百图生科与艾玮得生物达成战略合作，共建“AI-Ready”器官芯片数据工厂
百图生科与艾玮得生物于2026年9月21日签署战略合作协议，以“AI大模型+器官芯片”为切入点共建器官芯片数据工厂并联合开发垂直领域大模型。双方将基于器官芯片湿实验数据与生命科学大模型共建专用数据库与数据管理平台，使数据以“AI-Ready”格式直接用于模型训练迭代，并构建“AI设计—芯片验证—数据回馈”的干湿闭环数据飞轮。
全部生信动态
公众号：BioMap 百图生科AI 评分2525 Bluesky：Teif lab (@teiflab.bsky.social)AI 评分5858 Zeng 等预印本提出转录因子读取染色质中的第二套调控密码
Zeng 等 2026 年在 bioRxiv 发布预印本，提出转录因子除读取 DNA 一级序列外，还解读写在核小体结构中的第二套调控密码。作者在摘要中称，其发现表明转录因子同时解读两层互补的基因组信息，即 DNA 序列与核小体结构编码。原文未给出具体数据规模与代码开放情况。
Molecular Systems Biology精选AI 评分6767 整合空间信息的正常与癌症相关结肠成纤维细胞图谱
研究结合大规模单细胞 RNA 测序、空间验证和功能实验，构建了人正常结肠成纤维细胞与间质亚群的参考图谱，并以小鼠结肠为参照。
推荐理由：该研究以小鼠结肠为参照，用单细胞与空间验证构建人正常结肠和结直肠癌成纤维细胞参考图谱，为 CAF 分型提供统一坐标。
Cell SystemsAI 评分5858 iPSC 来源神经元中 CRISPR 相关酶被错误定位到细胞质，导致 KRAB(KOX1) 特异性降解
Cajka 等人在 Cell Systems 报告，iPSC 来源神经元中依赖 SV40 NLS 的 CRISPR 构建体无法定位到神经元细胞核，导致 dCas9-KRAB(KOX1) 在细胞质中被降解。改用其他 NLS 可恢复蛋白定位与表达，说明错误定位是 CRISPR 在终末分化细胞中效率偏低的一个关键因素。
Bluesky：Society for Mucosal Immunology (@societymucosalimm.bsky.social)AI 评分4242 新方法结合细菌特异性荧光探针与光谱流式，绝对定量并追踪早产儿体内被免疫球蛋白结合的微生物
一种结合细菌特异性荧光探针与光谱流式的新技术，可对免疫球蛋白结合的微生物进行绝对定量与追踪，并已应用于早产儿。该方法由 @thehandiestlab 等人在 Cell Host & Microbe 发表。
中国科学院遗传与发育生物学研究所AI 评分5555 曹晓风团队编辑小麦 TaABA2 uORF，提升耐逆性与抗穗发芽能力
中国科学院遗传与发育生物学研究所曹晓风团队用单碱基编辑技术定点突变小麦 TaABA2-5A 基因的 uORF，解除其对下游主基因的翻译抑制，在不改变转录水平的情况下提高翻译效率和内源 ABA 含量，使小麦获得耐盐、耐旱能力与穗发芽抗性。
Bluesky：Thomas Gorochowski (@chofski.bsky.social)AI 评分4242 用重组酶构建跨物种遗传回路：纳米孔测序揭示其真实工作机制
研究展示纳米孔测序可用于解析重组酶构建的跨物种遗传回路的内部工作机制。相关成果已发表，DOI 为 doi.org/10.1038/s414...。
Europe PMCAI 评分3838 美沙酮相关离子电流效应的计算模拟预测 QT 间期延长
基于 Tusscher-Noble-Noble-Panfilov（2004）模型和 Cardiac Safety Simulator 2.2 构建动作电位与心电图模型，用美沙酮多离子电流的体外数据模拟其致 QT 间期延长效应。
Europe PMCAI 评分2020 aiAtlas 1.2 模拟罕见病 ERCC2（XPD）变异基因功能恢复与救援阈值：验证性案例研究
aiAtlas version 1.2 模拟 136 个虚拟诱导多能干细胞来源细胞系，覆盖野生型、单突变、多突变、人肿瘤来源及基因融合等 ERCC2 状态，识别出约 20%–30%、约 50% 和超过 80% 三个非线性功能恢复阈值。
Bluesky：Dr Javier Sánchez Utgés (@javierutges.bsky.social)AI 评分2222 预印本：用对比学习嵌入做基于结构的虚拟筛选——DrugCLIP 案例研究
一项新预印本考察对比学习嵌入在基于结构的虚拟筛选中的表现，以 DrugCLIP 为案例。该预印本已发布在 bioRxiv，DOI 为 10.64898/202。
