Science Advances：改造 E. coli 直接利用 PET 解聚产物 BHET/MHET 实现全细胞生物催化
发表于 Science Advances 的研究让 BHET/MHET 直接进入 E. coli，从而将 PET 糖酵解与全细胞生物催化直接耦合。此前用活细胞转化 PET 解聚产物受限于对苯二甲酸（TPA）的摄取，该工作改用胞内羧酸还原路径。
全部生信动态
Bluesky：Aditya Kunjapur (@kunjapur.bsky.social)AI 评分4242
Heidi LedfordAI 评分6060 实验性细胞疗法能否在骨质疏松患者体内重建骨骼
Heidi Ledford 在 X 上转述 Nature 的一篇报道，讨论一项小型早期临床试验：经改造、可靶向骨骼的骨髓细胞是否在骨质疏松患者体内重建了骨骼。报道作者 Elie Dolgin 在文中同时呈现了希望与需要保留的地方，并附有原文链接 https://www.nature.com/articles/d41586-026-02828-3。
Bluesky：Alex Donovan (@apadonovan.bsky.social)AI 评分2020 Tailless/TLX 终止果蝇脑内多个神经干细胞谱系的时间级联
在果蝇中结合遗传操作与染色质结合实验发现，单个转录因子 Tailless/TLX 可终止视叶与中央脑多个神经干细胞谱系的时间级联，提示不同神经谱系的时间程序具有保守终止机制。该研究已正式发表。
GigaScienceAI 评分5555 ViralClust：用 Nextflow 流程对病毒序列聚类以挑选代表性基因组
ViralClust 是一个模块化 Nextflow 流程，用于从大型病毒基因组数据集中按偏差感知方式挑选代表性序列，整合了 CD-HIT-EST、SUMACLUST、VSEARCH、MMSeqs2 和 HDBSCAN 共 5 种聚类算法，可在统一工作流中直接比较聚类结果。
Europe PMCAI 评分2929 解码血管重塑中的PVAT复杂性：多模态单细胞技术揭示新治疗靶点
多模态单细胞技术（scRNA-seq、空间转录组与AI整合）正以空前分辨率解析血管周围脂肪组织（PVAT）生态系统，构建出揭示不同血管床细胞结构、表型可塑性与空间互作的整合图谱。综述据此提出Dpp4+前脂肪细胞、BMP4诱导的棕色化等新生物标志物与可干预疗法，并给出以人类PVAT生物样本库、CRISPR谱系追踪和AI建模为优先的转化路线图。
Bluesky：Sarah Crome (@sarahcrome.bsky.social)AI 评分4242 人类脾脏先天淋巴细胞的空间与功能特化研究
一项新论文在单细胞和空间分辨率下绘制了人类脾脏 NK 细胞与先天淋巴细胞（ILC）图谱，揭示其空间与功能特化。研究由 Sarah Colpitts 主导，论文题为“Spatial and functional specialization of human splenic innate lymphoid cells”。
Molecular Systems BiologyAI 评分6060 TME-CARTographer 解析活体胰腺癌中治疗性 T 细胞的时空免疫抑制
研究团队开发了计算流程 TME-CARTographer（TME-CART），整合高维数据、图论、行为分析和深度学习，用于解析活体胰腺导管腺癌（PDA）肿瘤中 4D 的 T 细胞与肿瘤微环境相互作用。
Cell SystemsAI 评分6060 多类器官系统模拟生理吸收与代谢用于抗肿瘤药物评价
Xiao 等建立了一个整合肠道吸收、肝脏代谢和肿瘤反应的多类器官系统，用于评价抗肿瘤药物。该系统能捕捉仅用肿瘤培养时被忽略的药物活化与失活过程，为预测药物疗效和毒性提供了更接近生理条件的途径。
Caleb LareauAI 评分5858 MSKCC 团队在 Nature Biomedical Engineering 报告 AI 设计抗肿瘤治疗蛋白的首个进展
Memorial Sloan Kettering 癌症中心（MSKCC）Caleb Lareau 实验室在 Nature Biomedical Engineering 在线发表研究，报告其用 AI 设计新型治疗蛋白、并将其开发为抗肿瘤疗法的第一步。作者称这项工作始于三年前，目标是探索能否借助 AI 获得新的治疗性蛋白，更多细节见 MSKCC 新闻稿链接。
Žiga Avsec精选AI 评分7878 DeepMind 发布 AlphaGenome Atlas，预测人类基因组全部 90 亿个 SNV 的调控影响
DeepMind 团队发布 AlphaGenome Atlas，用 AlphaGenome 预测了人类基因组中全部 90 亿个可能的 SNV 的调控影响，并开发了可浏览该预测图谱的门户网站。作者称与多位科学家合作完成了分析与应用，同时提供了博客和预印本链接。
