零相关中的 FDR，并估计非零相关里的预期假阳性数。该方法兼容任意相关度量，作者称其在保留真实生物学相关上比基于 Frobenius 范数最小化的交叉验证阈值更灵敏；相关 R 包 scfdr 已在 github.com/ariefgusnanto/scfdr 开放。

研究发现细胞内存在单质硫，此前未被察觉

研究发现人体细胞内存在单质硫（elemental sulfur），而此前无人意识到这一点。该结果提示细胞中可能存在此前未被认识的硫形态，具体含量与功能尚未明确。

MBFGNK：可解释多肽毒性预测的多模态几何学习框架

研究提出 MBFGNK，一个用于多肽毒性预测的可解释多模态几何学习框架，融合预训练蛋白语言模型的序列表征、基于等变图神经网络（EGNN）的 3D 结构特征，以及刻画全局、局部与残基协同作用的理化超图表征。

韩国研究团队用 AI 设计 DHPS 抑制剂，3 个预测活性片段均获实验验证

韩国大学研究团队开发了一套 AI 引导的药物发现流程，以人源酶 DHPS 为靶点，系统评测了 13 个分子结合打分模型和 10 种分子生成方法，其中 OOF-Stacking 在预测模型中综合表现最好，RL-Design 的预测命中率最高，达 92.02%。

使用codex运行rMATS：可变剪切分析与结果可视化

用codex的plan模式在服务器测试数据上跑通rMATS可变剪切分析流程，测试数据取自2019-GSE130955人类皮肤转录组，每组6个样本、每样本截取25000条reads。

Srivastava 评 FDA 专家组放宽肽类限制

Gladstone Institutes 的 Deepak Srivastava 就 FDA 专家组投票放宽部分实验性肽类限制发表评论，提醒在相关安全性试验完成前，药物可能带来危害。

默克以 11 亿美元收购 Silence Therapeutics，获得真性红细胞增多症 siRNA 资产 divesiran

德国默克（Merck KGaA）以 11 亿美元企业价值收购 RNA 疗法公司 Silence Therapeutics，交易预计 2027 年第一季度完成，股权价值约 13 亿美元，Silence 股东每股获 20 美元，较 30 日均价 10.99 美元溢价 82%。

同一新闻，精选展示《默克 KGaA 以 13 亿美元收购 Silence Therapeutics 及其 siRNA 管线》

吉利德口服 α4β7 抑制剂在溃疡性结肠炎 II 期试验中缓解率高于 Entyvio

吉利德（Gilead Sciences）口服 α4β7 抑制剂在溃疡性结肠炎的 II 期剂量探索试验中，缓解率高于 Entyvio，公司计划明年启动该适应症的后期临床试验。原文正文需注册后才能阅读，具体数据未披露。

AbbVie 克罗恩病联合疗法 ABBV-466 在 II 期 TARGET-CD 中优于 Skyrizi 单药

AbbVie 公布 II 期 TARGET-CD 研究结果，IL-23 抑制剂 Skyrizi 与抗 α4β7 整合素抗体 trosunilimab 组成的联合疗法 ABBV-466 在克罗恩病中达到主要终点，内镜缓解率高于两个单药组。

EyePoint 三期试验失败并裁员一半；礼来达成中国药物递送交易

EyePoint Pharmaceuticals 一款药物 III 期试验失败，这家位于马萨诸塞州沃特敦的生物技术公司因此裁减一半员工。礼来达成一项中国药物递送交易，Longwood 筹备下一只基金，Ryzumvi 则获得标签扩展。

昆士兰大学新模型将儿童免疫疾病基因检测诊断时间从12个月缩短至两周

昆士兰大学与 Children's Health Queensland 的研究显示，针对免疫疾病患儿的新基因检测模式可将诊断等待时间从12个月缩短至最快两周，成果发表于 Journal of Clinical Immunology。

PacBio 与 Verily 合作建 AI 数据集

PacBio 宣布与 Verily 达成多年合作，计划将 PacBio HiFi 测序与 Verily Pre 结合，整合基因组与临床数据，为生物医学研究构建可规模化、AI 可用的数据集。

STAT+：中国着手限制外资收购生物技术企业

中国正采取措施限制外资对本国生物技术企业的收购。该报道来自 STAT+，正文仅对订阅用户开放，具体限制措施与适用范围尚未公开。同期 biotech 简讯还提及 Isomorphic 的 AI 布局、加州 84 亿美元研究预算案，以及本周在马德里举行的 ESMO 年会。

罗氏与翰森制药达成总额或达 150 亿美元的 ADC 授权合作

罗氏与翰森制药及其多家子公司签署授权协议，合作范围覆盖多个抗体偶联药物（ADC）项目，交易总额最高可达 150 亿美元。协议包含两个已有的临床前 ADC 项目，以及基于罗氏提出的靶点、使用翰森 ADC 平台技术的多个项目；翰森负责开发至全球 Ia 期试验完成，罗氏负责中国大陆、香港、澳门、中国台湾等亚洲地区以外的后续开发。

