基因组分析揭示肉毒杆菌如何被驯化为肉毒毒素产品
Science 新闻报道，基因组分析显示数十年实验室培养如何把罐装食品致病菌 C. botulinum 驯化成医学与美容行业的工具。报道称这项分析追踪了肉毒杆菌从致命菌到肉毒毒素（Botox）的驯化过程，但材料仅提供摘要，未给出具体研究团队、基因组数据或发表期刊。
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Science NewsAI 评分5858 Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分3030 深度学习抗生素筛选中跨划分 AUPRC 差异的解释局限
在深度学习抗生素筛选中，跨数据划分的 AUPRC 差异无法单独量化结构差异对性能变化的贡献，因为 AUPRC 依赖测试集阳性率，而分子划分会改变训练集与测试集的结构相关性和类别组成。跨划分比较应报告测试集大小、阳性数、阳性率、划分方法和精确率-召回率汇总指标，模型直接比较应尽量使用同一固定独立测试集。关于实际筛选价值的结论还应考虑 top-k 性能、早期富集指标或在预设预算下的前瞻性实验命中率。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分5858 COMPRESS 框架用网格优化构建物理可解释的压缩化学空间
研究提出 COMPRESS（Compression Of Molecular Physical fields into Reduced Spatial Sites）框架，用固定数量的物理参数化空间位点表示小分子，每个位点由三个空间坐标和三个相互作用参数定义。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分4242 CMA-DTI：面向冷启动药物–靶点相互作用预测的跨模态语义对齐框架
CMA-DTI 通过双向跨模态对齐模块建模药物官能团与蛋白结合区域的相互作用，提升冷启动药物–靶点相互作用预测的泛化能力。该框架先用预训练序列模型提取药物与蛋白表征，再以双通道编码器捕捉局部功能模式与全局上下文依赖。在四个基准数据集上，CMA-DTI 在热启动场景保持有竞争力表现，并在靶点冷启动与盲启动场景改善泛化，消融实验与结构可视化支持各模块贡献并提供残基级可解释性。
科学网AI 评分2323 云南发现真菌新科“滇菌科”，唯一成员霸王滇菌重逾两公斤
中国科学院昆明植物研究所团队在云南亚热带与热带森林发现真菌新科滇菌科，唯一成员命名为霸王滇菌，最高可达50厘米、单个体重超过两公斤，是目前子囊菌门记录到的最大子座。
Cell Reports MedicineAI 评分6060 过表达 NKG2D 借助肿瘤 NKG2D 配体共刺激增强 CAR-T 细胞
Li 等人在 Cell Reports Medicine 报告，活化的 CAR-T 细胞会上调 NKG2D 配体（NKG2DL），从而易被 NK 细胞识别。过表达 NKG2D 可屏蔽内源配体，并利用肿瘤 NKG2DL 提供共刺激，在多个模型中增强 CAR-T 细胞的持久性、肿瘤浸润和抗肿瘤效果。
Cell Reports MedicineAI 评分5050 靶向 MMGT1 增强三阴性乳腺癌免疫治疗疗效
Liu 等发现，膜镁转运蛋白 1（MMGT1）高表达通过衰老相关分泌表型诱导 CD8+ T 细胞耗竭，从而促进三阴性乳腺癌免疫逃逸。靶向 MMGT1 是提升抗 PD-1 免疫治疗疗效的潜在策略。
Nature Methods精选AI 评分7575 AmpliconSuite 发布：面向肿瘤基因组局灶性扩增的端到端分析流程
AmpliconSuite 是一个从肿瘤全基因组测序数据分析局灶性扩增的工具包，可识别染色体外 DNA（ecDNA）、断裂-融合-桥（breakage–fusion–bridge）及其他扩增模式，其 ecContext 模块对 ecDNA 结构分类以理解形成机制。
推荐理由：该工具把肿瘤全基因组测序中的局灶性扩增分析整合为端到端流程，并在 72 个模型、175 个基因上做了 FISH 验证。
Genome MedicineAI 评分4040 多疾病相关基因的变异分类难题导致实验室间持续不一致：128 家中国临床遗传实验室能力验证研究
一项覆盖 128 家中国临床遗传实验室的能力验证研究显示，13 个变异中仅 6 个达成总体一致，7 个存在临床意义显著的跨类别分歧。APOB、LZTR1、MYH7 和 EPCAM 等多疾病相关基因的变异常被跨疾病直接套用致病性结论，未充分考虑疾病机制、遗传模式与疾病特异性证据效力，而两个 GJB2 变异分类一致性明显更高。
BMC BioinformaticsAI 评分4747 GenPerturb：用预训练基因组模型从序列出发解读扰动转录组
