DiMeLo-seq 论文在 Nature Methods 发表,用长读长测序定位单条染色质纤维上的蛋白-DNA 结合位点
作者宣布描述 DiMeLo-seq 的论文已在 Nature Methods 发表。该方法利用长读长测序,在单条染色质纤维上定位特定蛋白-DNA 相互作用位点,作者称其在表观基因组学中有多种应用。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41592-022-01475-6。
作者宣布描述 DiMeLo-seq 的论文已在 Nature Methods 发表。该方法利用长读长测序,在单条染色质纤维上定位特定蛋白-DNA 相互作用位点,作者称其在表观基因组学中有多种应用。论文链接为 https://www.nature.com/articles/s41592-022-01475-6。
Nicolas Altemose 等在 Science 发表 T2T 人类基因组研究的最终版论文,聚焦新加入序列中占比最大的部分,即各染色体着丝粒及其周边区域。论文链接为 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4178。
Trevor Bedford 指出,Omicron 可分为 PANGO 谱系 BA.1 和 BA.2(对应 Nextstrain 分支 21K 和 21L),全球测序样本中 21K 约 63 万、21L 约 1.8 万,但 21L 占比正在上升。
UCSF 的 Kyle 等人通过测试近 2400 个合成免疫受体蛋白,揭示了可用于改进 CAR-T 细胞癌症治疗的新基本规律。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv,题为用组合信号基序文库与机器学习探索嵌合抗原受体表型输出的规律。
Nicolas Altemose 推荐了一个详细讲解 DiMeLo-seq 的推文串,该推文串基于 Annie Maslan 在 nanoporeconf 会议上关于用 DiMeLo-seq 在全基因组范围绘制蛋白-DNA 相互作用的报告。
Jop Kind 团队提出一种新方法,把 DamID 扩展到在体内定位 DNA 与翻译后修饰蛋白之间的相互作用,并与 RNA-seq 联合使用,甚至可用于单细胞。该工作以预印本形式发布在 bioRxiv,链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.465688v1。
Nicolas Altemose 推荐了一篇关于 T2T 联盟工作及其对临床遗传学意义的总结文章,并感谢 Kent Vents 等人的贡献。
Nicolas Altemose 表示其团队 T2T 工作获《纽约时报》报道,并引用自己关于 Human Satellites 1-3 尚不清楚功能的说法。
端粒到端粒(T2T)联盟的着丝粒周边卫星序列团队发布了对人类基因组中 6.2% 序列的详细分析,这部分序列此前约 20 年几乎完全缺失于参考序列。相关预印本已发布在 bioRxiv,链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.12.452052v1。
推荐理由:T2T 联盟对长期缺失的着丝粒周边卫星序列做了系统分析,可了解人类参考基因组补全的具体进展。
Jared Simpson 表示 Nanopolish 现已支持 BonfieldJames 提出的 SAM/BAM 碱基修饰标签,可直接在基因组浏览器中查看 5-mC 等修饰,但所含信息与默认 TSV 略有不同。
Nanopolish v0.12 支持在测序仪运行过程中实时进行甲基化检测。作者 Jared Simpson 表示这次更新值得重新启用旧博客来介绍,并给出了博客文章地址。
Jared Simpson 分享并推荐了 Jordi Silvestre-Ryan 与 Ian Holmes 在 bioRxiv 上的一篇新预印本,主题是纳米孔双读段的解码。
Jared Simpson 写了一个小工具 bri,可按 read 名查询 BAM 文件,他认为可能对部分长读长工作有用,并欢迎反馈和 bug 报告。
Jared Simpson 推送了 nanopolish 的预发布版本,该版本支持 R10 数据,并包含 CpG 甲基化检测功能,代码位于 GitHub 的 r10 分支。作者同时感谢上周提供 R10 数据的用户。
Ed Boyden 介绍膨胀显微术(Expansion microscopy)可用于观察热休克蛋白、病原体 Chlamydia trachomatis 及果蝇幼虫,并附上三项相关研究的链接。
Ed Boyden 祝贺团队发明的细胞与组织中核酸可视化的扩增显微技术专利(美国专利 10364457)获批。
Ed Boyden 表示,编码体细胞靶向荧光电压指示器 SomArchon 的质粒已开始在 Addgene 上提供分发,后续还会有更多。
Ed Boyden 祝贺 Kate Adamala 和 Daniel Martin-Alarcon 的专利“基于 Pumilio 结构域的模块化 RNA 结合蛋白架构”获批,美国专利号为 10330674。
Ed Boyden 介绍,膨胀显微镜(Expansion microscopy)可帮助观察卵子形成过程中染色体分离所依赖的、行为类似液体的特殊结构,该工作来自 Max Planck 生物物理化学研究所 Schuh 实验室,发表于 Science。
Ed Boyden 对 Gregor Mendel 研究所 Nodine 实验室在 bioRxiv 发布的植物组织膨胀显微术(expansion microscopy)预印本表示关注。