细胞身份丢失驱动人类衰老：解读 Nature 与 Cell 两篇新论文
Eric Topol 解读了哈佛 Vadim Gladyshev 团队发表在 Nature 的论文和 Altos Labs Juan Carlos Izpisua Belmonte 团队近期发表在 Cell 的论文，提出细胞身份丢失是衰老的新模型，与传统的损伤累积模型并列。
推荐理由：文章把细胞身份丢失与间充质漂移串成衰老的新解释框架，并梳理了热量限制、部分重编程等干预思路。
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Ground Truths精选AI 评分6767 Google DeepMind Blog精选AI 评分7676 Google DeepMind 推出 SynthID Bio，为 AI 生成蛋白嵌入可验证水印
Google DeepMind 发布 SynthID Bio，将水印技术用于合成生物学，在蛋白序列和 AlphaFold 3 预测的 3D 结构中嵌入可检测签名，同时保持生物功能。
推荐理由：DeepMind 把水印从数字内容延伸到蛋白序列与结构，并给出湿实验验证，对关注生物安全与 AI 设计溯源的研究者提供了可参考的技术路径。
InstaDeepAI 评分4242 InstaDeep 开源 BenchMHC 框架
InstaDeep 宣布其开源 Python 框架 BenchMHC 已在 GitHub 上线，该框架用于复现、重训练和评估肽-MHC 呈递模型。
Bluesky：Nicky Whiffin (@nickywhiffin.bsky.social)AI 评分2020 新预印本：跨组织剪接特征可作为 ReNU 综合征的定量生物标志物
新预印本提出一种跨组织剪接特征，可作为 ReNU 综合征的定量生物标志物。研究显示仅 6 个可变 5' 剪接位点事件即可完美预测 ReNU 综合征。
ProfluentAI 评分4747 Profluent 与 BioMarin 合作用 AI 设计新药
Profluent 宣布与 BioMarin 合作，利用其基于全球最大独特蛋白序列数据集（1150 亿条）的基础模型设计具有新功能或改良功能的蛋白质；BioMarin 将筛选 Profluent 生成的设计，并将最优者推进至临床前测试。
Cell Reports MethodsAI 评分6262 stFormer：整合空间配体信号的空间转录组基础模型
Cao 等提出空间转录组基础模型 stFormer，将细胞内上下文与空间配体信号整合进同一模型。相比单细胞基础模型，stFormer 在细胞层面和基因层面的分析上均有提升，并支持通过计算扰动研究空间配体信号的响应。
Max JaderbergAI 评分2222 IsoDDE：Isomorphic Labs 的生成式设计智能体可视化
Isomorphic Labs 的 Max Jaderberg 展示了团队日常使用的生成式设计智能体 IsoDDE，它接收药物设计者的目标后自主产出帕累托最优分子集合。可视化呈现了智能体在化学空间（UMAP 展示）中平衡探索与利用时的注意力热图，颜色越绿表示分子越优。推文仅抽取一个帕累托最优分子作示例，后续视频将展示规模化应用。
Bluesky：Society for Mucosal Immunology (@societymucosalimm.bsky.social)AI 评分2222 Jan Niess 等在 J Immunol 发表 Rgs14 风险基因与 IBD 研究：巨噬细胞缺失改变 ROS 产生与 T 细胞增殖
Jan Niess 及同事在 J Immunol 发表研究，揭示 IBD 风险基因 Rgs14 的作用机制：在巨噬细胞中敲除 Rgs14 会改变其 ROS 产生并诱导 T 细胞增殖。
Bluesky：Elisabeth Bik (@elisabethbik.bsky.social)精选AI 评分4848 训练营称两天可投出一篇论文，批评者担忧 AI 辅助产出质量
MedPage Today 报道称，有训练营宣称可在两天内完成并投出一篇论文，其中包含“一个周末完成系统综述与 Meta 分析”的项目，批评者担忧 AI 辅助的流程会助长粗糙研究。Elisabeth Bik 转发了该报道，文中引用了 Matt Spick、@gidmk 以及她本人的评论。