GenPerturb 通过拟合预训练序列嵌入的条件特异性线性读出，将 Perturb-seq 的 pseudobulk 表达与顺式调控元件和转录因子基序关联起来，无需目标实验配套染色质数据。
Genome BiologyAI 评分4242 GenoCLAMP：从基因组尺度数据中整合序列基序
GenoCLAMP 是一种整合基序聚类与比对的算法，可将冗余的转录因子结合基序合并为高质量矩阵表示。该工具能可靠还原结合共同基序的已知转录因子复合物，并发现此前未表征基序的证据，为大规模转录因子–DNA 结合数据的计算分析与生物学解读提供高效框架。
BMC BioinformaticsAI 评分3838 DHF-DTI：面向药物–靶点相互作用预测的双模态混合融合框架
DHF-DTI 是一个整合药物与蛋白序列信息和图结构的双模态神经网络模型，用于药物–靶点相互作用（DTI）预测。其 CABFusion 模块通过交叉注意力与双线性融合实现模态间细粒度特征融合，并引入监督对比学习优化特征空间分布。在域内、跨域和冷启动场景实验中，该模型在预测性能与泛化能力上显著优于现有方法。
BMC BioinformaticsAI 评分3131 连续免疫组成在小儿白血病纵向模型中保留超越粗粒度生态背景标签的信息
研究用贝叶斯框架在连续时间 Ornstein–Uhlenbeck 模型中检验协调后的单细胞免疫组成是否比粗粒度生态背景标签携带更多纵向信息。重新处理两个 ScPCA 白血病项目后，104 名可评估参与者中 k=2 聚类可复现；在 99 名 B-ALL 参与者中分出 73 例 TNK 主导与 26 例 B/髓系偏移，但原始组成与中心对数比赋值一致性差。
Nature MethodsAI 评分2626 跨学科洞见驱动的荧光蛋白与生物传感器新进展
Nature Methods 发表综述，梳理荧光蛋白工程与荧光生物传感器设计的最新进展，重点讨论提升光稳定性与延长波长的思路，并以 mScarlet 为案例。文章还总结筛选、定量成像、空间分辨率与多重检测方面的改进，并展望下一代荧光蛋白与生物传感器的发展方向。
TechCrunch：生物科技与健康AI 评分2020 Intero Biosystems 赢得 TechCrunch Disrupt 2026 Startup Battlefield 冠军
Intero Biosystems 在 TechCrunch Disrupt 2026 的 Startup Battlefield 中夺冠，获得 10 万美元奖金。这家从密歇根大学分拆出的丹佛初创公司开发 1mm 人肠道类器官，并向药企、生物技术、食品和化工公司销售旗舰产品 GastroScreen 用于药物及化合物测试。澳大利亚的 Apate 获得亚军。
Institute for Protein Design精选AI 评分7878 IPD 团队在 Nature 发表从头设计蛋白酶研究
美国华盛顿大学蛋白设计研究所（IPD）的 Anqi Chen、Kejia Wu 和 Hojae Choi 从头设计了蛋白酶，这些被称为“分子剪刀”的酶能高精度切割用户指定的目标序列，相关成果本周发表于 Nature。
推荐理由：IPD 团队在 Nature 报告从头设计蛋白酶，可按用户指定序列切割，为蛋白设计提供新的功能实现路径。
Bluesky：Evelina Tutucci (@anilevetu.bsky.social)AI 评分4242 Nature Structural & Molecular Biology：可变剪接微调模块化蛋白界面以调控蛋白定位
可变剪接通过微调模块化蛋白界面来调控蛋白定位，相关成果发表于 Nature Structural & Molecular Biology。该研究将可变剪接与蛋白定位控制联系起来，具体机制与数据细节原文未展开。
Kresten Lindorff-LarsenAI 评分2020 p21 内在无序蛋白经典论文发表30年
Kresten Lindorff-Larsen 提到 Richard Kriwacki、Peter Wright 等人关于 p21 在游离态与 Cdk2 结合态下结构研究的 IDP 论文发表于30年前的今天，该研究显示构象无序介导结合多样性。
Medical XpressAI 评分5858 EpiPred 模型可识别 STXBP1 相关癫痫致病错义变异
美国西北大学医学院等机构开发出基因特异性机器学习模型 EpiPred，用于预测 STXBP1 错义变异是否致病，相关研究发表于 Journal of Clinical Investigation。
ScienceAI 评分2828 植物如何解码免疫原性聚糖
植物通过针对特定糖类的不同识别系统，确保触发适当的免疫应答或维持性反应。
Arc InstituteAI 评分4242 Arc Institute 2026 Virtual Cell Challenge 参赛者群像：5000 余名注册者、1500 支队伍
