10x Genomics 推出 Atera 与桌面版 Explorer
10x Genomics 宣布 Atera 已上线，并随新数据集持续更新；同时推荐使用新的桌面版 10x Genomics Explorer 软件，查看 FFPE 人类肾脏样本在空间全转录组分析中的结果。
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10x GenomicsAI 评分2222 Bluesky：Will Ratcliff (@wcratcliff.bsky.social)AI 评分2222 酵母在黏稠环境中如何分裂？新论文探究细胞周期在面团、黏液与组织中的表现
一项新论文研究酵母被包裹在黏稠基质中时如何完成细胞分裂，指出以往对细胞周期的认识多来自液体或平板培养，而自然界中酵母实际生活在面团、黏液、土壤和组织里。作者称很喜欢这项工作。
allen instituteAI 评分5858 Gladstone 研究所与 Allen Institute 研究发现阿尔茨海默病中记忆脑节律减弱，增强 Nav1.1 可恢复节律并改善记忆
Gladstone 研究所与 Allen Institute 的一项新研究显示，记忆背后的脑节律在阿尔茨海默病中减弱，细胞以波的形式放电、像传递接力棒一样，而在阿尔茨海默病中这种传递出现中断。增强 Nav1.1 可恢复这一节律并改善记忆。该结果来自 @AllenInstitute 发布的推文，未给出研究规模、模型体系或发表状态。
Medical XpressAI 评分6060 近千例前列腺肿瘤全基因组分析揭示侵袭性相关基因组亚型
研究团队用计算方法分析近 1000 例前列腺肿瘤的全基因组测序数据，构建了可能驱动前列腺癌的遗传改变目录，发现 97% 的肿瘤至少携带一个已知或潜在驱动改变。研究识别出四种与不同临床结局相关的基因组亚型，其中两种与显著更高的转移风险相关，并在近四分之一肿瘤中找到现有癌症药物的潜在靶点。
GENAI 评分4242 Danaher 与 Nvidia 联手，将实验室仪器与 AI 结合推进自主科学
Danaher 与 Nvidia 宣布合作，把 Danaher 的科学仪器、自动化技术、实验室工作流软件与 Nvidia 的加速计算和 AI 技术结合，推动自主科学。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分5252 面向真菌过氧化物酶发现与酶–底物预测的计算–实验整合流程
研究提出一套计算–实验整合流程，用于在数据稀缺条件下优先筛选、表征并建模真菌非特异性过氧化物酶（UPO）。从 3000 多条候选序列中筛出 59 个推定 UPO，在大肠杆菌中分两批表达并用比色底物检测，得到 27 个表达与活性一致的 UPO；随后用 15 个新 UPO 和 4 个参考酶对 27 种底物做活性筛选，构建酶–底物活性数据集。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分4747 激酶抑制剂结合后可改变质子化或互变异构状态
利用多构象连续静电（MCCE）方法，计算了9个激酶结构域与18种FDA批准抑制剂在37个共晶结构中的质子化与互变异构分布，全流程重复三次并给出运行间不确定度。结果显示蛋白净电荷与质子分布基本稳定，而抑制剂电荷在结合后频繁增减；结合使低能态（ΔG < 2.8 kcal/mol）相对概率发生移动，但不提高高能态概率。
Google Research Blog精选AI 评分7878 Google 研究团队提出让 AI agent 落地自主湿实验室的三项基础工作
Google 研究团队在博客中介绍三项工作，目标是打通 AI 计算探索与真实湿实验之间的循环。VERID 框架基于开源 PyLabRobot，为实验室工作单元建立可实时更新的 3D 语义数字孪生，支持 3D 状态追踪、秒级虚拟试运行、硬件安全检查与视频和动作日志同步，并在案例中让 agent 从读板机故障中恢复、把染料混合物重建准确率提升五倍以上。