推荐理由：围绕两天完成系统综述与 Meta 分析的训练营，呈现学界对 AI 辅助快速产出论文质量的质疑。
中国科学院遗传与发育生物学研究所精选AI 评分7272 段力辉团队开发 OpenFISH 技术，实现空间组织原位转录与代谢联合分析
中国科学院遗传与发育生物学研究所段力辉团队开发 OpenFISH，可在同一张组织切片上连续完成空间转录组与 MALDI-MSI 空间代谢组检测。该方法通过模块化探针设计和单轮基因编码将空间转录组成本降低约 95%，并借助导电玻片预处理与 MALDI-MSI 后组织成胶、透明化实现两模态兼容。
推荐理由：该工作把成像空间转录组与 MALDI-MSI 代谢组放在同一张切片上，并给出约 95% 的转录组成本降幅，做空间多组学的人可关注其兼容方案。
Bluesky：Andrew S. MacDonald (@profandrewmac.bsky.social)AI 评分5050 Alex Loukas 与 Paul Brindley 团队在 Nature Communications 报道首个可遗传转基因曼氏血吸虫品系
Alex Loukas 与 Paul Brindley 团队在 Nature Communications 报道了首个可遗传转基因血吸虫品系的构建与传代。该研究通过 CRISPR 敲入在曼氏血吸虫（Schistosoma mansoni）中获得稳定遗传的品系，可向小鼠循环系统分泌功能性抗 SARS-CoV-2 抗体，感染小鼠血清显示病毒中和活性。
Microsoft Research Blog精选AI 评分7575 微软研究院推出 Quine：面向生物学复杂性的 AI 研究系统
微软研究院推出 Quine，一个由多模态生物学世界模型和连接模型、科学工具、文献与研究者的交互式 harness 组成的 AI 研究系统。
推荐理由：微软研究院公开了面向生物学的多模态世界模型与实验编排系统，并给出胰腺癌细胞状态转换的湿实验验证案例。
Bluesky：Stephanie Hicks (@stephaniehicks.bsky.social)AI 评分4747 人类伏隔核三维重构预印本：解析细胞类型异质性与前后轴拓扑变化
一项新预印本生成了人类伏隔核（NAc）的三维重构，用于解析细胞类型异质性与拓扑结构沿前后轴的变化。该工作由 Biostats 博士生 Jianing Yao 等人主导，已发布于 bioRxiv。
Bluesky：Saez-Rodriguez Group (@saezlab.bsky.social)AI 评分4747 SpaCEy 经同行评审版本正式发表
SpaCEy 的经同行评审版本现已正式发表，论文刊于 Nature，代码已在 GitHub 的 saezlab/SpaCEy 仓库公开。
In the Pipeline精选AI 评分4242 J. Med. Chem. 一篇 DPP-IV 降解剂论文的机制疑点引发质疑
Derek Lowe 评述 J. Med. Chem. 今年 6 月第 12 期 Wang 等人来自江苏大学的靶向蛋白降解论文，该文用 alogliptin 结合 DPP-IV、以 cereblon 配体招募 CRBN 降解二肽基肽酶 IV，作为糖尿病治疗思路。
推荐理由：围绕一篇靶向蛋白降解论文的机制矛盾，梳理细胞外蛋白经胞内 CRBN 降解这一疑点及可补做的实验。
PatternsAI 评分3434 基于 Benford 定律的科学数据异常检测贝叶斯框架
基于模拟的 Benfordness 估计（SBBE）量化数据集符合 Benford 定律的程度，并提供不确定性估计，使不同规模数据集之间可作有意义的比较。将该方法用于生物活性数据时，SBBE 可按数据整理质量对数据库排序，并标记出异常子集，供针对性专家复核优先处理。
Cell GenomicsAI 评分6262 疾病相关位点与常见环境暴露下的响应 eQTL 共享特征
Lin 与 Li 等人将分化中的人干细胞培养体系暴露于尼古丁、咖啡因或乙醇，鉴定出只有在暴露后才显现对基因表达效应的遗传变异。这些环境特异调控变异与疾病相关位点具有相似特征，提示环境敏感的基因调控可帮助解释人类遗传学研究中的信号。