推荐理由：用 AlphaGenome 对全基因组 90 亿个 SNV 做调控影响预测并开放浏览门户，为变异解读提供了一张可检索的预测图谱。
GigaScienceAI 评分2525 仓鸮（Tyto alba）染色体级别、单倍型解析的基因组组装
研究发布了仓鸮（Tyto alba）染色体级别、单倍型解析的基因组组装，采用 trio-binning 策略结合 Illumina 亲本 reads、PacBio HiFi 与 Oxford Nanopore 数据，获得 2 套定相 contig，并借助连锁图挂载为 40 个连锁群。
GigaScienceAI 评分4040 FPNuNet：面向免疫组化图像细胞核分割与分类的频率感知提示引导网络
FPNuNet 通过 4 个并行编码器（冻结的 SAM 结构编码器、冻结的 UNI 语义编码器、小波特征编码器和多尺度上下文编码器）提取多源特征，并用基于离散余弦变换的提示生成器与频率感知融合颈整合特征，在 CD47-IHCNuSC 数据集（86 张 CD47 染色食管癌图像块、18,483 个手工标注细胞核、7 个亚型）上取得所评估方法中最佳的实例分割与亚型分类性能。
David Li精选AI 评分4040 David Li：未来 18–24 个月 AI 药物发现的最大瓶颈是实验验证，36 个月后转向临床试验资源稀缺
David Li 认为，未来 18–24 个月 AI 药物发现的最大瓶颈是实验验证与核实，而 36 个月后最大瓶颈将变成临床试验资源稀缺。
推荐理由：作者用 IND 审评与启动天数的对比，拆解美国临床试验基础设施的瓶颈，并给出未来 18–36 个月瓶颈迁移的判断。
Stephen Quake精选AI 评分7878 Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，细胞数扩至逾 110 万
Tabula Sapiens 2.0 在 Cell 上线，数据集规模翻倍至 28 个组织、逾 110 万个细胞。作者团队还绘制了人类转录因子的表达，并分析了细胞衰老程序，图谱开放获取。
推荐理由：Tabula Sapiens 2.0 把细胞数扩到 110 万并新增转录因子表达与衰老程序分析，做单细胞图谱比较的读者可据此了解数据规模变化。
GigaScienceAI 评分5858 ICTV 病毒分类法通过公共本体 API 开放程序化访问
研究团队将 ICTV 的 MSL1 至 MSL41 全部 Master Species List 版本转换为统一的本体，包含超过 195,000 个当前与历史实体，并通过 Ontology Lookup Service 部署为公共 API。
Mohammed AlQuraishiAI 评分6262 AlQuraishi 点评 bioRxiv 预印本：训练时 MSA 深度分布影响蛋白结构预测性能
Mohammed AlQuraishi 在 X 上推荐一篇 bioRxiv 预印本，称其细致追踪了训练时 MSA 深度分布对预测性能的影响，并给出一个在 AF2/3 基础上明显改进的训练配方。他未在帖中给出具体数据集、指标或改进幅度，仅附上预印本链接。
Bluesky：Samantha Butler (@samanthabutler.bsky.social)AI 评分5858 美国国防部被指试图挪用 NIH 数十亿美元经费
美国众议院拨款委员会少数党披露，国防部官员正设法从美国国立卫生研究院（NIH）划走数十亿美元，用于填补国防部自身活动开支。发帖者引用该新闻稿并呼吁阻止这一做法，认为这会削弱用于传染病治愈研究的经费。
Arc InstituteAI 评分6262 研究揭示哺乳动物细胞内的支链氨基酸发酵通路
Arc Institute 的 Jain 实验室在小鼠缺氧代谢组中发现，支链氨基酸（BCAA）发酵可作为哺乳动物细胞中不依赖乳酸的替代电子受体途径。研究显示，在缺氧条件下，LDHA 会以催化混杂的方式将支链酮酸还原为支链羟酸（BCHA），小鼠尿液中的 BCHA 水平升高；在人类中，BCHA 在抗阻运动、重症 COVID-19 和饮酒三种状态下升高，主要作为还原应激的生物标志物。
Manolis Kellis精选AI 评分8585 跨物种单细胞图谱绘制人脑纹状体，定位精神疾病遗传风险细胞类型
研究团队发布人脑纹状体跨物种单细胞图谱，覆盖 109 个样本、69 名供体、67 万个细胞核，鉴定出 31 个神经元亚群，其中包括 9 类中型多棘神经元（MSN）。
推荐理由：这份跨物种纹状体图谱把 124 项 GWAS 的遗传风险定位到特定神经元亚群，并显示小鼠与人存在分区差异。
Bluesky：Teif lab (@teiflab.bsky.social)AI 评分5858 AlBawardi 等 2026 预印本：核小体定位不规则驱动晶态到液态转变并调节染色质可及性