推荐理由：Google 研究团队把实验室自动化、aptamer 闭环筛选和蛋白结合子设计串成一条路线，可看 AI agent 进入湿实验的整体思路。
Bluesky：Ben Engel (@cellarchlab.com)AI 评分4040 #TeamTomo：Shawn Zheng 与 AreTomoLive 将冷冻电镜断层扫描重建从数月缩短到数天
Shawn Zheng 主导 Biohub 简化冷冻电子断层扫描（cryoET）的工作，可在近原子分辨率下对细胞进行三维成像。其团队开发的 AreTomoLive 能实时自动完成 cryoET 重建与去噪，将处理时间从数月缩短到数天。
Science AdvancesAI 评分5858 TAK-243 的 CRISPR 筛选揭示 HAPSTR1/HUWE1 轴调控染色质蛋白稳态与细胞周期
研究在泛素 E1 抑制剂 TAK-243 存在下开展全基因组 CRISPR 敲除筛选，鉴定出 239 个基因，敲除这些基因会使细胞对泛素化阻断更敏感。后续分析显示，核蛋白 HAPSTR1 将 E3 连接酶 HUWE1 招募到染色质，维持染色质相关蛋白组的稳定，而 HAPSTR1 自身在细胞周期进程中被 HUWE1 降解。
Science AdvancesAI 评分6060 肌肉干细胞分泌 Fibrillin-1 基质维持静息状态，缺失可致马凡综合征相关肌病
Science Advances 发表研究，发现基质糖蛋白 Fibrillin-1（FBN1）是 Notch 调控的肌肉干细胞自主效应因子，对维持干细胞静息状态必不可少。
Science AdvancesAI 评分5555 SIK2 通过驱动巨噬细胞促炎并损害胞葬作用阻碍梗死后心脏修复
研究发现，巨噬细胞中的 SIK2 通过促进 TRAF2 磷酸化与 K63 多泛素化，经 P38 和 NF-κB 通路加重炎症并损害胞葬作用，从而阻碍心肌梗死后的心脏修复。巨噬细胞特异性敲除 SIK2 可缩小梗死面积、改善愈合，而特异性过表达则加重心脏改变，P38 抑制可减轻这一效应。在小鼠中药物失活 SIK2 能显著增强梗死后心脏修复，提示其作为治疗靶点的潜力。
Science AdvancesAI 评分4747 CellDiffusion：通过精准推断细胞间关联增强 scRNA-seq 数据整合
CellDiffusion 是一个无监督图模型，通过扩散过程传播细胞特征、学习细胞间注意力网络，在整合 scRNA-seq 数据时自适应识别跨批次对应细胞群并进行细胞特异性校正。该模型在包括人子宫内膜在内的多个数据集上验证，生成的细胞嵌入在跨批次对齐细胞的同时保留固有细胞类型与发育轨迹，并提升了标签转移、聚类和轨迹推断等分析。
MedCity NewsAI 评分5858 City Therapeutics 扩大 IPO 募资 2 亿美元，推进肝外 RNAi 药物
City Therapeutics 扩大 IPO 规模，以每股 18 美元发行逾 1110 万股，募资 2 亿美元，用于推进肝外 RNAi 药物的临床开发。公司首发候选药 CITY-FXI 靶向 FXI，I 期初步数据显示，单次注射在最低剂量下使 FXI 降低 60%，在最高剂量下降低 85%，总体耐受良好；公司计划在 2027 年中启动全膝关节置换患者的 II 期试验。
GENAI 评分5858 常见内分泌干扰物暴露或改变正常乳腺发育
Tufts大学医学院与Boston University团队在PNAS发表研究，用13名健康年轻女性捐赠组织培养的三维乳腺类器官，发现BPA、BPS、BPF在低浓度混合暴露时会扰乱类器官发育，诱导细胞外基质重塑、上皮可塑性和部分上皮-间质转化相关转录程序，并伴随广泛的DNA甲基化重塑。
Phys.org精选AI 评分8888 AI 从头设计可识别并切割指定蛋白靶点的蛋白酶
David Baker 团队组合 RFdiffusion2 的 RFD2-MI、ProteinMPNN、EnhancedMPNN 和 AlphaFold 3 从头设计半胱氨酸蛋白酶与锌蛋白酶，两项结果分别发表于 Nature。