PatternsAI 评分5555 研究评测 Evo 2 与 megaDNA 生成基因组序列的真实性局限
Tzanakakis 等对 Evo 2 和 megaDNA 生成的长片段基因组序列开展基准评测，在多项互补的组成与组织特征上与自然基因组对比。合成序列仍可被检测出与自然序列不同，并随生成过程逐步偏离其条件种子，且修正单一伪影并不能保证整体基因组真实性。
Bluesky：Guillaume Méric (@gmeric.bsky.social)AI 评分4242 中世纪羊皮纸中藏有古代绵羊病毒：新发现的羊痘病毒序列揭示其起源与演化
研究人员从中世纪羊皮纸中回收出古代羊痘病毒（sheeppox）序列，据此推断该病毒的起源时间与演化路径。相关成果已由 Science 报道并附论文链接。
Microsoft Research BlogAI 评分2222 Microsoft Research Asia – Singapore 成立一年：推进前沿 AI 研究、合作与人才培养
Microsoft Research Asia – Singapore 作为微软在东南亚的首个研究实验室，成立一年来围绕下一代 AI 模型与智能体系统、领域专用 AI、AI 原生研究实践及生态与人才培养四大方向推进工作。
Bluesky：Levayer Lab (@levayerr.bsky.social)精选AI 评分6262 Levayer Lab 评论英国资助机构用 AI 初筛拒稿引发的激励扭曲
Levayer Lab 就英国资助机构使用 AI 初筛拒绝基金申请一事提出批评，认为把决定交给不透明的 AI 模型会激励申请人用 AI 写作去调整系统，从而形成恶性循环。该帖引用 Science 报道，指出这套 AI 评估未在资助公告中明确说明，已引发隐私与公平性担忧。
推荐理由：借英国资助机构用 AI 初筛拒稿一事，讨论不透明模型进入评审后可能形成的激励扭曲与反馈循环。
Genomics, Proteomics & BioinformaticsAI 评分3838 单细胞与空间转录组揭示 DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞互作驱动肝内胆管癌免疫抑制微环境
整合单细胞 RNA 测序与空间转录组构建人肝内胆管癌（ICC）细胞与转录图谱，发现 CD8+ 增殖 T 细胞存在终末型与祖细胞样两种耗竭程序。DEFB1+ 胆管细胞与 IFI30+ 巨噬细胞在多个独立 ICC 队列中呈强正相关，并在肿瘤微环境中空间邻近，其互作预测涉及 TGFB1–TGFBR1 信号轴，可能促进肿瘤进展与免疫治疗耐药。
Bluesky：Dr Radu Zabet (@raduzabet.bsky.social)AI 评分2222 英国人群全血 DNA 甲基化个体间变异研究：Genome Biology 论文配套播客上线
一项发表于 Genome Biology 的研究系统调查了英国人群中全血 DNA 甲基化的个体间变异，并据此编目可变与稳定的表观遗传位点。该工作基于 Understanding Society 队列数据，作者 Radu Zabet 与 Leo Schalkwyk 在一档新播客季首期中讨论了这项成果。
Bluesky：Alejandro Manzano Marín (@amanzanom.bsky.social)AI 评分2020 植食性半翅目昆虫宿主与营养共生菌的协同演化多样化
植食性半翅目昆虫与其营养共生菌之间存在协同演化多样化关系，相关研究发表于 doi.org/10.1016/j.co...。原文未提供研究对象规模、方法工具及数据公开状态等具体信息。
Bluesky：Manvendra Singh (@manusingh.bsky.social)AI 评分4242 单核调控图谱将转座子与成年海马神经发生联系起来
一项预印本发布“A single-nucleus regulatory atlas links transposons to adult hippocampal neurogenesis”，由 RETROGEN 实验室的 Umut、Fede 和 Souad 主导完成。该研究构建单核调控图谱，将转座子与成年海马神经发生建立联系，全文可在 bioRxiv 获取。