AlBawardi 等 2026 年在 bioRxiv 发布预印本，提出核小体定位不规则会驱动染色质从晶态向液态的相变，并调节染色质可及性。作者列出两点：类异染色质序列形成致密纤维；超过 2-3 bp 的定位不规则会触发状态转变。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分3838 Scanpy 1.13.0a2 发布
Scanpy 发布 1.13.0a2 预发布版本。原文未披露该版本的具体功能变更、修复内容或数据与代码公开情况。
Scanpy：GitHub ReleasesAI 评分2020 Scanpy 1.12.4 发布
Scanpy 发布 1.12.4 版本，为这一单细胞分析工具的补丁更新。原文未披露具体修复内容与新增功能。
Biohub精选AI 评分7878 Biohub 用 AI 揭示肿瘤细胞状态异质性，预测联合用药延长 DMG 小鼠生存
Biohub 与哥伦比亚大学等机构合作在 Nature Genetics 发表两篇论文，提出“cancer quantum biology”假说：同类型肿瘤在患者间拥有几乎相同的恶性细胞状态集合，这些状态可相互转换从而逃避单靶点药物。
推荐理由：两篇 Nature Genetics 论文提出肿瘤细胞状态在患者间高度保守，并用 AI 预测针对多状态的联合用药，在 DMG 小鼠模型中延长生存。
Rahul Satija精选AI 评分7878 Seurat 5.6 公测版发布，提升核心流程速度与内存表现
Seurat 5.6 公测版发布，针对核心工作流的速度、内存和可扩展性做了大幅改进，尤其面向大规模数据集。作者团队称过去几个月用编码智能体重写了 Seurat 核心流程，把部分步骤从 R 迁移到 C++ 并优化代码，部分场景提速 10 倍以上且输出一致。安装说明见 https://github.com/satijalab/seurat/discussions/10449。
推荐理由：Seurat 5.6 公测版针对大数据集重写核心流程，做单细胞分析的读者可据此判断是否试用。
Owl PostingAI 评分3434 类器官究竟在哪些场景真正发挥了作用？
类器官在化疗反应预测上取得了最明确的成功：2018 年 Science 论文用转移性胃肠癌患者类器官筛选 55 种化疗药物，与 I/II 期临床试验结果对照，灵敏度 100%、特异度 93%、阳性预测值 88%、阴性预测值 100%。但一项前瞻性可行性试验显示，接受类器官指导治疗的患者未获得临床获益，且仅 57% 患者能成功建系、组织到读出约需十周。
Jingyi Jessica Li (李婧翌)AI 评分3232 李婧翌团队发表单细胞转录组统计评论
李婧翌（@jsb_ucla）致谢其博士生 Chenxin (Flora) Jiang 和博士后 Changhu Wang 参与完成一篇发表于 Cell Systems 的评论文章，该文围绕 Sun et al. (2024)、Mukamel & Yu (2025) 及 Sun et al. 回复之间关于单细胞转录组学的争论展开。
公众号：中国科学院分子细胞卓越中心精选AI 评分8484 周斌组在Science揭示心肌缺血后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管
中国科学院分子细胞卓越中心周斌研究组与香港中文大学吕爱兰研究组合作，在Science在线发表研究，发现心肌梗死后新生冠状侧支动脉主要来源于毛细血管内皮细胞，而非原有动脉内皮细胞的重新装配。
推荐理由：研究用新型谱系追踪工具推翻原有动脉重排假说，把侧支动脉来源指向毛细血管，并给出VEGFA到YY1的表观通路。
Silvana Konermann精选AI 评分6060 Arc 研究所启动 2026 虚拟细胞挑战赛，发布 6 种细胞类型 CRISPRi 扰动数据
Arc 研究所启动 2026 虚拟细胞挑战赛，任务是在没有挑战赛专属训练数据的细胞情境中零样本预测扰动响应。Arc 团队为本次比赛专门生成了高质量单细胞 CRISPRi 扰动数据，覆盖 6 种细胞类型，参赛者需预测靶向特定基因后不同细胞类型的响应并达到实验精度。
推荐理由：Arc 研究所为虚拟细胞挑战赛专门生成了 6 种细胞类型的 CRISPRi 单细胞扰动数据，读者可据此了解零样本预测任务的评测设置。
Caleb Lareau精选AI 评分4242 Nature 刊出 mtDNA 谱系追踪系列通信的最终回应
Caleb Lareau 等人在 Nature 发表关于 mtDNA 谱系追踪的最后一组通信，为持续 2 年多的学术对话收尾，并附上 DOI 10.1038/s41586-026-10777-0。作者表示这是系列回应的最后几条想法，共 10 条。
推荐理由：围绕 mtDNA 谱系追踪持续两年多的学术通信收尾，可了解该方向争议的最终表述与作者立场。
Debora Marks精选AI 评分5858 GenBio AI 预览 AIDO Cell 细胞模拟器模型