同一新闻，精选展示《翰森与罗氏就一系列 ADC 达成合作，首付款 4 亿美元》

《A Recipe for Cells》：Asimov Press 发布关于细胞如何运作的互动连载书

Asimov Press 发布互动连载书《A Recipe for Cells》，探讨细胞如何由分子构成并运作。文章以 E. coli 为例拆解细胞组成：约 70% 为水，干重中蛋白质占 55%、DNA 仅占 3%，单个细胞约有 200 万个蛋白质。文中还引用 2002 年研究，显示遗传相同的 E. coli 细胞荧光表达标准差可达均值的 40%。

FAM193B启动子区CCG重复序列与阿尔茨海默病易感性相关

香港科技大学等机构的研究发现，FAM193B启动子区一段CCG重复序列的长度与阿尔茨海默病易感性相关，成果发表于Nature Neuroscience。

强迫症心理治疗应答与DNA甲基化标志物相关

挪威卑尔根大学团队分析约900名接受Bergen 4-Day Treatment的强迫症患者唾液样本，在治疗前、治疗后及3个月随访时检测DNA甲基化，发现多个甲基化区域与治疗应答相关。

scFlowReport 发布单细胞下游分析统一工作流

韩国建国大学和釜山国立大学医院团队在《Biomolecules》发表 scFlowReport，一个配置驱动的单细胞 RNA-seq 下游分析工作流，代码开源于 https://github.com/ibclab-hub/scFlowReport。

APR-Score：识别并评分蛋白序列中易聚集区域的机器学习方法

APR-Score 是一种基于机器学习的计算方法，用于识别蛋白序列中易发生聚集的区域，并综合序列与结构特征进行预测。该方法经训练集交叉验证和独立测试集验证，在区分聚集倾向区域与非聚集区域时取得 MCC 0.77、精确率 0.89、F1 0.87。工具代码已在 https://github.com/TII-BRC/APR-Score 开放。

AI生信绘图：选择 SKILL 还是 MCP 形态？

生信技能树正尝试用 MCP 形态做开源生信绘图工具，此前其 Bizard SKILLS 已初步支持 MCP 功能。作者对比指出，SKILL 提供操作手册、由 AI 每次自行生成脚本，稳定性不足；MCP 直接调用外部程序与脚本，绘图更快。首版 MCP 已可安装，用自有数据不到一分钟即可出图，并附 index 网页展示与一键复制提示词，目前仍在群内内测。

SF-GA：将预测的 P-glycoprotein 底物重设计为可合成非底物的协同引导片段遗传算法

研究提出协同引导片段遗传算法 SF-GA，将片段协同分析嵌入遗传算法突变阶段，使片段替换偏向与非底物分类相关的共现子结构，从而把 P-gp 底物改造为预测的非底物。在固定函数评估预算下，SF-GA 优化性能与遗传算法和强化学习基线相当，且所生成分子的逆合成可及性在所有测试方法中最高。对两个人类 P-gp 结构的对接显示，预测非底物概率更高的分子预测结合更弱。

PNAS 研究揭示 Hox9–10 基因在斑马鱼与肋螈后肢附肢祖细胞建立中的作用

日本埼玉大学等机构的研究发现，Hox9–10 基因在斑马鱼和伊比利亚肋螈后肢附肢形成的最早阶段均不可或缺，为脊椎动物成对附肢图式系统的演化组装提供了发育证据。

Rob Patro 提议创办真正面向计算生物学的期刊

Rob Patro 提出新期刊设想"Journal *actually for* Computational Biology"，主张让读者真正能获取并阅读文章。他举例指出，Idury 与 Waterman 的 DNA 序列组装算法论文 1995 年发表于 Journal of Computational Biology，至今仍受付费墙限制。

Teva 的 Weltruza 上市与 Novo 的 GLP-1 策略

FiercePharma 发布播客，讨论 Teva 的 Weltruza 上市以及 Novo 的 GLP-1 策略。

Merck KGaA 以 13 亿美元收购 Silence Therapeutics，押注 RNAi 药物 divesiran

Merck KGaA 于 2026 年 10 月 19 日宣布以 13 亿美元收购英国 Silence Therapeutics，获得已在真性红细胞增多症 II 期试验中取得积极数据的 siRNA 药物 divesiran。

同一新闻，精选展示《默克 KGaA 以 13 亿美元收购 Silence Therapeutics 及其 siRNA 管线》

艾伯维下一代克罗恩病联合疗法在 II 期试验中优于 Skyrizi

FierceBiotech 报道，艾伯维（AbbVie）的下一代克罗恩病联合疗法在 II 期试验中表现优于其已上市药物 Skyrizi，公司可能由此找到改进这款产品的方式。报道未披露具体疗效数据与联合方案细节。