推荐理由：两篇 Nature 论文用 RFdiffusion2、ProteinMPNN 与 AlphaFold 3 组合从头设计蛋白酶，并给出实验验证的成功率与提速幅度。
Antonio RegaladoAI 评分5858 古 DNA 与现代 DNA 提示夏威夷人群源自复活节岛
古 DNA 与现代 DNA 证据提示夏威夷人群来自复活节岛，作者称这段跨赤道的独木舟航程约 7,000 公里。帖子附有斯坦福大学关于这项夏威夷遗传学研究的新闻链接。
Bluesky：Angel Goñi-Moreno (@angelgm.eurosky.social)AI 评分2020 NEWTON Biotwins 获 CaixaResearch 资助，推进细胞分析数字孪生
NEWTON Biotwins 项目获得 CaixaResearch 健康研究与健康创新资助，用于推进数字孪生在细胞分析中的应用。该项目由 Angel Goñi-Moreno 与 Miro Bueno 共同创立，是西班牙国家研究委员会（CSIC）获资助的四个项目之一，其余项目涉及新生儿筛查、糖尿病和神经退行性疾病。
BioPharma Dive精选AI 评分5858 Iambic 首席执行官谈 AI 制药公司上市：募资 1.5 亿美元，股价较发行价上涨逾 50%
Iambic Therapeutics 通过 IPO 募资 1.5 亿美元，股价在周五中段约为 24.50 美元，较周三上涨逾 50%。
推荐理由：Iambic 上市募资 1.5 亿美元，CEO 在访谈中回应 AI 制药公司上市后表现不佳的质疑，并说明其以临床数据为衡量标准的策略。
Bluesky：Hutlab (@hutlab.bsky.social)AI 评分3333 用管家基因 cpn60 作为微生物群落谱分析与活性评估标志物的新论文
一篇新论文提出用管家基因 cpn60 作为标志物，用于微生物群落谱分析与活性评估。研究针对高通量测序难以区分复杂群落中活菌与非活菌的问题，论文发表于 Microbiome。
eLife精选AI 评分7878 无病毒谱系追踪与活体成像显示 NeuroD1 不能将微胶质细胞重编程为神经元
eLife 发表的研究用小鼠无病毒遗传谱系追踪系统在微胶质细胞中特异表达 NeuroD1，并在多个时间点追踪其命运，结果显示表达 NeuroD1 的细胞在生理和损伤条件下都保持微胶质细胞身份、不能转为神经元。
推荐理由：用无病毒谱系追踪、双光子活体成像和单细胞转录组三重证据，检验 NeuroD1 能否把微胶质细胞转成神经元。
Medical XpressAI 评分4242 悉尼科技大学团队开发 AI 工具，用 transformer 模型提升缺血性卒中遗传风险预测
悉尼科技大学（UTS）团队开发了一款基于 transformer 的 AI 模型，通过分析 DNA 中遗传变异的位置与相互作用来预测缺血性卒中风险，在 UK Biobank 和美国 All-of-us 数据库上比既往遗传风险工具更准确。
PLOS Computational BiologyAI 评分6262 CLIMB 与 CLIFF 框架通过单细胞到 bulk 转录组映射计算解卷积药物敏感性
作者提出 CLIMB 和 CLIFF 两步机器学习框架，将 bulk RNA-seq 解卷积为细胞类型组成与表达，再把 bulk 药物敏感性测量解析为细胞亚型和单细胞特异的图谱。
PLOS Computational BiologyAI 评分2626 弱扩散与景观面积如何必然促进异质集合群落中竞争物种的局域生物多样性
研究用空间 Lotka–Volterra 竞争模型的解析近似证明，局域物种存续取决于各斑块总密度与局域排斥率的平衡，局域多物种共存由可行性域（feasibility domain）决定。
PLOS GeneticsAI 评分3838 NLGN3 自闭症变异在果蝇突触与睡眠行为中表现出不同功能影响
研究在果蝇中构建了三个 NLGN3 自闭症相关变异（p.R175W、p.R451C、p.R597W）的转基因模型，发现它们对突触与睡眠的影响各不相同。p.R175W 和母源遗传的 p.R451C 主要改变突触形态而对囊泡动态影响很小，p.R597W 则主要改变睡眠与囊泡动态而突触形态影响轻微。