Bluesky：Martin Pacesa (@martinpacesa.bsky.social)AI 评分4848 BindCraft2 发布：代码先行开放，免费供学术与产业使用
BindCraft2 已发布，完整代码在论文发表前先行公开，学术与产业用户均可免费使用。发布方称提前释出是为了让用户立即开始设计，并将该工具用于当前的 Adaptyv 竞赛；代码托管于 GitHub 的 PacesaLab 仓库。
Cell GenomicsAI 评分4242 通过跨物种比较浓缩骨髓细胞类型特异性转录特征
作者提出一个框架，通过同时要求细胞类型特异性保守和跨多物种 scRNA-seq 数据集表达保守，来提取浓缩的标志基因特征。来自四种小鼠物种的骨髓微环境与造血祖细胞特征，能在两个外群灵长类物种中稳健解析细胞身份，捕获高度保守且具生物学意义的信息。
Cell SystemsAI 评分5858 研究重建4.6亿年间一个必需分子互作的界面演化
一项系统发育与实验重建研究追踪了一个必需分子互作在4.6亿年间的演化，发现历史替换不断随机地增强或削弱界面上的不同位点，逐步改变了亲和力的模式与生化基础，也改变了可能突变带来的效应。研究由Yeonwoo Park与V. Narry Kim完成，发表于Cell Systems。
中国科学院遗传与发育生物学研究所AI 评分5858 税光厚团队在 Med 发表猴痘及猴痘-HIV共感染血浆多组学研究
广州国家实验室/中国科学院遗传与发育生物学研究所税光厚团队与首都医科大学附属北京佑安医院冯英梅团队合作，在 Med 发表论文，整合血浆脂质组、代谢组、炎症因子和外泌体蛋白组，刻画猴痘及猴痘-HIV共感染的脂质-免疫失调与外泌体重塑。
Eran SegalAI 评分5555 npj Aging 论文：30 秒语音可捕捉生物学衰老特征
Eran Segal 团队在 npj Aging 发表论文，用 30 秒语音录音构建 Voice Age 模型，基于 Human Phenotype Project 的 7000 名参与者训练，预测实际年龄。
Europe PMCAI 评分3636 预测性虚拟细胞中的显式机制算子：证据、失效模式与单细胞扰动预测的最小证伪框架
这篇 Perspective 提出用最小证伪框架检验生物机制算子能否提升单细胞扰动预测：在统一锁定评测下，与晚期融合、容量匹配静态模型、容量匹配学习动力学算子及拓扑重连对照比较。
公众号：达摩院DAMO精选AI 评分8282 达摩院 DAMO RADAR 登上《科学》：一个模型识别 146 种腹部病症
达摩院发布通用医疗影像模型 DAMO RADAR，可覆盖含恶性肿瘤在内的腹部病症，研究团队评估了其中 146 种、涉及 18 个器官。该模型采用视觉-语言学习与器官级细粒度对齐策略，在近 4 万次真实世界检查中 AUC 达 0.913；与 26 名影像科医生的人机对比中，其平均准确率超过其中 23 名，AI 提示下医生识别疾病的敏感性提高 10%、用时减少 30% 以上。
推荐理由：该模型用器官级细粒度对齐把腹部 CT 与报告文本对齐，并给出与 26 名影像科医生的人机对比结果，可供做医学影像基础模型的人参考。
Europe PMC精选AI 评分4040 理论在生命科学中的力量
文章指出，高通量生物学与基因组学近二十年的快速扩张已编目出多种细胞类型和条件下基因功能的多个方面，人工智能与深度学习的进展也让功能基因组学测量预测更准确。作者认为，把实验编目和准确预测等同于对生物过程理论理解的增长，最终会误导人。
推荐理由：文章区分实验编目、预测能力与理论理解，为评估功能基因组学与深度学习进展提供概念框架。
Mohammed AlQuraishi精选AI 评分7878 OpenFold3p2 联合 Apheris 用五家药企内部数据训练蛋白-配体共折叠模型
Mohammed AlQuraishi 与 Apheris 合作，用五家药企内部的蛋白-配体复合物数据库训练 OpenFold3p2。作者称由于 PDB 中类药化合物相对稀少，这批数据使相关结构数据量增加 3-4 倍，并带来精度的大幅提升。引用内容提到，五家药企在数据不出内网的前提下共同训练了这一个共折叠模型，其表现明显优于最好的公开模型，Nature News 对此做了报道。
推荐理由：OpenFold3p2 在五家药企内部蛋白-配体结构数据上联合训练，为私有数据能否提升共折叠模型精度提供了一个可参照的案例。
Pardis SabetiAI 评分6767 Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供近实时贝叶斯系统发育分析