Arc Institute 的 2026 Virtual Cell Challenge 已有超过 5000 名注册者和 1500 支队伍进入排行榜，参赛者涵盖功能基因组学研究者、18 岁间隔年开发者与即将毕业的计算基因组学学生。
Google DeepMind Blog精选AI 评分5858 Google Antigravity 推出智能体科研工作台，用于加速抗菌肽发现
Google DeepMind 发布 Google Antigravity 智能体科研工作台，把跨数据库检索、结构评估和候选优先级排序压缩到单次会话中。文中演示了研究者与智能体协作，在 Streptococcus pseudopneumoniae 中找到一个预测对呼吸道感染相关病原体有活性的新型抗菌肽候选，该候选目前正在进行湿实验验证。
推荐理由：Google Antigravity 把跨库检索、结构查看与功能预测放进同一会话，展示了抗菌肽候选的发现流程。
Sam FinlaysonAI 评分6262 JAMA 论文分析 OpenEvidence 上 2.71 亿条临床医生查询
JAMA 发表的一项研究分析了 950K+ 名临床医生在 OpenEvidence 上 2.5 年间的 2.71 亿条查询，月活跃用户从 355 增至 700K+，9/10 的用户会持续回访。
Decoding Bio精选AI 评分6262 BioByte 175：细胞谱系示踪与RNA修饰重编程等论文精选
Decoding Bio 的 BioByte 周刊本期重点介绍两项研究：Colgan 等用 PEtracer 系统在小鼠胚胎中记录细胞分裂标记，对 16 个胚胎、179 万个细胞做单细胞 RNA-seq，为 145 万个带标记细胞重建谱系并解析约四分之三的分支点，发现命运偏向在着床前后出现、内胚层谱系受限早于外胚层和中胚层。
推荐理由：两篇论文分别用谱系示踪重建小鼠胚胎细胞命运和用RNA修饰替代OCT4重编程，适合快速了解本周发育与重编程方向。
Arne Elofsson @arneelof.bsky.socialAI 评分2222 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276526006192
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276526006192
Bluesky：Victor Javier (@vjsanchez.bsky.social)AI 评分5858 NeoBridge 在 Cell Genomics 发表，用机器学习为新抗原优先级排序
NeoBridge 是一个结合生物物理信息的机器学习集成工具，用于按触发免疫应答的可能性为新抗原排序，作者称其可用于胰腺癌（PDAC）这类优质靶点稀缺的场景。论文还报告克隆架构携带预后信息，其中亚克隆新抗原负荷而非克隆负荷与预后相关，代码已开放。该工作由 Lana Mediavilla 等人在 Cell Genomics 发表。
Recursion精选AI 评分7272 Recursion 公布 REC-4881 与 REC-1245 临床数据、赛诺菲合作里程碑及 2 亿美元超额认购融资
Recursion 公布两条潜在首创（first-in-class）管线的临床数据、赛诺菲合作的首个开发候选物里程碑，以及 2 亿美元超额认购的后续发行。
推荐理由：Recursion 一次披露两条临床管线数据、赛诺菲合作里程碑和 2 亿美元融资，可看其 AI 药物发现平台的落地进展。
NCBI Insights精选AI 评分8080 NCBI 推出 RNA-Seq Gene Feature Counts 数据资源
NCBI 发布面向全部公开人类和小鼠 SRA 数据的 RNA-Seq Gene Feature Counts，通过 AWS Registry of Open Data 免费开放。
推荐理由：公共 SRA 的人和小鼠 RNA-Seq 数据有了统一流程算出的基因特征计数，做大规模表达分析前可先据此筛选。
PLOS Computational BiologyAI 评分5555 CtDToolkit 发布：为神经活动动力学模型提供合成数据集与质量指标
作者团队发布 Computation-through-Dynamics Toolkit（CtDToolkit），为神经动力学模型提供三类资源：反映生物神经回路计算特性的合成数据集、量化模型性能的可解释指标，以及支持有或无已知外部输入时训练与评估模型的标准化流程。
PLOS Computational BiologyAI 评分3838 利用空间结构在社区尺度设计空间靶向疟疾干预
研究构建马达加斯加东南部某区的双年龄组空间显式疟疾模型，拟合实地病例报告与患病率数据，模拟IRS、LLIN补充覆盖和ACD三种干预在五种空间靶向情景下的效果。非靶向干预总体最有效但资源效率最低，基于空间中心性的靶向策略覆盖人口更多、运输资源更少。任何干预组合均未能消除该区疟疾，但高检测率下ACD可避免100%的重症疟疾病例。