GenBio AI 预览 AIDO Cell，一个覆盖 DNA、RNA、蛋白质与全细胞行为的模型，目标是让变异的后果可以被向前追踪而不只是被打分。
推荐理由：从进化序列预测结构到追踪变异在细胞中的后果，这条帖给出了新模型要解决的那层缺口。
Bluesky：Megan Dennis (@mydennis.bsky.social)AI 评分6060 田鼠基因组预印本正式发表于 Cell Genomics，单文库 HiFi-CiFi 完成染色体级二倍体组装
田鼠基因组预印本已正式发表于 Cell Genomics 的 T2T 特刊。研究由 Abuelanin 等完成，将 PacBio HiFi 与低覆盖度 CiFi 邻近连接读段合并到单个文库和单次测序运行中，生成连续、接近端粒到端粒且定相准确的二倍体组装。
Bluesky：Andre Rendeiro (@andre-rendeiro.com)AI 评分7272 组织衰老时钟论文在 Nature Medicine 发表，基于 983 名 GTEx 供体的组织学图像
Andre Rendeiro 团队的组织衰老时钟论文在 Nature Medicine 发表，研究从 983 名 GTEx 供体的约 2.5 万张组织学图像中量化生物学年龄，并显示该信号可从血液中读出。
Ben LehnerAI 评分4242 五种人类蛋白激酶变构架构的保守与分化
Ben Lehner 分享其实验室新预印本，研究五种人类蛋白激酶的变构架构在进化中的保守性与分化，由 Carla Folgado 等人完成，涉及 Sanger 研究所等机构。
Bluesky：Elizabeth Wood, PhD (@lizbwood.bsky.social)AI 评分4040 模型消融实验：线性模型在该数据上饱和，需大 Transformer 才能扩展
模型消融实验显示，线性模型在该数据上即使使用基础模型表征也会饱和（虚线），只有大 Transformer（实线）才能实现扩展。相关讨论指出，设计数据生成与训练的结合可产生稳健的缩放定律，数据越多，预测在多个数量级上稳定变好。
Bluesky：Vijay G. Sankaran (@bloodgenes.bsky.social)AI 评分2222 两项预印本揭示遗传性B-ALL易感性的趋同机制
两项互补的预印本揭示遗传性B-ALL易感性的趋同机制，由Lara Wahlster、Alnee Hus和Andrew Lee主导完成，已发布于bioRxiv。
Quaid Morris精选AI 评分7878 Codebook Project 在 Nature 发布 300 多个未表征人类转录因子的 DNA 结合基序
Codebook Project 这项国际合作在 Nature 发布结果，为 300 多个此前未表征的人类转录因子（TF）鉴定了准确的 DNA 结合基序和基因组结合位点。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41586-026-10798-9。
推荐理由：这项国际合作给出了 300 多个此前未表征的人类转录因子的 DNA 结合基序与基因组结合位点，可供做调控基因组分析的读者参考。
Eran SegalAI 评分6060 LeDXA：基于 JEPA 的 DXA 视觉模型可从常规骨密度扫描预测疾病与生物年龄
作者发布预印本 LeDXA，一个基于 JEPA 的视觉模型，通过预测潜表征而非像素来学习，在 11,540 张无标注 Human Phenotype Project 扫描上从零训练，并在 47,400 张 UK Biobank 扫描上测试。
Bluesky：Nicky Whiffin (@nickywhiffin.bsky.social)AI 评分3333 剪接体小核RNA基因临床变异分类指南发布预印本
一份针对剪接体小核 RNA（snRNA）基因临床变异分类的指南以预印本形式发布在 medRxiv。snRNA 正日益被视为罕见病 RNUopathies 的重要致病因素，但这些基因的变异解读仍是主要难题。
Peter LeeAI 评分3737 微软研究：通用AI模型在病理任务上胜过专用模型
微软研究院（MSFTResearch）表示其团队反复发现更通用的 AI 模型在专业任务上表现优于专用模型，并以与 Paige（现属 TempusAI）合作、发表于 Nature Medicine 的数字病理模型 PRISM2 为例。
Jay ShendureAI 评分6767 DNA Typewriter 重建小鼠胚胎从受精卵到 E13.5 的单细胞谱系
Jay Shendure 发帖介绍用 DNA Typewriter 重建的小鼠胚胎单细胞谱系，覆盖单只动物从受精卵到器官发生晚期（E13.5）的发育过程。该谱系树包含 1,340,794 个经转录组分析和注释的末端细胞，以及 1,142,588 个带时间标注的内部节点，根节点为受精卵。