PLOS GeneticsAI 评分2828 重新审视合成ORF序列对工程化LINE-1逆转座的影响
合成小鼠L1（smL1）逆转座效率高于亲本L1spa，并非源于合成ORF序列，而是ORF1p两个非同义替换与3'UTR缺失保守的鸟苷富集区（GRR）共同作用的结果。GRR以位置依赖方式影响天然小鼠L1逆转座，且不涉及mRNA提前多聚腺苷化或插入结构改变，而是通过调节ORF1p丰度实现。smL1对GRR的抑制作用不敏感，可能与其合成ORF序列带来的高效蛋白表达有关。
PLOS Computational BiologyAI 评分2828 开发报告评估工具的十条简单规则
针对报告指南虽有助于作者写作却不适合同行评审与编辑评估的问题，Kyle Morrison 与 Malgorzata Lagisz 提出开发"报告评估工具"——专门用于核查论文是否报告了研究最低必要要素的可操作工具，并给出十条简单规则指导其开发。
Medical XpressAI 评分5858 DNA测序揭示罕见癌症如何在出生前于双胞胎间传播
一对同卵双胞胎姐妹均患由 MN1::ZNF341 基因融合驱动的未分化肉瘤，全基因组测序显示两人所有肿瘤样本都带有双胞胎 A 的遗传标记，提示肿瘤起源于双胞胎 A 的面部并跨胎盘传给双胞胎 B。
BioPharma DiveAI 评分4848 Moderna 2026 年股价暴涨逾 600%：intismeran 黑色素瘤疫苗 III 期成功后走势解析
Moderna 股价 2026 年累计上涨超过 600%，远超 XBI 的 23% 涨幅，此前其股价去年一度跌至约每股 22 美元。与 Merck 合作开发的黑色素瘤疫苗 intismeran autogene 在 8 月取得 III 期成功后，被分析师称为“里程碑时刻”，推动股价急升。Roche 自 8 月底起与中国药企达成 5 笔合作，合计价值超 50 亿美元。
Bluesky：Rosetta Commons (@rosettacommons.bsky.social)AI 评分2222 Rosetta Commons Toolkit 网络研讨会回放：RFOptimization（RFO）序列优化工具上线 YouTube
Rosetta Commons Toolkit 关于 RFOptimization（RFO）的网络研讨会回放已发布在 YouTube。IPD 的 Tuscan R. Thompson 在研讨会中介绍了 RFO 这一通过序列优化改进现有蛋白质设计的工具。
eLifeAI 评分3838 RiboTRAP-seq 揭示秀丽隐杆线虫前肠与后肠在免疫和代谢调控中的空间特异性功能
研究用 RiboTRAP-seq 分别构建秀丽隐杆线虫前部 INT1 细胞与其余 INT2-9 肠细胞的翻译组，发现 INT1 是翻译上独特的肠亚区，富集免疫与应激反应基因。INT1 特异性基因的功能实验显示其在病原回避和个体存活中起作用，且 INT1 通过感知肠腔丙酮酸调控肠道胰岛素拮抗剂 INS-7 的分泌。
Pushmeet Kohli精选AI 评分6060 Google DeepMind 将 Antigravity 编码智能体扩展至科研流程，并推出科研积分计划
Google DeepMind 将编码智能体 Antigravity 与 Gemini 模型及 AlphaFold、AlphaGenome 等科学专用模型、Biomolecular Structure Viewer 等新界面整合，用于加速端到端科研流程。
推荐理由：Google DeepMind 把 Gemini 编码智能体与 AlphaFold 等科学模型整合成科研工作流，并给出抗菌肽发现的实例，可了解 AI 智能体在科研流程中的落地方式。
ScienceDailyAI 评分3838 德国康斯坦茨大学团队发现可降解聚酯与青霉素的“吃塑料”Pac-Man 酶