PLOS Computational BiologyAI 评分3030 从提示词到基因组：面向生命与病毒的 AI 序列设计约束优先框架
一个面向 Bacteria、Archaea、Eukaryota 与病毒的“prompt-to-genome”AI 设计框架被提出，主张序列生成不等于生物学可行，约束应界定功能、遗传、生命周期一致性与安全使用的可检验边界。
PLOS GeneticsAI 评分4040 组织-血浆配对全基因组DNA甲基化分析鉴定胃癌诊断cfDNA新标志物
对29对胃癌及癌旁组织和61例胃癌患者、29例健康对照的血浆cfDNA进行WGBS，鉴定出32个在组织与血浆中一致变化的稳定DMR，并筛选出8个核心诊断标志物。
Bluesky：Dr. Ahna Skop (@ahnaskop.bsky.social)AI 评分4242 Waldo：对同一细胞进行活细胞成像与单细胞测序的基因条码方法
一种名为 Waldo 的基因条码方法可对显微镜下观察到的同一批细胞先做活细胞成像、再做单细胞测序。相关预印本已发布在 bioRxiv，作者称其目标是让研究者能测序显微实验中关注的那一个细胞。
EMA News精选AI 评分8282 EMA 建议批准 Rasonque（daraxonrasib）用于转移性胰腺癌
EMA 人用药品委员会（CHMP）建议在欧盟批准 Rasonque（daraxonrasib）上市，用于既往至少接受过一次治疗的成人转移性胰腺腺癌。该药为口服 RAS 抑制剂，通过结合 cyclophilin A 形成复合物附着于 RAS 蛋白并阻断其活性。
推荐理由：CHMP 对 daraxonrasib 的阶段性审评把评估压缩到 150 天内，为 RAS 抑制剂在胰腺癌的监管路径提供了参照。
eLifeAI 评分2222 花瓣身份基因 PhDEF 在表皮层具有主要结合与调控作用
结合单细胞 RNA-Seq 与 ChIP，对矮牵牛 phdef 细胞层特异性突变体的分析显示，花瓣身份基因 PhDEF 在表皮与叶肉中调控不同靶基因，且在表皮中结合更显著、调控作用更强。研究发现 PhDEF 靶基因的结合谱高度多样，包含层特异性与非特异性结合位点的复杂组合，表明细胞层身份会影响同源异型基因的调控过程。
Bioinformatics AdvancesAI 评分5252 Cis-TERN：整合scRNA-seq与scATAC-seq推断细胞拟时序的图方法
Cis-TERN 是一种基于图的拟时序推断方法，整合 scRNA-seq 与 scATAC-seq 数据，在两类细胞间构建有向二部图，边权由近端或远端染色质可及性决定，再通过网络扩散为所有细胞赋予连续拟时序分数。
ScienceDailyAI 评分5858 研究解析 TKP 免疫受体识别稻瘟病菌效应子的结构基础并实现双特异性改造
英国 John Innes Centre 与日本神户大学团队在 Science Advances 发表研究，用生物物理方法和晶体学解析了禾本科作物 tandem kinase proteins（TKPs）中 Heavy Metal Associated（HMA）结构域与稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）效应子的结合方式。
insitro精选AI 评分7272 insitro 与阿斯利康达成 AI 药物发现合作，首付 4000 万美元
insitro 宣布与阿斯利康达成战略合作，用 AI 发现 MASH 和心肌病的新疗法，将获得 4000 万美元首付款，并有资格获得最高约 14.6 亿美元的发现、开发和商业化里程碑付款及分级特许权使用费。
推荐理由：交易结构把首付款、里程碑与分工写得很清楚，可据此观察 AI 药物发现合作如何切分发现与临床阶段。
科学网AI 评分2222 中科院昆明植物研究所在云南发现新科物种霸王滇菌，半米高、2公斤重
中国科学院昆明植物研究所科学家在云南森林发现巨型野生菌霸王滇菌，并据此建立全新科——滇菌科，目前仅此一个成员。霸王滇菌属子囊菌门炭角菌目，是迄今已知体型最大的子囊菌之一，高约半米、重2公斤，其祖先约在6500万年前与常见炭角菌分家。研究推测它走“内生—腐生转换”路线，先潜伏健康树体，待树木死亡后优先分解木材，这或许是其长成巨无霸的原因之一；能否食用尚待食药用、发酵与栽培研究。
公众号：国家自然科学基金委员会AI 评分3030 国家自然科学基金委员会发布“脑科学与类脑研究”国家科技重大专项2027年度第一批项目申报指南
国家自然科学基金委员会作为主责单位，发布“脑科学与类脑研究”国家科技重大专项2027年度第一批项目申报指南，指南已通过国家科技管理信息系统公开。通告文号为国科金计函〔2026〕131号，由该委计划局于2026年10月15日发布。