Delphy 在 Nature 发表，为疫情应对提供可扩展、近实时的贝叶斯系统发育分析，把更快的推断引擎与可交互界面结合起来。该工作由 Patrick Varilly 主导，与 Ben Fry 和 fathominfo 团队共同开发，论文见 https://www.nature.com/articles/s41586-026-11012-6，工具可在 https://delphy.bio/ 试用。
Bluesky：John Ebos (@ebos.bsky.social)AI 评分3030 肿瘤免疫微环境重塑可预测免疫检查点抑制剂应答
肿瘤免疫微环境重塑可预测免疫检查点抑制剂治疗应答，相关研究发表于 ScienceDirect。原文未披露研究对象、样本量、具体方法及数据公开情况。
GigaScienceAI 评分5252 分子锚定的空间转录组框架实现 CA1–Sub 精确分区并解析阿尔茨海默病区域转录变化
研究提出一个分子锚定的空间转录组框架，用 Stereo-seq 与 snRNA-seq 参考定义 CA1 与 Sub 的可复现分子分区。
Europe PMCAI 评分3838 超越以药物为中心的视角：推进用于环境扰动建模的 AI 虚拟细胞平台
一篇综述指出，当前 AI 虚拟细胞（VC）框架侧重遗传与药物扰动，环境扰动因数据可得性、化学空间覆盖和表征设计的结构性限制而建模不足。文章梳理了扰动预测模型从数学模型到深度学习与基础模型的演进，评估了基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表型组等多模态 VC 进展，并提出标准化环境扰动数据集、多模态架构、不确定性感知评估指标和面向监管的基准框架，以推动计算模拟扰动与替代动物测试的 3Rs 范式。
Europe PMCAI 评分3838 面向肝病学的 AI 虚拟细胞：单细胞模型中的表征、生成、动力学与干预
这篇综述将肝脏 AI 虚拟细胞（AIVC）的建模路径归纳为三类：生成模型表征细胞状态，动力学与转运模型推断状态转换，预训练或基础模型检验表征能否跨供体、病因、疾病阶段和平台迁移，并以扰动响应预测作为贯穿性评估。
Heng LiAI 评分2222 Heng Li 发布单页交互式重叠组装教学演示
Heng Li 发布了一个用于教学目的的单页交互式重叠组装器演示，并称其为 vibe coded。
Bluesky：Molly Przeworski (@mollyprz.bsky.social)AI 评分4242 Matin Saeidi 与 Will Milligan 建模人类突变因子等位基因动态，探讨三联体子代调查可发现何种突变因子
Matin Saeidi 与 Will Milligan 对人类突变因子等位基因动态进行建模，并探讨通过三联体子代调查应预期发现哪些类型的突变因子。相关工作引用《Dynamics of mutators of arbitrary dominance in humans》。
Bluesky：Milot Mirdita (@milot.bsky.social)AI 评分7272 ColabFold 1.6.3 发布：提速 2.5 倍并支持 pip 安装
ColabFold 1.6.3 发布，速度提升 2.5 倍，支持通过 pip install colabfold[alphafold] 安装，并新增 ipSAE 和 pDockQ2 评分。
Bluesky：Roychoudhuri Lab (@roychoudhurilab.bsky.social)AI 评分4242 不同方法学共同指向 PRDX1：肿瘤来源抗氧化剂通过剥夺 T 细胞活性氧抑制免疫
两项采用完全不同方法学的研究共同指向 PRDX1。Julian Lum 团队的 CRISPR 筛选在人类卵巢癌腹水中鉴定出 PRDX1，其缺失可提高 T 细胞内 ROS 并增强 T 细胞功能。相关成果分别发表于 Science 与 bioRxiv。
Bluesky：Roychoudhuri Lab (@roychoudhurilab.bsky.social)AI 评分4444 Julian Lum 团队 CRISPR 筛选发现 PRDX1 缺失增强 T 细胞抗卵巢癌腹水抑制功能
Julian Lum 团队用 CRISPR 筛选鉴定出使 T 细胞对人卵巢癌腹水抑制活性敏感的因子 PRDX1，其缺失可升高细胞内 ROS 并增强 T 细胞功能。
Cell SystemsAI 评分5858 血浆蛋白被整合进与心血管代谢疾病相关的跨组织基因调控网络