德国康斯坦茨大学团队在森林土壤中埋置长链脂肪族聚酯（LCAP）生物塑料薄膜，发现其在约250至330天内被完全降解，而HDPE几乎不降解。研究通过宏基因组与电镜分析发现一种活性位点开口异常宽大的“Pac-Man”酶，可降解特定聚酯和可生物降解塑料，也能分解青霉素，提示其可能与抗生素耐药性相关。成果发表于 The ISME Journal。
eLifeAI 评分2828 酿酒酵母染色体末端减数分裂轴蛋白沉积与DNA双链断裂诱导的可分离下调机制
酿酒酵母染色体末端20 kb内重组促进轴蛋白富集偏低与DNA双链断裂（DSB）下调，由多种常具染色体特异性的抑制机制共同造成。轴蛋白抑制依赖组蛋白甲基转移酶Dot1和Sir沉默复合体，Dot1至少部分不依赖其经典靶点H3K79抑制Sir活性；Sir复合体则通过限制启动子开放度抑制少数隐蔽热点的DSB诱导。dot1和sir3突变体中末端DSB减少仍大部分存在，提示还有其他调控层参与。
Journal of Chemical Information and ModelingAI 评分2929 Ga3+ 替换 Fe3+ 的“特洛伊木马”抗菌策略：细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 中替换过程的建模
研究用分子动力学模拟、炼金术自由能计算与 QM/MM 方法，在原子层面刻画了细菌过氧化氢酶-过氧化物酶 KatG 活性位点中 Ga3+ 替换 Fe3+ 的过程。模拟显示 heme B 辅因子的轴向配位环境在金属替换后基本保持，远端配体在组氨酸与配位水分子之间动态切换。自由能计算表明该替换在热力学上有利，为铁模拟抗菌剂的理性设计提供了机制依据。
EMA NewsAI 评分5858 EMA 的 CHMP 10 月会议推荐 6 款新药获批，含胰腺癌新药 Rasonque 与口服 GLP-1 药物 Foundayo
EMA 人用药品委员会（CHMP）在 2026 年 10 月会议上推荐 6 款新药获批，包括用于既往接受过治疗的转移性胰腺癌成人患者的 Rasonque（daraxonrasib）。
科学网AI 评分6565 徐宁龙团队在《科学》发表研究：树突计算是认知灵活性的细胞层面信息处理基础
中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心徐宁龙团队发现，小鼠听觉皮层第5层神经元的顶端树突编码推断出的抽象规则，胞体更多表征感觉信息，二者在单个神经元内非线性整合产生决策输出。研究构建规则切换的听觉灵活分类任务训练小鼠，用亚细胞分辨率双光子成像同步记录树突与胞体活动，并通过光遗传学抑制树突活动显著减弱胞体选择信号。相关成果10月16日发表于《科学》。
科学网AI 评分5858 中国科学院脑智卓越中心揭示小鼠神经元参与灵活决策的计算机制
中国科学院脑智卓越中心团队通过小鼠听觉抉择实验，揭示单个神经元参与灵活决策的计算机制：顶端树突承载推断出的抽象规则，胞体接收感官信号，两者在同一细胞内完成比对运算。研究用双光子显微镜观察小鼠听觉皮层神经元，并在小鼠掌握规则后更换规则以观察其适应过程。报道称该成果可能启发下一代人工智能底层算法，但未给出论文发表信息与数据开放情况。
MIT Technology Review：生物科技精选AI 评分7171 PRIMA 视网膜植入系统可恢复地图样萎缩患者视力，已在欧洲获批
Science Corporation 开发的 PRIMA 系统将视网膜植入体与带摄像头的眼镜结合，帮助晚期年龄相关性黄斑变性（AMD）中的地图样萎缩患者恢复中心视力，该系统已于 7 月在欧洲获批，正在等待美国 FDA 许可。
推荐理由：PRIMA 视网膜植入系统已在欧洲获批、在美国等待 FDA 许可，报道给出了 378 像素植入体与眼镜摄像头的完整工作链路。
公众号：清华生命学院AI 评分2222 清华生院学子肖奕博：用微藻发酵罐种出“细胞粮仓”
清华大学生命科学学院2014级博士校友肖奕博创办珠海元育生物，以高密度异养发酵培养微藻生产蛋白，其申报的黄色蛋白核小球藻于2026年获批成为新食品原料。微藻干重蛋白质含量可达50%—70%，公司2023年与清华大学吴庆余教授课题组完成微藻育种、发酵与生产制备技术转移，已建成中试和规模化生产能力。