Cell Genomics精选AI 评分7878 九种哺乳动物脑单细胞多组学比较揭示细胞类型特异的调控保守性
Anderson 等对九种哺乳动物的脑组织开展单细胞多组学比较，发现增强子的保守性不止体现在 DNA 序列上，还体现在细胞类型特异性和靶基因上。功能实验进一步显示，古老调控元件与人类特异调控元件共同影响脑生物学和神经系统疾病的易感性。
推荐理由：跨九种哺乳动物比较脑内基因调控，把增强子保守性从序列层面延伸到细胞类型与靶基因层面。
PatternsAI 评分2020 神经元异质性对执行认知任务的循环网络影响多样
Santhosh 与 Narayanan 用大量在同一认知任务上训练的循环神经网络发现，神经元间差异对学习、任务表现、活动模式和抗干扰能力的影响高度多样，且取决于网络超参数、变异的数量与类型以及性能度量方式。结果提示应将神经网络作为完整交互系统在大量样本中研究，而非孤立关注个体差异。
Bluesky：Rhys White (@rhystwhite.bsky.social)AI 评分3838 基因组监测止步于细菌谱系会漏掉什么？解析移动 DNA 对流行病学调查的补充价值
当基因组监测止步于细菌谱系时，会漏掉移动 DNA 携带的流行病学信息。一项研究以宿主内 vanB 屎肠球菌、新生儿重症监护病房（NICU）中一株药物敏感 K. variicola 暴发和 MRSA AK3 为例，展示解析移动 DNA 能为调查补充什么。原文链接指向新西兰抗菌药物耐药（AMR）相关研究，DOI 为 10.1071/MA26。
Molecular Systems BiologyAI 评分5858 研究团队用精氨酸富集改造 CgCas12n，构建高效基因组与碱基编辑平台 eCgCas12n
研究团队通过精氨酸富集策略改造 Corynebacterium glutamicum Cas12n（CgCas12n），获得编辑效率提升约 60 倍的变体，并缩短 sgRNA 支架而不损失活性，组合成增强型 eCgCas12n 系统用于哺乳动物细胞基因组编辑。
NAR Genomics and BioinformaticsAI 评分5252 Virushunter 与 Virusgatherer 发布从原始测序数据发现病毒基因组的流程
Virushunter 与 Virusgatherer 是一套从原始下一代测序数据中发现病毒基因组的双模块计算流程：Virushunter 基于 profile Hidden Markov Model 对病毒标志蛋白编码序列 reads 做同源搜索并构建 microcontigs，再作为种子交由 Virusgatherer 进行靶向病毒基因组组装。
Bluesky：Chris Tape (@christophertape.bsky.social)AI 评分4242 膳食脂肪与神经酰胺经 YAP 驱动结直肠癌 revival 干细胞命运
一项研究显示，膳食脂肪与神经酰胺可驱动结直肠癌（CRC）中由 YAP 介导的 revival 干细胞命运。该研究发表于 Science，具体数据与结论细节未在原文中展开。
Bluesky：Igor Adameyko (@adameykolab.bsky.social)AI 评分2020 研究揭示人类面部个体差异的潜在形成机制
一项新研究聚焦人类面部个体性的潜在形成机制，指出胚胎发育阶段为终生面部特征奠定基础。相关成果已在 Nature 发表。
Bluesky：Elisabeth Bik (@elisabethbik.bsky.social)精选AI 评分5858 AI 是否正让医学期刊充斥无意义研究
MedPage Today 报道讨论 AI 是否正让医学期刊充斥无意义研究，文中引用了 Ivan Oransky、Elena Vicario 和 Elisabeth Bik 等人的说法。Elisabeth Bik 表示，现在已经到了无法区分真假的程度；一位专家称这类内容既不算学术造假，也不完全是低质垃圾内容。Bik 在 Bluesky 转发该报道并附上原文链接。
推荐理由：借多位研究诚信领域人士的引述，呈现 AI 生成内容涌入医学期刊后真假难辨的现状。