Bankier 等利用 STARNET 研究数据开展跨多组织的平行多组学整合分析，显示血浆蛋白是跨组织基因调控网络（GRN）的组成部分。不同 GRN 的蛋白质组特征与心血管代谢结局及风险因素相关。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 Rendeiro 实验室发布人体组织衰老单细胞图谱预印本
Rendeiro 实验室在 bioRxiv 发布预印本，以单细胞分辨率绘制人体组织衰老图谱，覆盖 3.5 billion 个细胞、16 个器官、980 名供体，跨越成年生命周期。该工作由 @e-abila 主导，论文链接为 www.biorxiv.org/content/10.6...。
Heidi LedfordAI 评分4242 食物中毒细菌驱使免疫细胞从肠道奔向大脑
Heidi Ledford 推荐了 gvconroy 在 Nature 发表的一篇报道，讲述食物中毒相关细菌促使免疫细胞从肠道迁移至大脑的故事。
Nicole SoranzoAI 评分5858 COSIGT 泛基因组基因分型工具发布，面向低覆盖度短读长 WGS
Nicole Soranzo 团队开发出泛基因组基因分型工具 COSIGT，可对低覆盖度数据做基因分型，适用于群体队列到古 DNA 的场景。作者称该工具可扩展，在低、中覆盖度短读长 WGS 上表现良好，工作由 @davidebolo93、@AndresGuarahino 与 @erikgarrison、@psudmant 等合作完成。
Cell SystemsAI 评分6262 Darmawan 等提出蛋白语言模型多突变采样策略与计算评测框架
Darmawan 等为蛋白语言模型提出利用上位互作的多突变采样策略，并配套一个从相关性、质量和多样性三方面评分的计算评测框架。在多种蛋白适合度景观上的基准测试中，其设计优于标准的单突变方法，作者据此给出蛋白工程的实践建议。
Bluesky：Razvan Borza (@rborza.bsky.social)AI 评分2020 Kreysing 等用 cryo-ET 解析的致密互连染色质结构渲染图
Razvan Borza 展示了 Kreysing 等人用 cryo-ET 解析的致密互连染色质结构渲染图。他表示这提醒人们染色质仍有大量未解问题，并期待在 CSHL Epigenetics and Chromatin 会议上看到新进展。
Bluesky：Nils Homer (@nilshomer.com)AI 评分5555 bwa-mem3 v0.12.0 发布，Arm 与 x86 上比对提速
bwa-mem3 v0.12.0 发布，相比 v0.10.0 在 Arm 和 x86 上均提速，--fast 模式约为 minibwa 的 2 倍，默认模式在 x86 上差距约 15%，同时保持 --compat 下输出字节一致。该版本还带来约 30–40% 的甲基化分析提速，并进行了一次大规模内存安全改进。代码与发布说明见 github.com/fg-labs/bwa-mem3。
Joe PickrellAI 评分4242 APOE 与其他基因变异对阿尔茨海默病风险的交互作用研究
Joe Pickrell 分享了一项发表在 Nature Genetics 的研究，该研究展示了 APOE 状态与其他遗传变异在阿尔茨海默病风险上的交互作用。
Molecular Systems BiologyAI 评分5252 新计算去卷积方法从批量蛋白质组数据解析芽殖酵母细胞周期蛋白动态
研究团队开发了一种计算去卷积方法，用于解析细胞周期依赖的蛋白浓度动态，并应用于新的芽殖酵母批量蛋白质组数据。该方法的核心是一个酵母群体模型，用实验获得的细胞周期进程和体积生长数据参数化，以量化采样群体中的失同步程度；作者对 3272 个蛋白做去卷积，用交叉验证确定正则化参数，识别出 539 个具有细胞周期依赖动态的蛋白。
ColabFold：GitHub ReleasesAI 评分6262 ColabFold 1.6.3 发布：支持 pip 安装并新增接口评分
ColabFold 1.6.3 发布，现在可以完全通过 pip 安装，本地安装不再需要 conda，kalign、hhsearch 和 openmm 也可从 pip 获取。
Bluesky：Olivier Neyrolles (@oneyrolles.bsky.social)AI 评分3838 两项研究揭示铜、半胱氨酸与结核分枝杆菌的氧化还原适应
一项发表于 mBio 的研究显示，铜可进入结核分枝杆菌（M. tuberculosis）胞内，并强烈诱导半胱氨酸合酶 CysK2，将铜感应与氧化还原适应及持留状态联系起来。该工作与另一项研究共同构成铜、半胱氨酸与结核分枝杆菌氧化还原适应的完整故事。