Bluesky：Rod Rahimi (@rodrahimi.bsky.social)精选AI 评分4040 医生谈 AI 让资深医生更强却让医学生变弱
Rod Rahimi 在 Bluesky 引用《纽约时报》观点文章《A.I. Has Made Me a Better Doctor. It's Made Med Students Worse.》，并提出疑问：自己面对背痛问题时，会拿聊天机器人的建议对照多年积累的思维模型，但若一直由机器人主导思考，这种模型还能否形成。
推荐理由：医生以自身经验对比 AI 辅助对资深医生与医学生判断力养成的不同影响，适合关注医学 AI 教育的人。
NAR Genomics and BioinformaticsAI 评分6262 用全基因组测序校正 DNA 剂量可改善 ATAC-seq peak calling
FANTOM 联盟的研究提出，把全基因组测序（WGS）数据作为对照整合进基于模型的 ChIP-seq 分析流程（MACS），以校正拷贝数变异和 DNA 复制时序带来的局部 DNA 剂量偏倚，从而改善 ATAC-seq 的 peak calling。加入 WGS 对照后，检出的 ATAC peak 数量和宽度均增加，与转录起始位点的距离更近，带有典型 cis 调控元件（CRE）的表观标记，并富集性状与疾病相关遗传变异。与基因表达水平的相关性也优于不加 WGS 对照的 peak。
NAR Genomics and BioinformaticsAI 评分6060 Nanopore 测序结合自适应采样与 NanoExpansion 可准确刻画重复扩增疾病
研究团队用 Oxford Nanopore 的 GridION 或 PromethION-2Solo 平台对 132 名参与者做靶向长读长测序，结合自适应采样（AS）与自研 Python 工具 NanoExpansion，对短串联重复扩增进行定长和序列中断检测。
Heng LiAI 评分2222 Heng Li 反映 PacBio 公共数据集离线数日
Heng Li 发推询问 PacBio 公共数据集已离线数日，并附上 PacBio 数据集页面链接，希望对方查看处理。
NCBI InsightsAI 评分6060 NLM 推出 Linked Discoveries 试点，可从 PubMed 引文探索相关文献网络
美国国家医学图书馆（NLM）发布实验性试点资源 Linked Discoveries，可从一条 PubMed 引文出发，映射最多 200 篇最相近的相关文章。该工具分析 PubMed 引文的标题、摘要和关键词，把超过 2900 万条引文与 NCBI 各数据库的相关资源连接起来，支持按疾病、基因、化学物质过滤，并可用“any”（OR）与“all”（AND）逻辑组合。
Bluesky：Martin Steinegger 🇺🇦 (@martinsteinegger.bsky.social)精选AI 评分8080 AlphaFold Database 扩展至疫情准备，预测 2812 个病毒蛋白组的约 170 万个二聚体
AlphaFold Database 正与 NVIDIA、DeepMind、EBI 等合作扩展至疫情准备方向，对 2,812 个病毒蛋白组中的约 170 万个同源与异源二聚体做了穷举预测，其中 8,028 个为高置信度预测。相关结果发布在 research.nvidia.com/labs/dbr/ass...，并可在 alphafold.ebi.ac.uk 查看。
推荐理由：AlphaFold Database 把病毒蛋白互作预测扩展到 2,812 个病毒蛋白组，可了解结构预测在疫情准备中的覆盖范围。
Bluesky：Elizabeth Wood, PhD (@lizbwood.bsky.social)AI 评分2828 Jura Bio 推出连续变分合成，可在千万亿级规模合成生成模型设计的 DNA 序列
Jura Bio 宣布推出连续变分合成（continuous variational synthesis），称其提升了按生成模型设计 DNA 序列进行合成的能力，规模可达 petascale。相关说明见 jurabio.com/s/cvs.pdf。